PDB-5t66: Crystal Structure of CTX-M-15 with 1C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t66

タイトル

Crystal Structure of CTX-M-15 with 1C

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / serine-beta-lactamase / boronate inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Cahill, S.T. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017
タイトル: Cyclic Boronates Inhibit All Classes of beta-Lactamases.
著者: Cahill, S.T. / Cain, R. / Wang, D.Y. / Lohans, C.T. / Wareham, D.W. / Oswin, H.P. / Mohammed, J. / Spencer, J. / Fishwick, C.W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Brem, J.

履歴

登録	2016年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2024年1月17日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t66.cif.gz	214.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t66.ent.gz	171.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hbtS 5fq9 5fqb 5fqc 5j8x S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tw6-d 6cyu-d 3hlw-1 7k2y-d 5twe-d 5u53-d 3g2y-2 4pm9-d 7k2x-6 5kmt-1 6v6g-d 3bfg-3 6cyq-3 5e2e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

63 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.463, 76.106, 149.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-545- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 31177.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ser73 complexed to boronate 1C / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaCTX-M-15 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3G192, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-C6S / (3R)-3-(cyclohexylcarbonylamino)-2-oxidanyl-3,4-dihydro-1,2-benzoxaborinine-8-carboxylic acid 分子量: 317.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀BNO₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 70% v/v 2,4-methyl pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日 / 詳細: Osmic HF mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→21.68 Å / Num. obs: 36639 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
CrystalClear		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HBT

4hbt

解像度: 1.951→21.678 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	1999	5.46 %
R_work	0.2003	-	-
obs	0.2022	36608	99.07 %
all	-	192747	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.951→21.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3834	0	46	524	4404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3978
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.673	5427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.527	2429
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	710

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9511-1.9999	0.2964	138	0.2647	2391	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9999-2.0539	0.2441	142	0.2376	2456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0539-2.1143	0.2642	141	0.2284	2440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1143-2.1825	0.263	143	0.215	2472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1825-2.2604	0.2444	141	0.2067	2451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2604-2.3508	0.2198	142	0.2008	2455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3508-2.4577	0.243	143	0.19	2482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4577-2.587	0.2313	144	0.1923	2486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.587-2.7488	0.2588	143	0.1852	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7488-2.9606	0.2053	144	0.1883	2470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9606-3.2576	0.2128	144	0.1815	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2576-3.7269	0.2382	139	0.1834	2430	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7269-4.6877	0.2154	141	0.1841	2419	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6877-21.679	0.2339	154	0.2274	2674	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5463	2.1179	0.4325	6.8236	2.3617	3.8937	-0.2229	0.2728	0.0299	-0.5819	0.2131	-0.189	-0.1501	0.0668	0.0104	0.1354	-0.0183	-0.0318	0.2077	0.0011	0.1289	-38.1395	17.929	2.3407
2	1.7201	1.1411	0.3345	1.5151	-0.9195	1.3815	0.0199	0.0396	0.1329	-0.2339	-0.0277	0.204	0.0415	-0.0122	-0.0085	0.1495	0.0181	0.0103	0.1309	-0.023	0.1116	-43.2862	18.8769	12.3474
3	2.539	-0.8276	0.0745	3.5381	0.4823	2.0159	-0.0106	-0.1534	0.2367	0.193	0.1146	-0.0687	-0.1661	-0.1212	-0.0924	0.0807	-0.0071	0.0068	0.1259	-0.0081	0.139	-45.1405	14.9658	37.4919
4	2.8785	1.5267	-0.0179	1.6422	0.7962	3.2901	0.1246	-0.0431	-0.2742	0.3014	-0.0831	-0.0571	0.2286	0.1928	-0.0118	0.1398	0.0034	-0.0186	0.1047	0.0132	0.1333	-39.5818	1.8144	33.6101
5	1.1129	0.1548	-0.0158	2.1884	-0.7012	1.1345	-0.0311	0.0254	-0.0248	0.0224	0.0903	0.0669	0.0183	-0.0848	-0.0621	0.095	-0.0131	-0.0033	0.1415	-0.0105	0.1146	-49.6615	13.5049	22.5195
6	0.6238	-0.1649	0.1906	1.6041	0.2863	1.3914	-0.0548	0.0734	0.0718	-0.0823	0.0066	-0.1362	-0.0351	0.1786	0.0432	0.0771	-0.0154	0.0043	0.1224	0.0051	0.1204	-34.6405	17.8557	20.2583
7	3.9579	2.5496	-0.6305	6.6482	-0.0571	2.4469	-0.2021	0.2735	-0.2243	-0.3789	0.3298	-0.466	0.0188	0.1955	-0.1165	0.1435	0.005	0.022	0.1381	-0.0128	0.0792	-34.3584	11.7216	7.1923
8	1.3019	0.8789	-0.0613	1.826	0.926	2.5572	-0.0805	0.2094	0.0849	-0.235	0.1534	0.0226	-0.2326	0.0205	-0.0668	0.126	0.0185	-0.0136	0.1321	0.0088	0.1292	-18.933	54.7983	7.0141
9	2.7037	-0.5472	0.0041	5.2347	1.0523	2.7279	0.0026	-0.2259	-0.0079	0.3989	0.0988	0.0472	-0.1796	-0.1918	-0.1183	0.056	-0.0196	0.0075	0.1323	0.0106	0.1297	-23.5155	53.0039	37.1476
10	0.0595	0.0803	0.1249	0.9643	-0.6266	1.0372	0.0282	-0.0013	-0.0145	0.1289	-0.048	-0.0117	-0.0077	0.0569	0.0214	0.0761	0.0015	-0.0058	0.1325	0.0008	0.1193	-22.42	43.8144	32.0101
11	1.0011	-0.1939	0.03	0.7962	0.2048	1.0084	-0.0125	0.0234	-0.0117	-0.0592	0.0314	-0.0629	-0.0596	0.0685	-0.015	0.1081	-0.0144	0.0009	0.1018	-0.0046	0.1096	-17.4193	52.657	17.2259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 104 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 105 through 169 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 170 through 240 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 241 through 263 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 46 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 47 through 71 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 72 through 130 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 131 through 263 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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