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- PDB-7mfo: X-ray structure of the L136 Aminotransferase from Acanthamoeba po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mfo
タイトルX-ray structure of the L136 Aminotransferase from Acanthamoeba polyphaga mimivirus in the presence of TDP and PMP
要素L136 aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / mimivirus / aminotransferase / viosamine
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized protein L136
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ferek, J.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM134643 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Characterization of an aminotransferase from Acanthamoeba polyphaga Mimivirus.
著者: Seltzner, C.A. / Ferek, J.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2021年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L136 aminotransferase
B: L136 aminotransferase
C: L136 aminotransferase
D: L136 aminotransferase
E: L136 aminotransferase
F: L136 aminotransferase
G: L136 aminotransferase
H: L136 aminotransferase
I: L136 aminotransferase
J: L136 aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,01840
ポリマ－402,88810
非ポリマー7,13130
水52,4962914
1
A: L136 aminotransferase
B: L136 aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,19511
ポリマ－80,5782
非ポリマー1,6179
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
2
C: L136 aminotransferase
D: L136 aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9407
ポリマ－80,5782
非ポリマー1,3635
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
3
E: L136 aminotransferase
F: L136 aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0028
ポリマ－80,5782
非ポリマー1,4256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
4
G: L136 aminotransferase
H: L136 aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8786
ポリマ－80,5782
非ポリマー1,3014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
5
I: L136 aminotransferase
J: L136 aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0028
ポリマ－80,5782
非ポリマー1,4256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.885, 126.875, 206.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
L136 aminotransferase


分子量: 40288.754 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_L136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UPL1

-
非ポリマー , 6種, 2944分子

#2: 化合物
ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP


分子量: 402.188 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2914 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: protein incubated with 1 mM PLP and 5 mM TDP-4-aminoquinovose. 11-14% PEG-8000, 200 mM KCl, 100 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 397722 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 18360 / Rsym value: 0.194 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→33.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.372 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2215 19828 5 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.1839 377894 94.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.23 Å2 / Biso mean: 24.036 Å2 / Biso min: 10.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å20 Å2-0.32 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→33.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28003 0 448 2914 31365
Biso mean--34.73 31.16 -
残基数----3508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01329123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01726493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.63539484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4111.57561690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.81753516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64223.7051514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.912154982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.41115120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.23826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0232343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025978
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1385 -
Rwork0.235 25596 -
all-26981 -
obs--86.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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