[日本語] English
万見
- PDB-3e6m: The crystal structure of a MarR family transcriptional regulator ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e6m
タイトルThe crystal structure of a MarR family transcriptional regulator from Silicibacter pomeroyi DSS.
要素MarR family Transcriptional regulator
キーワードtranscription regulator / APC88769 / MarR / Silicibacter pomeroyi DSS / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / DNA-binding / Plasmid / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, MarR family
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter pomeroyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tan, K. / Volkart, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a MarR family transcriptional regulator from Silicibacter pomeroyi DSS.
著者: Tan, K. / Volkart, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MarR family Transcriptional regulator
B: MarR family Transcriptional regulator
C: MarR family Transcriptional regulator
D: MarR family Transcriptional regulator
E: MarR family Transcriptional regulator
F: MarR family Transcriptional regulator
G: MarR family Transcriptional regulator
H: MarR family Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,1528
ポリマ－142,1528
非ポリマー00
水8,737485
1
A: MarR family Transcriptional regulator
B: MarR family Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5382
ポリマ－35,5382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area14720 Å2
手法PISA
2
C: MarR family Transcriptional regulator
D: MarR family Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5382
ポリマ－35,5382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
3
E: MarR family Transcriptional regulator
F: MarR family Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5382
ポリマ－35,5382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
4
G: MarR family Transcriptional regulator
H: MarR family Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5382
ポリマ－35,5382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.433, 93.198, 101.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Authors state that the biological unit is experimentally unknown. The chains A and B, C and D, E and F, G and H are expected to form dimers, respectively.

