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- PDB-7k9m: Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with co... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k9m | ||||||
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Title | Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with cognate precursor tRNA and 5'-O-(N-phenylalanyl)sulfamoyl-adenosine | ||||||
![]() |
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![]() | LIGASE/RNA / aminoacylation / phenylalanyl tRNA synthetase / adenylate analog / LIGASE-RNA complex / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michalska, K. / Chang, C. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Baragana, B. / Forte, B. / Gilbert, I.H. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase: structural insights into tRNA recognition and aminoacylation. Authors: Michalska, K. / Jedrzejczak, R. / Wower, J. / Chang, C. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Forte, B. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 545.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 439.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 974.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 987.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7k98C ![]() 7ka0SC ![]() 7kabC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 37415.266 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 88867.234 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() |
-RNA chain , 1 types, 1 molecules C
#3: RNA chain | Mass: 24842.811 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() References: GenBank: 1251771558 |
---|
-Non-polymers , 6 types, 335 molecules ![](data/chem/img/W5Y.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-W5Y / | ||||||||
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#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-P6G / | #8: Chemical | ChemComp-PGE / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.38 Å3/Da / Density % sol: 63.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 68621 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 427793 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 7KA0 Resolution: 2.5→47.92 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 219.21 Å2 / Biso mean: 56.7561 Å2 / Biso min: 11.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→47.92 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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