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Yorodumi- PDB-7kab: M. tuberculosis PheRS complex with cognate precursor tRNA and phe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kab | ||||||
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Title | M. tuberculosis PheRS complex with cognate precursor tRNA and phenylalanine | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE/RNA / aminoacylation / phenylalanyl tRNA synthetase / Structural Genomics / Ligase-tRNA complex / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / LIGASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Michalska, K. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021 Title: Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase: structural insights into tRNA recognition and aminoacylation. Authors: Michalska, K. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Chang, C. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Forte, B. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kab.cif.gz | 539.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kab.ent.gz | 438.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kab.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7kab_validation.pdf.gz | 798.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7kab_full_validation.pdf.gz | 815.8 KB | Display | |
Data in XML | 7kab_validation.xml.gz | 44 KB | Display | |
Data in CIF | 7kab_validation.cif.gz | 62.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/7kab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/7kab | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7k98C 7k9mC 7ka0SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 37415.266 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): gold / References: UniProt: P9WFU3, phenylalanine-tRNA ligase |
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#2: Protein | Mass: 88867.234 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): gold / References: UniProt: P9WFU1, phenylalanine-tRNA ligase |
-RNA chain , 1 types, 1 molecules C
#3: RNA chain | Mass: 24842.811 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) References: GenBank: 1251771558 |
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-Non-polymers , 7 types, 169 molecules
#4: Chemical | ChemComp-PHE / | ||||||||||
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#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-SO4 / | #9: Chemical | ChemComp-PGO / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 14.3% PEG20000, 0.15 M TAPS, 5.0% 1,2-propanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→30 Å / Num. obs: 68179 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 1.167 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 477367 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 7KA0 Resolution: 2.5→29.69 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 287.13 Å2 / Biso mean: 99.5524 Å2 / Biso min: 25.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→29.69 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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