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- PDB-7k2y: Crystal structure of CTX-M-14 E166A/K234R Beta-lactamase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k2y
タイトルCrystal structure of CTX-M-14 E166A/K234R Beta-lactamase in complex with hydrolyzed ampicillin
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / antibiotic resistance / acyl-enzyme intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AIX / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Lu, S. / Palzkill, T. / Sankaran, B. / Hu, L. / Soeung, V. / Prasad, B.V.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI32956 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A drug-resistant beta-lactamase variant changes the conformation of its active-site proton shuttle to alter substrate specificity and inhibitor potency.
著者: Soeung, V. / Lu, S. / Hu, L. / Judge, A. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
履歴
登録2020年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月30日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0812
ポリマ－27,7291
非ポリマー3511
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.630, 41.630, 231.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27729.236 Da / 分子数: 1 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaCTX-M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A2H4FY00, UniProt: Q9L5C7*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-AIX / (2R,4S)-2-[(1R)-1-{[(2R)-2-amino-2-phenylacetyl]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / AMPICILLIN (open form)


分子量: 351.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium Chloride 0.1 M HEPES pH7 20%(w/v) PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→30.6 Å / Num. obs: 56337 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 17.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.62→5.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique obs: 30633 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt


解像度: 1.62→30.6 Å / SU ML: 0.1858 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.83 / 位相誤差: 22.5979
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 2807 4.98 %
Rwork0.1876 53530 -
obs0.1895 56337 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→30.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 0 24 238 2207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00551999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81132724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0479324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.09641221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.650.35221540.25832658X-RAY DIFFRACTION98.05
1.65-1.680.31371420.25282650X-RAY DIFFRACTION97.79
1.68-1.710.3226920.24232660X-RAY DIFFRACTION98.22
1.71-1.750.24191600.23822722X-RAY DIFFRACTION98.36
1.75-1.780.25581640.2342600X-RAY DIFFRACTION98.4
1.78-1.820.26931140.22422679X-RAY DIFFRACTION98.48
1.82-1.870.26751460.21852684X-RAY DIFFRACTION98.5
1.87-1.920.22531620.2192613X-RAY DIFFRACTION98.75
1.92-1.980.29831520.20972727X-RAY DIFFRACTION98.97
1.98-2.040.24141800.2072596X-RAY DIFFRACTION98.97
2.04-2.110.29431180.20822750X-RAY DIFFRACTION99.07
2.11-2.20.211520.2062677X-RAY DIFFRACTION99.3
2.2-2.30.22971210.19372726X-RAY DIFFRACTION99.44
2.3-2.420.25591530.20022661X-RAY DIFFRACTION99.4
2.42-2.570.2881980.19942744X-RAY DIFFRACTION99.54
2.57-2.770.25151080.19122763X-RAY DIFFRACTION99.72
2.77-3.050.20731170.18012667X-RAY DIFFRACTION99.36
3.05-3.490.21841670.16962711X-RAY DIFFRACTION99.86
3.49-4.390.16331380.14392675X-RAY DIFFRACTION99.58
4.39-30.60.18771690.15722567X-RAY DIFFRACTION95.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.03255385361-0.4047386254112.012979704461.579083306170.04870677219413.56308491469-0.1056835873670.1630737746220.401407024004-0.16142252277-0.0554816010532-0.0995388906891-1.002632466870.1985900586830.2171736985630.322238372986-0.02009799625510.0262937825560.2042446525210.0292191026770.151284142526-3.7047247795116.8288188582-31.4187204945
22.77520588571-0.9595241098321.612874404581.23897901838-0.4079362984252.71994824662-0.0791806604864-0.043463777690.2121223751680.0417494689958-0.0299856387516-0.131437166355-0.7011607213170.5660910029260.07961359482370.164685939673-0.06831592394290.02118629205370.332976557951-0.006843240842160.1585489571645.0029542927110.593337153-16.4861261742
31.538645191040.02040115374430.8260083990640.05488756918240.1719941066541.0189821130.200432246287-0.111346027222-0.285199475827-0.147680024786-0.187749817949-0.1640956356190.4156872954820.68387258315-0.3754281334490.4060164121840.287085063847-0.1029203513990.615366197417-0.02847966302880.26076454544212.4281924402-10.241941777-5.05673342294
41.15624386211-0.422837960021-0.2307678323470.216284348073-0.2833634497272.332986816850.231346113530.170984367837-0.188546725091-0.264430481012-0.166353854834-0.003325283130260.5042323942180.783842672099-0.03204641107350.2438073648670.183048691678-0.0387987043220.291252364621-0.05379664963240.1743116931736.05290429481-6.19211584387-11.4432121404
51.67820848976-0.5476754350030.03190361691121.0045059517-0.7040914528631.89287630839-0.01463735470450.1436480205890.175900027170.1349017387970.0323867941404-0.0744956488026-0.3809632730050.720192542483-0.05266362040670.115997144424-0.0948291677741-0.0178448212350.4027253555880.00752227241670.1450023270024.910769329697.48683481578-14.2236891563
61.24859661974-1.396533179430.1282477791741.631298238860.238522043551.787949361830.2059406997430.3807265702120.0731221722404-0.228968164897-0.0563294459304-0.256864068414-0.1045016773520.8482583470690.3295884623260.0123271092940.003018187044190.0407184679160.6286754088660.01289245704590.1555989741746.249112393436.08503540131-27.7145802148
78.50961240931.60830963715-1.693303809034.20539277330.02107387104583.9281755396-0.1362685796180.40788311486-0.425917227599-0.3241915282750.213707416079-0.01663434448950.00314057569899-0.140102619927-0.0783701334380.106122222848-0.00428360132175-0.04101439478180.280951200180.01746455052060.110224931864-4.595731851656.22061200583-31.8391511766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 86 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 87 through 101 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 102 through 155 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 156 through 212 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 213 through 266 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 267 through 289 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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