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- PDB-7kdy: Crystal structure of Streptomyces tokunonesis TokK with hydroxyco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kdy
タイトルCrystal structure of Streptomyces tokunonesis TokK with hydroxycobalamin, 5'-deoxyadenosine, methionine, and (2R)-pantetheinylated carbapenam
要素Methyltransferase TokK
キーワードTRANSFERASE / Radical SAM / Cobalamin / [4Fe-4S] cluster / FeS cluster / methyltransferase / B12 / beta-lactam antibiotic synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / antibiotic biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / methylation / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbapenem intermediate methyltransferase ThnK-like / : / Radical SAM, alpha/beta horseshoe / Cobalamin-binding domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain ...Carbapenem intermediate methyltransferase ThnK-like / : / Radical SAM, alpha/beta horseshoe / Cobalamin-binding domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / COBALAMIN / : / METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-WCD / Cobalamin-dependent radical SAM methyltransferase TokK
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces tokunonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.939 Å
データ登録者Knox, H.L. / Booker, S.J. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-12259 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of a B 12 -dependent radical SAM enzyme in carbapenem biosynthesis.
著者: Knox, H.L. / Sinner, E.K. / Townsend, C.A. / Boal, A.K. / Booker, S.J.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase TokK
B: Methyltransferase TokK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,85417
ポリマ－154,9172
非ポリマー4,93715
水21,4921193
1
A: Methyltransferase TokK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1439
ポリマ－77,4591
非ポリマー2,6848
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methyltransferase TokK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7118
ポリマ－77,4591
非ポリマー2,2537
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.503, 132.817, 155.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 9 through 168 or resid 170...
21(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 9 through 168 or resid 170...AA9 - 1689 - 168
12LEULEUTYRTYR(chain A and (resid 9 through 168 or resid 170...AA170 - 208170 - 208
13CYSCYSCYSCYS(chain A and (resid 9 through 168 or resid 170...AA210210
14THRTHRPHEPHE(chain A and (resid 9 through 168 or resid 170...AA222 - 424222 - 424
15METMETGLYGLY(chain A and (resid 9 through 168 or resid 170...AA426 - 454426 - 454
16TYRTYRMETMET(chain A and (resid 9 through 168 or resid 170...AA456 - 498456 - 498
17SERSERLEULEU(chain A and (resid 9 through 168 or resid 170...AA500 - 672500 - 672
18HOHHOHHOHHOH(chain A and (resid 9 through 168 or resid 170...AR901
21GLYGLYPROPRO(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...BB9 - 1689 - 168
22LEULEUTYRTYR(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...BB170 - 208170 - 208
23CYSCYSMETMET(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...BB210 - 220210 - 220
24THRTHRPHEPHE(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...BB222 - 424222 - 424
25METMETGLYGLY(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...BB426 - 454426 - 454
26TYRTYRMETMET(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...BB456 - 498456 - 498
27SERSERASPASP(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...BB500 - 567500 - 567
28ALAALALEULEU(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...BB572 - 672572 - 672
29HOHHOHHOHHOH(chain B and (resid 9 through 168 or resid 170...BS901

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methyltransferase TokK


分子量: 77458.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces tokunonensis (バクテリア)
遺伝子: tokK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9HEI0

-
非ポリマー , 8種, 1208分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-WCD / (2R,3R,5R)-3-{[2-({N-[(2R)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethylbutanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}-7-oxo-1-azabicyclo[3.2.0]heptane-2-carboxylic acid / (2R)-pantetheinylated carbapenam


分子量: 431.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H29N3O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, and 18% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.939→50 Å / Num. obs: 129910 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 58.5
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / Num. unique obs: 6430 / CC1/2: 0.975

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1000252295

解像度: 1.939→44.185 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1875 3010 1.54 %
Rwork0.1568 192225 -
obs0.1572 129910 77.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.03 Å2 / Biso mean: 24.9169 Å2 / Biso min: 2.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.939→44.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10635 0 297 1193 12125
Biso mean--17.28 31.77 -
残基数----1325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75315372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9846799
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6320X-RAY DIFFRACTION4.572TORSIONAL
12B6320X-RAY DIFFRACTION4.572TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9395-1.97130.2308930.2143599251
1.9713-2.00520.223950.2009604752
2.0052-2.04170.2078950.197605352
2.0417-2.0810.2206950.1927614352
2.081-2.12350.2128970.1861623353
2.1235-2.16960.23521000.1826642055
2.1696-2.22010.23811100.1815659856
2.2201-2.27560.21951110.1711707960
2.2756-2.33710.17681250.1644783867
2.3371-2.40590.21321370.1575870574
2.4059-2.48360.20861560.156966782
2.4836-2.57230.17311640.16491045889
2.5723-2.67530.19361740.1711128796
2.6753-2.7970.18591830.16651164099
2.797-2.94450.19561790.16491167099
2.9445-3.12890.23191820.16611777100
3.1289-3.37040.17771890.160211691100
3.3704-3.70940.18961820.151211736100
3.7094-4.24580.16491790.130511743100
4.2458-5.34780.15281870.126711740100
5.3478-44.1850.16291770.150511708100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.0467 Å / Origin y: -9.4023 Å / Origin z: -32.9209 Å
111213212223313233
T-0.0795 Å2-0.0778 Å2-0.0691 Å2--0.007 Å2-0.0234 Å2---0.0158 Å2
L0.0667 °2-0.0118 °2-0.0289 °2-0.2218 °2-0.015 °2--0.0198 °2
S0.0345 Å °0.0679 Å °0.0497 Å °0.1324 Å °-0.0227 Å °-0.0366 Å °0.0035 Å °0.022 Å °0.047 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA8 - 672
2X-RAY DIFFRACTION1allA701 - 1401
3X-RAY DIFFRACTION1allB9 - 672
4X-RAY DIFFRACTION1allB701 - 1101
5X-RAY DIFFRACTION1allS12 - 1365
6X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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