PDB-7l19: Crystal structure of the MarR family transcriptional regulator fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l19

タイトル

Crystal structure of the MarR family transcriptional regulator from Enterobacter soli strain LF7 bound to Indole 3 acetic acid

要素

MarR family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Transcriptional Regulator / Ligand Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter soli ATCC BAA-2102 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Lietzan, A.D. / Walton, W.G. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Diverse MarR bacterial regulators of auxin catabolism in the plant microbiome.
著者: Conway, J.M. / Walton, W.G. / Salas-Gonzalez, I. / Law, T.F. / Lindberg, C.A. / Crook, L.E. / Kosina, S.M. / Fitzpatrick, C.R. / Lietzan, A.D. / Northen, T.R. / Jones, C.D. / Finkel, O.M. / ...

履歴

登録	2020年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l19.cif.gz	164.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l19.ent.gz	126.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/7l19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/7l19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kfoC 7kfqC 7kfsC 7kh3C 7kigC 7kjlC 7kjqC 7kk0C 7kkcC 7kkiC 7krhC 7kuaSC 7kymC 7l1iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dzg-1 3dzf-1 1yh3-1 2i67-1 3rop-2 1zvm-3 3i9m-2 2o3q-1 2o3r-2 1yh3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MarR family transcriptional regulator

B: MarR family transcriptional regulator

C: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

61.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

A: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MarR family transcriptional regulator

C: MarR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.699, 117.699, 74.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	MarR family transcriptional regulator 分子量: 20453.318 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter soli ATCC BAA-2102 (バクテリア) 遺伝子: M987_03643 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A198GGN0
#2: 化合物	ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸分子量: 175.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 6.5, 2 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 15270 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.156 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.164 / Χ²: 3.222 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 145150

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.76-2.81	4.5	1.234	682	0.653	0.561	1.364	0.465	90
2.81-2.86	5.5	1.091	739	0.673	0.459	1.191	0.602	96.6
2.86-2.91	6.8	0.976	746	0.815	0.378	1.051	0.627	100
2.91-2.97	8.1	0.831	746	0.904	0.298	0.884	0.602	98.8
2.97-3.04	9.3	0.9	772	0.896	0.307	0.952	0.567	100
3.04-3.11	10.1	0.819	747	0.901	0.268	0.863	0.574	99.1
3.11-3.19	9.9	0.697	763	0.937	0.23	0.735	0.602	100
3.19-3.27	10.1	0.542	762	0.946	0.178	0.571	0.669	99.3
3.27-3.37	10.7	0.417	757	0.98	0.132	0.438	0.772	99.3
3.37-3.48	10.1	0.382	759	0.979	0.126	0.402	1.382	100
3.48-3.6	10.9	0.273	751	0.99	0.086	0.286	1.031	99.5
3.6-3.75	10.8	0.301	778	0.969	0.096	0.316	2.518	99.6
3.75-3.92	9.9	0.211	769	0.99	0.07	0.222	2.145	99.7
3.92-4.12	10.5	0.123	765	0.993	0.04	0.13	2.185	99.7
4.12-4.38	10.2	0.118	768	0.991	0.039	0.124	2.572	99.9
4.38-4.72	11	0.096	780	0.994	0.03	0.101	2.434	99.5
4.72-5.19	10.3	0.095	763	0.995	0.03	0.099	3.603	99.9
5.19-5.94	10.4	0.095	786	0.989	0.031	0.1	3.419	99.9
5.94-7.48	10.5	0.083	800	0.996	0.027	0.088	5.69	100
7.48-50	9.8	0.069	837	0.996	0.023	0.073	25.668	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7KUA

7kua

解像度: 2.77→46.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 34.484 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.607 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2762	765	5 %	RANDOM
R_work	0.2333	-	-	-
obs	0.2356	14495	98.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.38 Å² / B_iso mean: 72.519 Å² / B_iso min: 38.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0.45 Å²	0 Å²
2-	-	0.9 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.77→46.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2754	0	40	4	2798
B_iso mean	-	-	68.34	62.33	-
残基数	-	-	-	-	379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.925	1.657	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.509	1.587	5948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.268	5	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.055	22.703	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.279	15	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.852	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	664

LS精密化シェル

解像度: 2.77→2.839 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.415	48	-
R_work	0.373	963	-
obs	-	-	89.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1748	-3.0203	-0.7032	2.7045	2.0912	4.6239	0.1115	0.3372	-0.1595	-0.3179	0.1463	-0.2995	0.5785	1.067	-0.2578	0.514	0.2426	0.1988	0.3286	-0.0136	0.1564	73.6354	88.9262	52.9205
2	4.4124	-0.4354	0.7367	3.7977	-0.5433	5.7438	0.1294	0.3152	-0.1332	-0.5619	-0.1531	0.9614	0.0687	-1.6031	0.0237	0.2343	0.0661	-0.1441	0.5913	-0.0984	0.2496	101.0634	68.6894	3.9404
3	4.9512	-1.9566	-2.7619	1.7968	0.0293	4.7674	0.1875	-0.2689	0.2348	0.1278	0.2149	0.3498	-0.5362	-0.9012	-0.4024	0.1948	0.0561	0.0728	0.5515	-0.0492	0.2192	101.2772	74.5061	20.7864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	17 - 201

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関連情報:EMDBヘッダ

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