-
要素

#1: タンパク質
MarR family Transcriptional regulator


分子量: 17769.008 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi (バクテリア)
株: DSS / 遺伝子: SPOA0451 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5LLB9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG1000, 0.1M Phosphate-citrate 0.2M Li2SO4, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月20日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.486
反射解像度: 2.2→39.6 Å / Num. obs: 136295 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique all: 3027 / % possible all: 84.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→39.6 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was solved in space group P212121 and refined in space group P21 with the application of a twin law of "h,-k,-l".
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 6965 5.11 %randon
Rwork0.1849 ---
all0.1874 136295 --
obs0.1874 136295 96.06 %-
原子変位パラメータBiso mean: -13.7642 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-15.6703 Å21.5849 Å2
2--23.6588 Å20 Å2
3----15.6703 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9047 0 0 485 9532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg1.223
LS精密化 シェル解像度: 2.193→2.23 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 285 -
Rwork0.323 --
obs-5328 0.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.04930.3370.28420.5264-0.12590.49920.05420.03150.1663-0.05830.0880.2628-0.00490.2791-0.06260.3069-0.015-0.00950.5247-0.01420.36823.13111.811616.5354
20.01610.10640.15150.2032-0.01530.09570.0498-0.1290.07620.0861-0.0258-0.06370.00960.02720.01680.4016-0.00020.01480.4899-0.01590.358319.8974-4.147543.4392
30.0327-0.0096-0.0097-0.00290.02540.09860.1066-0.20810.08750.01530.10610.0776-0.0063-0.1244-0.10650.30320.00110.04540.6954-0.04890.39587.2405-5.181528.5269
40.03880.0678-0.04980.09650.00260.13210.06-0.04560.1233-0.0050.05380.04730.14370.0342-0.04260.40640.0910.01160.466-0.06790.439122.7122-13.932318.821
5-0.0081-0.14270.08390.1964-0.06670.1946-0.1247-0.2728-0.01720.24440.29280.0181-0.02880.1069-0.05950.4080.09490.06840.4944-0.01780.363525.4847-5.417126.6684
60.0678-0.1388-0.15410.3894-0.02280.36190.014-0.0260.10950.11380.07090.0216-0.19750.3655-0.06790.4307-0.06550.0310.5462-0.11760.409930.848416.824312.9696
70.05970.0142-0.02270.07530.04110.1294-0.0229-0.07660.00140.04010.0780.00720.0850.3773-0.02890.35290.1315-0.00610.7106-0.0070.293340.5173-0.094214.5291
80.45890.13390.07320.1365-0.03080.4153-0.02680.25140.1528-0.16610.11130.06830.1540.088-0.040.34320.0725-0.02210.50940.01830.386521.1176-6.205610.9182
90.0258-0.16120.22970.4930.07310.45040.0608-0.18060.01710.04590.0383-0.3179-0.0287-0.2295-0.05740.2822-0.01320.00250.4601-0.03990.363152.26171.786748.7189
100.07090.00520.04040.1262-0.0850.16260.02210.08730.0864-0.10350.00950.00830.1432-0.27230.00560.4187-0.04960.01030.53160.04610.364555.5456-4.185921.8054
110.04050.0224-0.00170.0418-0.02210.07030.16560.04040.03470.0139-0.0425-0.015-0.04460.1461-0.03910.3717-0.01930.07740.64770.04940.477768.0732-5.402136.7026
120.05350.0421-0.00030.1107-0.07890.0685-0.0192-0.0089-0.05640.032-0.0523-0.0959-0.01430.022-0.10110.2905-0.1664-0.0256-0.01060.10230.348652.7408-14.006246.4514
130.10090.0225-0.03140.17770.09330.0335-0.00880.08570.0761-0.11290.0892-0.18540.0115-0.06630.15650.3047-0.18580.1118-0.00690.0610.355749.9054-5.247638.2979
140.30170.02050.16510.31250.03140.32130.0242-0.04020.1488-0.1657-0.1895-0.0045-0.0955-0.21650.06060.32870.04750.01640.39970.06660.339144.866716.889152.5681
150.23280.19770.12370.1227-0.0970.14970.01450.0691-0.04210.05080.1332-0.0161-0.0029-0.2548-0.05580.3112-0.1594-0.03020.56750.00450.27534.9378-0.13850.6734
161.0092-0.3029-0.11720.08830.11040.91630.0777-0.13880.30830.0644-0.04960.01910.18640.02470.01350.4361-0.10070.01720.71020.05150.444654.2719-6.349654.3717
170.02330.109-0.17920.14770.06010.04520.0580.0235-0.1048-0.02450.0001-0.00920.045-0.0635-0.06750.37190.12510.00030.4547-0.02620.358214.68533.574767.3436
180.46690.0796-0.05060.1875-0.1240.43430.10220.1496-0.05190.1021-0.11590.0237-0.1527-0.02640.00620.2791-0.02720.00240.362-0.02720.252617.95049.40794.1837
190.2893-0.16210.09110.1919-0.13810.2278-0.07880.1541-0.1164-0.0181-0.2942-0.16740.04310.2220.25320.386-0.08390.01040.53520.01350.510230.48210.70379.489
20-0.00060.0095-0.0043-0.0632-0.02750.23550.0692-0.14640.0068-0.05940.1244-0.0496-0.1484-0.2625-0.05230.39070.08520.04750.5838-0.01060.337514.105419.224871.2871
210.2704-0.05750.0368-0.0606-0.08410.1350.0923-0.1562-0.0377-0.0189-0.0623-0.0271-0.2399-0.3988-0.03520.28330.05140.02240.527-0.02480.180312.258510.819177.5257
220.33820.03230.05210.358-0.10010.3016-0.1515-0.011-0.12670.04080.1831-0.09050.0875-0.21020.00940.3773-0.03250.03020.45470.04310.41066.9233-11.261463.85
230.23380.01340.00630.03130.00640.21230.04070.07960.01320.00470.02830.08220.1055-0.3111-0.0560.3677-0.0082-0.00990.69660.02410.3628-2.84845.732465.3779
240.22830.077-0.00180.20350.0990.49640.01670.0851-0.0425-0.1667-0.0598-0.0344-0.2291-0.14940.04460.39790.02730.0130.4540.03350.31316.350311.698661.576
250.2432-0.072-0.02860.29-0.13120.25250.1346-0.039-0.0757-0.04440.05940.01240.1347-0.0408-0.10820.3451-0.0859-0.0040.4031-0.01550.3286-14.80663.651199.4195
260.278-0.06260.07050.22980.14010.30020.0376-0.1894-0.0266-0.1333-0.0879-0.0209-0.20940.07750.02440.3627-0.01080.01530.4870.00230.2971-17.76519.600572.4471
270.62240.00940.03430.61170.1733-0.07850.0256-0.10840.0223-0.1196-0.2240.0969-0.0427-0.15370.140.30770.03220.02610.3643-0.01230.4189-30.497910.792487.3634
280.0580.00520.0333-0.00680.01740.08330.13560.07630.0632-0.01030.04030.0529-0.09780.0373-0.11030.4133-0.02780.05580.58530.05150.3548-13.91919.06995.6561
290.1057-0.0855-0.09630.04220.00930.0785-0.09620.1908-0.04560.16330.02650.0164-0.14280.23760.05820.3774-0.0350.00460.6320.02140.2728-12.326810.661388.9999
300.3030.1225-0.0750.26-0.00940.0416-0.1653-0.0557-0.1915-0.13780.1577-0.05610.10210.07960.03880.4416-0.00620.03040.4180.00470.4839-7.0552-11.2555103.0508
310.69870.1561-0.10370.10890.18330.8649-0.0421-0.06380.1923-0.01140.02930.03980.1170.3453-0.00360.4178-0.0547-0.00880.5714-0.05720.44532.78295.7816101.3382
320.11-0.0267-0.040.2178-0.06340.0349-0.0128-0.0747-0.02490.0491-0.06410.05570.01270.08230.00730.35280.0178-0.01190.3828-0.02410.3248-16.458911.788105.2315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 8:46
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 47:113
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 114:135
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 136:156
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 10:46
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 47:113
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resid 114:135
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 136:158
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resid 8:46
10X-RAY DIFFRACTION10chain C and resid 47:113
11X-RAY DIFFRACTION11chain C and resid 114:135
12X-RAY DIFFRACTION12chain C and resid 136:156
13X-RAY DIFFRACTION13chain D and resid 10:46
14X-RAY DIFFRACTION14chain D and resid 47:113
15X-RAY DIFFRACTION15chain D and resid 114:135
16X-RAY DIFFRACTION16chain D and resid 136:158
17X-RAY DIFFRACTION17chain E and resid 8:46
18X-RAY DIFFRACTION18chain E and resid 47:113
19X-RAY DIFFRACTION19chain E and resid 114:135
20X-RAY DIFFRACTION20chain E and resid 136:158
21X-RAY DIFFRACTION21chain F and resid 10:46
22X-RAY DIFFRACTION22chain F and resid 47:113
23X-RAY DIFFRACTION23chain F and resid 114:135
24X-RAY DIFFRACTION24chain F and resid 136:158
25X-RAY DIFFRACTION25chain G and resid 8:46
26X-RAY DIFFRACTION26chain G and resid 47:113
27X-RAY DIFFRACTION27chain G and resid 114:135
28X-RAY DIFFRACTION28chain G and resid 136:158
29X-RAY DIFFRACTION29chain H and resid 10:46
30X-RAY DIFFRACTION30chain H and resid 47:113
31X-RAY DIFFRACTION31chain H and resid 114:135
32X-RAY DIFFRACTION32chain H and resid 136:158

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る