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- PDB-7k9m: Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k9m
タイトルCrystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with cognate precursor tRNA and 5'-O-(N-phenylalanyl)sulfamoyl-adenosine
要素
  • (Phenylalanine--tRNA ligase ...) x 2
  • tRNA(Phe)
キーワードLIGASE/RNA / aminoacylation / phenylalanyl tRNA synthetase / adenylate analog / LIGASE-RNA complex / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / フェニルアラニンtRNAリガーゼ / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. ...Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / 5'-O-(L-phenylalanylsulfamoyl)adenosine / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Michalska, K. / Chang, C. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Baragana, B. / Forte, B. / Gilbert, I.H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase: structural insights into tRNA recognition and aminoacylation.
著者: Michalska, K. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Chang, C. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Forte, B. / Joachimiak, A.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
C: tRNA(Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,76916
ポリマ－151,1253
非ポリマー1,64413
水5,801322
1
A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
C: tRNA(Phe)
ヘテロ分子

A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
C: tRNA(Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,53832
ポリマ－302,2516
非ポリマー3,28726
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area35210 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area112620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.432, 110.753, 147.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS


分子量: 37415.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold
参照: UniProt: P9WFU3, フェニルアラニンtRNAリガーゼ
#2: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS


分子量: 88867.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold
参照: UniProt: P9WFU1, フェニルアラニンtRNAリガーゼ

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 C

#3: RNA鎖 tRNA(Phe)


分子量: 24842.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
参照: GenBank: 1251771558

-
非ポリマー , 6種, 335分子

#4: 化合物 ChemComp-W5Y / 5'-O-(L-phenylalanylsulfamoyl)adenosine / L-Phe-AMS


分子量: 493.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 68621 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 427793
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.543.90.83232740.5220.4650.9590.95496.2
2.54-2.594.30.80433750.5740.4280.9160.93797.2
2.59-2.645.10.80134620.6220.3930.8960.93999.6
2.64-2.695.50.75133980.6710.3580.8340.94999.6
2.69-2.755.90.71934480.7180.3280.7920.93999.7
2.75-2.826.20.66634550.7820.2930.7290.96299.7
2.82-2.896.40.59434000.8370.2560.6480.96599.7
2.89-2.966.50.55134640.8680.2340.60.97399.6
2.96-3.056.50.45434180.9160.1910.4940.98198.7
3.05-3.1560.38233620.9360.1640.417197.1
3.15-3.266.90.31434360.9550.1280.340.98899.5
3.26-3.3970.25234690.9730.1030.2730.99299.7
3.39-3.556.90.19634440.9790.0810.2121.00299.9
3.55-3.736.90.15734410.9860.0640.171.00399.6
3.73-3.976.70.12434490.9890.0510.1350.97399.3
3.97-4.276.40.09634130.9930.040.1040.94898
4.27-4.77.10.0834790.9950.0320.0860.92699.9
4.7-5.3870.07534530.9950.030.0810.84599.2
5.38-6.786.50.0734360.9950.0290.0760.74498.4
6.78-506.80.04435450.9980.0180.0480.7199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7KA0

7ka0


解像度: 2.5→47.92 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2146 3264 4.9 %
Rwork0.1793 63320 -
obs0.181 66584 95.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 219.21 Å2 / Biso mean: 56.7561 Å2 / Biso min: 11.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8861 1413 108 322 10704
Biso mean--54.38 36.99 -
残基数----1239
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.540.33681110.26362087219874
2.54-2.580.27611270.23962317244481
2.58-2.620.30821210.23232473259487
2.62-2.670.25521390.21662619275891
2.67-2.720.25221250.21182719284495
2.72-2.770.26061580.21322755291397
2.77-2.830.24751540.21772835298998
2.83-2.890.25211480.2222769291799
2.89-2.950.26661400.22052881302199
2.95-3.030.26731290.21472832296198
3.03-3.110.27031560.21092755291197
3.11-3.20.23091410.2082805294698
3.2-3.30.22031580.20832841299999
3.3-3.420.24331550.20328553010100
3.42-3.560.22231250.187628893014100
3.56-3.720.21441500.171428513001100
3.72-3.920.18081470.16352847299499
3.92-4.160.16281650.14962796296198
4.16-4.480.17631450.137728833028100
4.48-4.930.18171470.130328743021100
4.93-5.650.17941410.15132864300599
5.65-7.110.20661180.16752888300698
7.11-47.920.18311640.15632885304998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9050.29250.76080.8590.90022.73270.44380.4991-0.36980.1306-0.1221-0.36871.177-0.3554-0.26140.9655-0.0082-0.27650.8534-0.16720.9201-69.8014-1.5458109.2149
20.2655-0.0787-0.13880.0441-0.0660.62810.00470.2921-0.1881-0.23450.10140.01140.2404-0.1578-0.03770.4207-0.1299-0.05880.4423-0.01730.3881-63.065713.9604123.068
30.61340.3019-0.09471.01280.13750.58830.0591-0.04310.02610.0854-0.045-0.0368-0.07610.01670.00030.1767-0.02960.02340.2153-0.01510.223-26.216763.2433162.7776
40.69950.0379-0.23390.6394-0.77091.2054-0.0318-0.2722-0.22880.36590.16070.0102-0.1054-0.2579-0.12570.70810.02610.070.50420.05780.3932-35.968765.2452207.3485
50.3811-0.4105-0.17880.57510.33381.389-0.1326-0.24620.07870.5320.1361-0.2757-0.11640.1104-0.00080.67720.0225-0.04490.3744-0.06850.3523-22.135980.3748195.7379
60.99350.1137-0.07610.98850.33841.3254-0.0657-0.31590.09190.57570.0736-0.306-0.16020.27580.0050.6219-0.0041-0.11110.3847-0.08970.384-13.844580.5271189.7521
70.2752-0.01260.01860.63680.26470.4260.0870.0069-0.0642-0.0172-0.0637-0.13820.03290.0329-0.03040.15870.00730.01860.21660.00610.2527-18.14236.0242145.0669
81.90720.33621.54370.5460.74161.70960.23380.01340.0630.5-0.0029-0.3525-0.22840.2054-0.31321.22230.0091-0.16751.35760.0580.9268-53.416518.442297.2116
90.51010.0462-0.28370.0264-0.0210.1591-0.59990.4142-0.5272-0.1048-0.27390.02930.23470.0680.7061.679-0.1276-0.6541.7884-0.03341.3461-52.62037.907799.641
100.19740.37210.42090.71320.81120.92351.11490.9046-1.4416-0.83810.03430.93280.963-0.5243-0.81091.00510.1007-0.51721.1882-0.08651.1117-38.23238.4026115.5243
110.2952-0.73370.23362.68050.79213.1728-0.2572-1.17620.8242-0.0238-0.2442-0.1684-0.4991-0.79750.43031.28010.0895-0.19071.3345-0.08611.1248-66.901624.328296.5875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 52 )A3 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 110 )A53 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 111 through 341 )A111 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -3 through 131 )B-3 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 132 through 231 )B132 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 232 through 486 )B232 - 486
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 487 through 831 )B487 - 831
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 5 through 19 )C5 - 19
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 20 through 24 )C20 - 24
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 25 through 49 )C25 - 49
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 50 through 70 )C50 - 70

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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