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- PDB-7l19: Crystal structure of the MarR family transcriptional regulator fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l19 | ||||||
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Title | Crystal structure of the MarR family transcriptional regulator from Enterobacter soli strain LF7 bound to Indole 3 acetic acid | ||||||
![]() | MarR family transcriptional regulator | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Transcriptional Regulator / Ligand Binding | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lietzan, A.D. / Walton, W.G. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Diverse MarR bacterial regulators of auxin catabolism in the plant microbiome. Authors: Conway, J.M. / Walton, W.G. / Salas-Gonzalez, I. / Law, T.F. / Lindberg, C.A. / Crook, L.E. / Kosina, S.M. / Fitzpatrick, C.R. / Lietzan, A.D. / Northen, T.R. / Jones, C.D. / Finkel, O.M. / ...Authors: Conway, J.M. / Walton, W.G. / Salas-Gonzalez, I. / Law, T.F. / Lindberg, C.A. / Crook, L.E. / Kosina, S.M. / Fitzpatrick, C.R. / Lietzan, A.D. / Northen, T.R. / Jones, C.D. / Finkel, O.M. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 164.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 126.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kfoC ![]() 7kfqC ![]() 7kfsC ![]() 7kh3C ![]() 7kigC ![]() 7kjlC ![]() 7kjqC ![]() 7kk0C ![]() 7kkcC ![]() 7kkiC ![]() 7krhC ![]() 7kuaSC ![]() 7kymC ![]() 7l1iC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20453.318 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: M987_03643 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NI / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 6.5, 2 M Ammonium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 15, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.76→50 Å / Num. obs: 15270 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 3.222 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 145150 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7KUA Resolution: 2.77→46.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 34.484 / SU ML: 0.305 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.607 / ESU R Free: 0.343 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 169.38 Å2 / Biso mean: 72.519 Å2 / Biso min: 38.76 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.77→46.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.77→2.839 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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