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Yorodumi- PDB-6w1b: N-terminal domain of mouse surfactant protein B with bound lipid,... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6w1b | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | N-terminal domain of mouse surfactant protein B with bound lipid, Y59A/H79A mutant | |||||||||
Components | Pulmonary surfactant-associated protein B | |||||||||
Keywords | SURFACTANT PROTEIN / Lipid-binding / Lipid transfer / Saposin-like | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationSurfactant metabolism / sphingolipid metabolic process / respiratory gaseous exchange by respiratory system / : / lysosome / extracellular region / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.31 Å | |||||||||
Authors | Rapoport, T.A. / Bodnar, N.O. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2021Title: Mechanism of Lamellar Body Formation by Lung Surfactant Protein B. Authors: Sever, N. / Milicic, G. / Bodnar, N.O. / Wu, X. / Rapoport, T.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6w1b.cif.gz | 498.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6w1b.ent.gz | 358 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6w1b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6w1b_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6w1b_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
| Data in XML | 6w1b_validation.xml.gz | 31.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6w1b_validation.cif.gz | 39.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w1b | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6vynSC ![]() 6vz0C ![]() 6vzdC ![]() 6vzeC ![]() 7mbkC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | |
| Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/773 / Data set type: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/773 |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 8 - 83 / Label seq-ID: 8 - 83
|
-
Components
| #1: Protein | Mass: 9790.410 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: Y59A, H79A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PEE / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.32 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 100 mM Na/K phosphate pH 6.2, 200 mM NaCl, 47.5% (w/v) PEG 200 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 17, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.31→84.76 Å / Num. obs: 37983 / % possible obs: 97.45 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 77.25 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08439 / Net I/σ(I): 13.34 |
| Reflection shell | Resolution: 2.31→2.397 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 2.03 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 3077 / CC1/2: 0.518 / CC star: 0.826 / % possible all: 80.13 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6VYN, lipid removed Resolution: 2.31→84.76 Å / SU ML: 0.466 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / Phase error: 36.301
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 106.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.31→84.76 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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