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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l1i
タイトルCrystal structure of the MarR family transcriptional regulator from Acineotobacter baumannii bound to Indole 3 acetic acid
要素MarR family multidrug resistance pump transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional Regulator / Ligand Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / NICKEL (II) ION / MarR family multidrug resistance pump transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Walton, W.G. / Lietzan, A.D. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS-1917270 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Diverse MarR bacterial regulators of auxin catabolism in the plant microbiome.
著者: Conway, J.M. / Walton, W.G. / Salas-Gonzalez, I. / Law, T.F. / Lindberg, C.A. / Crook, L.E. / Kosina, S.M. / Fitzpatrick, C.R. / Lietzan, A.D. / Northen, T.R. / Jones, C.D. / Finkel, O.M. / ...著者: Conway, J.M. / Walton, W.G. / Salas-Gonzalez, I. / Law, T.F. / Lindberg, C.A. / Crook, L.E. / Kosina, S.M. / Fitzpatrick, C.R. / Lietzan, A.D. / Northen, T.R. / Jones, C.D. / Finkel, O.M. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MarR family multidrug resistance pump transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3623
ポリマ－20,1281
非ポリマー2342
水1629
1
A: MarR family multidrug resistance pump transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: MarR family multidrug resistance pump transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7236
ポリマ－40,2562
非ポリマー4684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area8960 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area16600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.672, 72.672, 125.125
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 MarR family multidrug resistance pump transcriptional regulator


分子量: 20127.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: marR_1, NCTC13305_00397 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A334T093
#2: 化合物 ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸


分子量: 175.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES: NaOH, pH 9.5, 30 % (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 8439 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 2.271 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 121829
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.395.10.7343210.7820.3330.810.52377.5
2.39-2.435.70.5823640.8320.250.6360.4983.1
2.43-2.486.90.5053580.8870.1940.5420.55588.2
2.48-2.5380.463890.9150.1660.490.53192
2.53-2.599.70.464040.940.1510.4850.56394.6
2.59-2.6511.30.4344120.9490.1290.4540.5699.3
2.65-2.7114.20.3584200.9740.0970.3710.602100
2.71-2.7915.90.3244370.9790.0820.3350.664100
2.79-2.8717.80.2634240.9890.0640.2710.748100
2.87-2.9618.20.2654230.9860.0630.2730.76199.8
2.96-3.0717.10.2024260.9860.050.2081.072100
3.07-3.1917.60.1734250.990.0420.1781.366100
3.19-3.3316.90.1444340.9920.0360.1491.515100
3.33-3.5118.10.1234340.9970.0290.1261.578100
3.51-3.7317.20.1074320.9940.0270.1112.572100
3.73-4.0217.10.14480.9910.0250.1032.732100
4.02-4.4217.50.0854350.9970.020.0873.20699.5
4.42-5.0616.70.0834580.9980.0210.0853.627100
5.06-6.3716.90.0794670.9950.0190.0814.016100
6.37-5014.50.0835280.9960.0220.08610.53100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KUA

7kua


解像度: 2.35→36.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 21.49 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 404 4.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 7995 96.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.42 Å2 / Biso mean: 63.626 Å2 / Biso min: 38.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å2-0.52 Å2-0 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3---3.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→36.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1329 0 14 9 1352
Biso mean--50.95 60.56 -
残基数----169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7871.6451864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5331.5853088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2245170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.9762564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.58215255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.505154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02299
LS精密化 シェル解像度: 2.351→2.412 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 23 -
Rwork0.302 473 -
all-496 -
obs--78.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.2324 Å / Origin y: 34.3658 Å / Origin z: 54.1918 Å
111213212223313233
T0.017 Å20.0088 Å2-0.0489 Å2-0.0843 Å2-0.04 Å2--0.1798 Å2
L2.2347 °20.2044 °20.4607 °2-4.2265 °21.1087 °2--1.4891 °2
S-0.0923 Å °-0.1496 Å °0.2928 Å °-0.0901 Å °-0.1606 Å °0.1126 Å °-0.1283 Å °-0.1073 Å °0.2529 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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