PDB-7k09: Puromycin N-acetyltransferase in complex with acetyl-CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k09

タイトル

Puromycin N-acetyltransferase in complex with acetyl-CoA

要素

Puromycin N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme acetyletransferase complex selection marker / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; アシル基を移すもの / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces alboniger (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.313 Å

データ登録者

Caputo, A.T. / Newman, J. / Adams, T.E. / Peat, T.S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structure-guided selection of puromycin N-acetyltransferase mutants with enhanced selection stringency for deriving mammalian cell lines expressing recombinant proteins.
著者: Caputo, A.T. / Eder, O.M. / Bereznakova, H. / Pothuis, H. / Ardevol, A. / Newman, J. / Nuttall, S. / Peat, T.S. / Adams, T.E.

履歴

登録	2020年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k09.cif.gz	642 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k09.ent.gz	551.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7k09_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k09_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7k09_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	7k09_validation.cif.gz	54.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k0aC 2qecS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h0c-2 7k0a-1 1cpn-d 6w1b-3 2p72-1 2ove-d 2ifw-2 4ory-6 5w8c-d 5w8a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Puromycin N-acetyltransferase

B: Puromycin N-acetyltransferase

C: Puromycin N-acetyltransferase

D: Puromycin N-acetyltransferase

E: Puromycin N-acetyltransferase

F: Puromycin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

140 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Puromycin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Elutes at a volume consistent with a momomeric globular protein
23.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Puromycin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Puromycin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Puromycin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Puromycin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Puromycin N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	149.074, 73.63, 106.242
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Puromycin N-acetyltransferase 分子量: 22581.490 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces alboniger (バクテリア) 遺伝子: pac / プラスミド: pET43 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P13249, 転移酵素; アシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.84 % / 解説: small 20 um chunks
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 10% v/v DL-malate-MES-Tris pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.361→106.242 Å / Num. obs: 27792 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 16.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.502 / R_pim(I) all: 0.125 / R_rim(I) all: 0.517 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.361→2.589 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1192 / CC_1/2: 0.504 / R_pim(I) all: 0.795 / % possible all: 67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QEC

2qec

解像度: 2.313→106.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.882 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R_free Blow DPI: 0.4

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2523	1346	-	RANDOM
R_work	0.2363	-	-	-
obs	0.2371	27849	53.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6727 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.5916 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.919 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.46 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.313→106.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8829	0	306	24	9159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	18355	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	33262	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5401	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2956	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9369	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1219	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12558	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.2
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.81

LS精密化シェル

解像度: 2.361→2.5 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	29	-
R_work	0.2346	-	-
obs	-	-	5.24 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6569	-0.3143	-0.1205	0	-0.591	0.3625	0.001	0.0046	0.0059	0.0046	-0.0049	0.0046	0.0059	0.0046	0.004	-0.0081	0.0022	-0.0172	0.0108	0.019	-0.0105	15.5252	18.9408	34.4616
2	0.2292	0.2049	-0.0398	0	0.0488	0.2782	-0.0005	-0.0084	0.0066	-0.0084	-0.0005	0	0.0066	0	0.001	-0.0072	-0.0216	0.0021	0.0041	-0.019	-0.0003	14.5432	17.2519	70.4481
3	0.2635	-0.0785	0.0624	0.1495	-0.4073	0.0652	-0.0007	0.0067	0.0128	0.0067	0.0065	0.001	0.0128	0.001	-0.0058	-0.002	0.0006	-0.0091	-0.0148	0.0081	0.0185	13.2652	17.4322	-0.1655
4	0.3973	-0.1665	0.2042	0.0526	0.1391	0.5485	-0.0011	0.0014	0.0033	0.0014	0.0007	0.0033	0.0033	0.0033	0.0004	-0.0146	0.0191	-0.0126	0.0083	0.0016	-0.011	50.4742	13.7668	38.6051
5	0.4794	0.2529	0.0474	0	-0.1629	0.4559	0.0006	0.0043	0.0032	0.0043	0.0006	0.008	0.0032	0.008	-0.0013	-0.0065	-0.0226	0.0004	0.0109	-0.0044	-0.016	24.0995	-22.0455	31.5296
6	0.122	-0.1983	0.0147	0.3927	-0.1652	0	-0.0005	0.0054	-0.013	0.0054	0.0007	-0.0057	-0.013	-0.0057	-0.0002	0.0099	0.0141	-0.0221	-0.0146	0.0072	0.0098	49.1278	12.6264	3.4332

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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