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- PDB-7kdx: Crystal structure of Streptomyces tokunonesis TokK with hydroxyco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kdx
タイトルCrystal structure of Streptomyces tokunonesis TokK with hydroxycobalamin, 5'-deoxyadenosine, and methionine
要素Methyltransferase TokK
キーワードTRANSFERASE / Radical SAM / Cobalamin / [4Fe-4S] cluster / FeS cluster / methyltransferase / B12 / beta-lactam antibiotic synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / iron-sulfur cluster binding / methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbapenem intermediate methyltransferase ThnK-like / Radical SAM, alpha/beta horseshoe / B12 binding domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / COBALAMIN / : / METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Methyltransferase TokK
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces tokunonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.791 Å
データ登録者Knox, H.L. / Booker, S.J. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-12259 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of a B 12 -dependent radical SAM enzyme in carbapenem biosynthesis.
著者: Knox, H.L. / Sinner, E.K. / Townsend, C.A. / Boal, A.K. / Booker, S.J.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase TokK
B: Methyltransferase TokK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,53535
ポリマ－154,9172
非ポリマー5,61733
水15,979887
1
A: Methyltransferase TokK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,01513
ポリマ－77,4591
非ポリマー2,55612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methyltransferase TokK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,52022
ポリマ－77,4591
非ポリマー3,06121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.644, 137.739, 77.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...
21(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A9 - 44
121(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A46 - 78
131(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A80 - 112
141(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A212 - 220
151(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A9 - 672
161(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A222 - 241
171(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A9 - 672
181(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A279 - 304
191(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A9 - 672
1101(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A357 - 408310
1111(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A425 - 423
1121(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A425 - 442
1131(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A444 - 454
1141(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A540 - 668
1151(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A540 - 662
1161(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A664 - 665
1171(chain A and (resid 9 through 44 or resid 46...A667 - 1101
211(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B9 - 44
221(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B46 - 78
231(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B80 - 112
241(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B114 - 140
251(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B212 - 220
261(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B7 - 672
271(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B222 - 241
281(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B243 - 276
291(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B410 - 4
2101(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B357 - 40
2111(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B416 - 418
2121(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B420 - 423
2131(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B425 - 442
2141(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B444 - 45499
2151(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B50157
2161(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B459 - 499
2171(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B501 - 53665
2181(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B664 - 665
2191(chain B and (resid 9 through 44 or resid 46...B667 - 10

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methyltransferase TokK


分子量: 77458.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces tokunonensis (バクテリア)
遺伝子: tokK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9HEI0

-
非ポリマー , 8種, 920分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 887 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM magnesium chloride, 100 mM calcium chloride, 20% PEG 8000, and 10% 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 132404 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.78 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 1.79→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 6514

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.791→41.353 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 3738 2.01 %
Rwork0.1648 181930 -
obs0.1654 132404 69.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.33 Å2 / Biso mean: 26.0535 Å2 / Biso min: 6.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.791→41.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10607 0 340 887 11834
Biso mean--20.39 34.81 -
残基数----1322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69915461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042093
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6856839
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6052X-RAY DIFFRACTION6.692TORSIONAL
12B6052X-RAY DIFFRACTION6.692TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7911-1.81370.2754750.2273393940
1.8137-1.83760.2009870.2242416343
1.8376-1.86280.2606880.2163442245
1.8628-1.88940.2231990.2222466648
1.8894-1.91760.2401930.2195473948
1.9176-1.94750.26271030.2149475549
1.9475-1.97950.24970.2177478649
1.9795-2.01360.2278970.2136483750
2.0136-2.05020.22721050.2053489850
2.0502-2.08970.2435990.1982496351
2.0897-2.13230.22671060.1858517653
2.1323-2.17870.20471000.1818537155
2.1787-2.22930.21681370.1771567658
2.2293-2.28510.18591210.1719600762
2.2851-2.34690.22361340.1751654667
2.3469-2.41590.18521500.1727700172
2.4159-2.49390.22941350.171752377
2.4939-2.5830.21291580.173803082
2.583-2.68640.23371750.1704865689
2.6864-2.80870.20111960.1708902793
2.8087-2.95670.22771930.1673950697
2.9567-3.14190.19662000.1646957198
3.1419-3.38440.18261960.1558958098
3.3844-3.72470.16152040.1499958398
3.7247-4.26330.1851940.1378960299
4.2633-5.36940.13811980.1402953498
5.3694-41.3530.17931980.1592937396
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.5505 Å / Origin y: 5.5522 Å / Origin z: -30.5336 Å
111213212223313233
T-0.0013 Å2-0.011 Å20.0589 Å2-0.1103 Å2-0.0076 Å2--0.0358 Å2
L0.0442 °20.2925 °20.2416 °2-0.7024 °20.2799 °2--0.1168 °2
S0.0109 Å °-0.0095 Å °0.0064 Å °0.0476 Å °-0.0132 Å °-0.0138 Å °-0.0238 Å °-0.0114 Å °-0.0012 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 672
2X-RAY DIFFRACTION1allA701 - 2401
3X-RAY DIFFRACTION1allB7 - 672
4X-RAY DIFFRACTION1allB701 - 3001
5X-RAY DIFFRACTION1allS3 - 1424
6X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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