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- PDB-7kgj: Crystal structure of synthetic nanobody (Sb45) complexes with SAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kgj
タイトルCrystal structure of synthetic nanobody (Sb45) complexes with SARS-CoV-2 receptor binding domain
要素
  • Sb45, Sybody-45, Synthetic Nanobody
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Spike Protein / RBD / Antibody / Nanobody / Sybody / epitopes / neutralization
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jiang, J. / Ahmad, J. / Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H.
引用
ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: Structures of synthetic nanobody-SARS-CoV-2 receptor-binding domain complexes reveal distinct sites of interaction.
著者: Javeed Ahmad / Jiansheng Jiang / Lisa F Boyd / Allison Zeher / Rick Huang / Di Xia / Kannan Natarajan / David H Margulies /
要旨: Combating the worldwide spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and the emergence of new variants demands understanding of the structural basis of the interaction of ...Combating the worldwide spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and the emergence of new variants demands understanding of the structural basis of the interaction of antibodies with the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD). Here, we report five X-ray crystal structures of sybodies (synthetic nanobodies) including those of binary and ternary complexes of Sb16-RBD, Sb45-RBD, Sb14-RBD-Sb68, and Sb45-RBD-Sb68, as well as unliganded Sb16. These structures reveal that Sb14, Sb16, and Sb45 bind the RBD at the angiotensin-converting enzyme 2 interface and that the Sb16 interaction is accompanied by a large conformational adjustment of complementarity-determining region 2. In contrast, Sb68 interacts at the periphery of the SARS-CoV-2 RBD-angiotensin-converting enzyme 2 interface. We also determined cryo-EM structures of Sb45 bound to the SARS-CoV-2 spike protein. Superposition of the X-ray structures of sybodies onto the trimeric spike protein cryo-EM map indicates that some sybodies may bind in both "up" and "down" configurations, but others may not. Differences in sybody recognition of several recently identified RBD variants are explained by these structures.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Synthetic nanobody-SARS-CoV-2 receptor-binding domain structures identify distinct epitopes.
著者: Ahmad, J. / Jiang, J. / Boyd, L.F. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年9月29日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
B: Sb45, Sybody-45, Synthetic Nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5772
ポリマ－35,5772
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.552, 62.552, 168.815
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 22002.676 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 Sb45, Sybody-45, Synthetic Nanobody


分子量: 13574.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 12% PEG 8000, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl / PH範囲: 5.5 -7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.59 Å / Num. obs: 17592 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 26.94 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1687 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.293 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BZ5

