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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kfq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the MarR family transcriptional regulator from Variovorax paradoxus bound to 1H-Indole-3-Carboxylic Acid | ||||||
![]() | Transcriptional regulator, MarR family | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Transcriptional Regulator / Ligand Binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Walton, W.G. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Diverse MarR bacterial regulators of auxin catabolism in the plant microbiome. 著者: Conway, J.M. / Walton, W.G. / Salas-Gonzalez, I. / Law, T.F. / Lindberg, C.A. / Crook, L.E. / Kosina, S.M. / Fitzpatrick, C.R. / Lietzan, A.D. / Northen, T.R. / Jones, C.D. / Finkel, O.M. / ...著者: Conway, J.M. / Walton, W.G. / Salas-Gonzalez, I. / Law, T.F. / Lindberg, C.A. / Crook, L.E. / Kosina, S.M. / Fitzpatrick, C.R. / Lietzan, A.D. / Northen, T.R. / Jones, C.D. / Finkel, O.M. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7kfoSC ![]() 7kfsC ![]() 7kh3C ![]() 7kigC ![]() 7kjlC ![]() 7kjqC ![]() 7kk0C ![]() 7kkcC ![]() 7kkiC ![]() 7krhC ![]() 7kuaC ![]() 7kymC ![]() 7l19C ![]() 7l1iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20969.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Vapar_1489 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ICO / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris: HCl, pH 8.5, 25 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→45.33 Å / Num. obs: 39480 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 19.61 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.95 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.398 Å / Num. unique obs: 3842 / CC1/2: 0.763 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7KFO 解像度: 1.35→45.33 Å / SU ML: 0.1063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1524 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→45.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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