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Yorodumi- PDB-7k98: Preaminoacylation complex of M. tuberculosis PheRS with cognate p... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7k98 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Preaminoacylation complex of M. tuberculosis PheRS with cognate precursor tRNA and 5'-O-(N-phenylalanyl)sulfamoyl-adenosine (F-AMS) | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE/RNA / aminoacylation / phenylalanyl tRNA synthetase / adenylate analog / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / LIGASE-RNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationphenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / phenylalanine-tRNA ligase activity / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.19 Å | ||||||
Authors | Michalska, K. / Chang, C. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Baragana, B. / Forte, B. / Gilbert, I.H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021Title: Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase: structural insights into tRNA recognition and aminoacylation. Authors: Michalska, K. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Chang, C. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Forte, B. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 7k98.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7k98.ent.gz | 897.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7k98.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7k98_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7k98_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 7k98_validation.xml.gz | 88.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 7k98_validation.cif.gz | 128.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/7k98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/7k98 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7k9mC ![]() 7ka0C ![]() 7kabC ![]() 3pcoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2 types, 4 molecules ADBE
| #1: Protein | Mass: 37687.520 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria)Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 89533.961 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria)Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / Production host: ![]() |
|---|
-RNA chain , 1 types, 2 molecules CF
| #3: RNA chain | Mass: 24842.811 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria)References: GenBank: 1251771558 |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 692 molecules 








| #4: Chemical | | #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.44 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 30% PEG400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, no cryoprotectant |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2018 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.19→30 Å / Num. obs: 173141 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.409 / Net I/av σ(I): 21.5 / Net I/σ(I): 21.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 3PCO Resolution: 2.19→29.85 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.14 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 182.87 Å2 / Biso mean: 61.1809 Å2 / Biso min: 21.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.19→29.85 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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