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- PDB-5ctq: Crystal structure of human SART3/TIP110 half-a TPR (HAT) domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ctq
タイトルCrystal structure of human SART3/TIP110 half-a TPR (HAT) domain
要素Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / NUCLEAR PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN / half a tetratricopeptide repeat (HAT) domain / Protein transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


U6atac snRNA binding / ASAP complex / regulation of RNA metabolic process / U4 snRNA binding / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / hematopoietic stem cell proliferation / ubiquitin-specific protease binding / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / homeostasis of number of cells / U6 snRNA binding ...U6atac snRNA binding / ASAP complex / regulation of RNA metabolic process / U4 snRNA binding / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / hematopoietic stem cell proliferation / ubiquitin-specific protease binding / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / homeostasis of number of cells / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / cell morphogenesis / mRNA splicing, via spliceosome / nucleosome assembly / regulation of gene expression / protein-macromolecule adaptor activity / histone binding / nuclear speck / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SART3, RNA recognition motif 1 / SART3, RNA recognition motif 2 / LSM-interacting associated unstructured / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / PRP39 C-terminal HAT repeat / PRP39 N-terminal HAT repeat / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / RNA recognition motif ...SART3, RNA recognition motif 1 / SART3, RNA recognition motif 2 / LSM-interacting associated unstructured / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / PRP39 C-terminal HAT repeat / PRP39 N-terminal HAT repeat / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Spliceosome associated factor 3, U4/U6 recycling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Park, J.K. / Kim, E.E.
資金援助Korea, Democratic People's Republic Of, 1件
組織認可番号国
Global Research Laboratory program of the Ministry of Science, ICT and Future Planning20110021713Korea, Democratic People's Republic Of
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for recruiting and shuttling of the spliceosomal deubiquitinase USP4 by SART3
著者: Park, J.K. / Das, T. / Song, E.J. / Kim, E.E.
履歴
登録2015年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3
B: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3
C: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3
D: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,2824
ポリマ－263,2824
非ポリマー00
水5,062281
1
A: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3
B: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6412
ポリマ－131,6412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3
D: Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6412
ポリマ－131,6412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.912, 80.529, 146.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3 / SART-3 / Tat-interacting protein of 110 kDa / Tip110 / p110 nuclear RNA-binding protein


分子量: 65820.547 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 94-611 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SART3, KIAA0156, TIP110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15020
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200mM sodium formate pH 7.5, 30% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 87186 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 82.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→38.15 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 31.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 1988 2.42 %
Rwork0.2353 --
obs0.2364 82307 95.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.321 Å2 / ksol: 0.268 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3594 Å20 Å2-4.3083 Å2
2--7.7907 Å20 Å2
3----3.4312 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16635 0 0 281 16916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45122951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4656422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072977
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6650.44521320.41555278X-RAY DIFFRACTION89
2.665-2.7370.42841320.39365390X-RAY DIFFRACTION91
2.737-2.81760.39881360.36195451X-RAY DIFFRACTION92
2.8176-2.90850.3831360.32885503X-RAY DIFFRACTION93
2.9085-3.01240.36071390.31485611X-RAY DIFFRACTION94
3.0124-3.13290.33051410.28175679X-RAY DIFFRACTION95
3.1329-3.27550.34811420.27295793X-RAY DIFFRACTION97
3.2755-3.4480.28551450.24315834X-RAY DIFFRACTION98
3.448-3.66390.26391440.21115856X-RAY DIFFRACTION98
3.6639-3.94650.22561460.18465891X-RAY DIFFRACTION99
3.9465-4.34320.25241460.18015902X-RAY DIFFRACTION98
4.3432-4.97050.24711480.19345978X-RAY DIFFRACTION99
4.9705-6.25780.2391490.21196017X-RAY DIFFRACTION99
6.2578-38.15440.22881520.19096136X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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