7bz5


解像度: 2.3→45.59 Å / SU ML: 0.1956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.7864
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 879 5 %
Rwork0.1859 16713 -
obs0.1874 17592 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2500 0 0 141 2641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.743490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0483363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.737908
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.450.28871420.22562695X-RAY DIFFRACTION98.4
2.45-2.630.23871430.20712727X-RAY DIFFRACTION99.1
2.63-2.90.24831450.20392743X-RAY DIFFRACTION99.28
2.9-3.320.22591460.18762777X-RAY DIFFRACTION99.73
3.32-4.180.19281480.17332825X-RAY DIFFRACTION99.46
4.18-45.590.19281550.17122946X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.83279528457-0.8815064529951.102069847052.4587590963-0.629047296071.44740163251-0.215794246272-0.1351381654570.241756267774-0.02639702938130.1672341675850.465653639691-0.402561307393-0.4457729159570.04375135599060.2439452778240.0784573333293-0.04327460588440.284862203405-0.01699106008730.28128415236116.8363103619-3.59044108559-15.5134088439
21.94641654633-1.294714353311.044783065964.05794618147-2.459056317573.61446231801-0.002819283154-0.0636328228559-0.123505438427-0.0360487913851-0.0788286264232-0.07398410587660.1235701708820.1211634726430.07456862952610.1490438315360.07341519871940.01205068957420.2440585761980.006102057803360.14307602311229.556341178-15.4938570626-6.79952732651
34.583382084683.161128633941.446351817488.292609030096.355290578888.143809664060.147964265444-0.219054939548-0.620190511375-0.757593735307-0.07718683716541.480891908960.405972988371-1.40858152262-0.08700570296490.340801687082-0.0787447888247-0.12149961230.494636189722-0.007755158035940.5727510594734.82181126919-9.0444757193-23.291342614
45.146051340710.510408244701-0.7232406647127.9700023924-4.565625969612.650805316310.2192363937430.4647014573270.53390654763-0.0325475650543-0.0352499266756-0.982638453019-0.4788440790390.919742174297-0.1653392654250.309531160692-0.02154758811950.01385449989760.4472871074780.04013107820110.3582263851646.6339173212-12.069055591615.4022235195
57.266793146251.14278999082-2.780926947398.3998383857-1.167531521251.13409679841-0.101270135405-0.650615207993-0.3046033518250.6651296942550.467945608288-0.04674678650170.100943286541-0.939162697269-0.2951214089390.294505747344-0.0712623292454-0.05022404891240.3440941108810.06566163253080.15020563363443.1044854817-25.913394200933.4275573384
62.64913653077-0.1417928377921.479393243443.53310590327-1.110856530544.36045852688-0.00883096744220.5737275888270.2710463857760.0821409685361-0.208277579980.00659833029406-0.520314569421-0.126763131560.1691354560470.2736568711740.107373808868-0.006318931856410.2780697918650.05873654697550.20128465506638.3058178892-12.965800675715.6397964326
77.74430567645-0.2755635675372.764579144641.59994027618-0.4700389225783.163150744310.2142078391490.271368836091-0.448054283581-0.203618562852-0.210046667248-0.1679848087180.3490965867820.713517561154-0.003877607819180.145119445380.05411992496040.0238886955960.4161489834970.03913895075680.1684213052841.9587971568-26.1385462314.7210310611
84.013655831940.2302141786530.1211640026355.14390732198-0.9615504755794.638681230030.160932843756-0.2742406649610.04777508361020.103586952829-0.164130531323-0.000328558869798-0.0751422836982-0.772238044368-0.0001614172099370.1486287122240.003422221347720.003402890466780.32135560324-0.004579952294230.11860892675331.4148022807-24.113787839517.5580056547
92.962082282141.61651577359-0.5896938433328.27306845314-4.541442351359.65928130155-0.22000330175-0.06302653537620.279213528390.331476705658-0.4876550959610.156913942505-1.14052006638-0.181611537870.6678953169230.2607703857540.0288653092679-0.1148374894660.282929457215-0.01462732558350.25371016233836.1770052297-13.747325297921.3297923968
103.48447843898-0.5188868363891.389690315442.26813165633-0.9541789163627.454806580540.1334945678230.1470454862740.0607287187718-0.0456700276770.09025518795030.1312941049820.3182097933720.0649862619616-0.206541069460.110382255223-0.0212883645569-0.00478185878960.1414563993370.01174495420210.23197503516242.6181327396-25.196126185119.2290027001
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128.990757200192.36381037693-3.898775755453.12600169453-5.451903640899.517826082010.143740634661-0.334875574395-0.2663589015490.516855278959-0.578481686143-0.6839149460340.2502658991830.8098483647970.4650194448510.215167771061-0.0467536711303-0.03882289629240.2162333124590.06965666453830.30410052838947.4748209819-27.301481662129.0115146001
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 334 through 393 )AA334 - 3932 - 61
22chain 'A' and (resid 394 through 516 )AA394 - 51662 - 184
33chain 'A' and (resid 517 through 527 )AA517 - 527185 - 195
44chain 'B' and (resid 1 through 7 )BB1 - 71 - 7
55chain 'B' and (resid 8 through 17 )BB8 - 178 - 17
66chain 'B' and (resid 18 through 32 )BB18 - 3218 - 32
77chain 'B' and (resid 33 through 52 )BB33 - 5233 - 52
88chain 'B' and (resid 53 through 73 )BB53 - 7353 - 73
99chain 'B' and (resid 74 through 83 )BB74 - 8374 - 83
1010chain 'B' and (resid 84 through 101 )BB84 - 10184 - 101
1111chain 'B' and (resid 102 through 114 )BB102 - 114102 - 114
1212chain 'B' and (resid 115 through 121 )BB115 - 121115 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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