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- PDB-6z3m: Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Diffe... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z3m | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Repulsive Guidance Molecule / RGM / Bone Morphogenetic Protein / BMP / Growth Differentiation Factor 5 / GDF5 / Neogenin / axon guidance / TGFbeta signalling / brain development / iron metabolism | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() ossification involved in bone remodeling / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / forelimb morphogenesis / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / Netrin-1 signaling / positive regulation of chondrocyte differentiation ...ossification involved in bone remodeling / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / forelimb morphogenesis / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / negative regulation of axon regeneration / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / Netrin-1 signaling / positive regulation of chondrocyte differentiation / co-receptor binding / mesenchymal cell apoptotic process / BMP receptor binding / regulation of axon regeneration / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / myoblast fusion / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic limb morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / intracellular vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of protein secretion / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / response to mechanical stimulus / coreceptor activity / side of membrane / positive regulation of neuron differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / postsynaptic density membrane / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell signaling / signaling receptor activity / growth cone / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Malinauskas, T. / Peer, T.V. / Bishop, B. / Muller, T.D. / Siebold, C. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Repulsive guidance molecules lock growth differentiation factor 5 in an inhibitory complex. Authors: Malinauskas, T. / Peer, T.V. / Bishop, B. / Mueller, T.D. / Siebold, C. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6z3gC ![]() 6z3hC ![]() 6z3jSC ![]() 6z3lC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13405.481 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 41036.719 Da / Num. of mol.: 18 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Sequence alignment is misleading. / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 28031.631 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Sugar | ChemComp-NAG / Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.41 Å3/Da / Density % sol: 72.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000 / PH range: 6.7-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 5.5→70.19 Å / Num. obs: 20764 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Net I/σ(I): 5.7 |
Reflection shell | Resolution: 5.5→5.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1499 / CC1/2: 0.278 / Rpim(I) all: 1.103 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6Z3J Resolution: 5.501→69.87 Å / SU ML: 2.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 61.12 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 5.501→69.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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