PDB-6vze: C-terminal domain of mouse surfactant protein B crystallized at low pH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vze

タイトル

C-terminal domain of mouse surfactant protein B crystallized at low pH

要素

Pulmonary surfactant-associated protein B

キーワード

SURFACTANT PROTEIN / Saposin-like

機能・相同性

機能・相同性情報

Surfactant metabolism / sphingolipid metabolic process / respiratory gaseous exchange by respiratory system / : / lysosome / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rapoport, T.A. / Bodnar, N.O.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Mechanism of Lamellar Body Formation by Lung Surfactant Protein B.
著者: Sever, N. / Milicic, G. / Bodnar, N.O. / Wu, X. / Rapoport, T.A.

履歴

登録	2020年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6vze.ent.gz	290.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6vze_full_validation.pdf.gz	263.4 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vze	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vynC 6vz0SC 6vzdC 6w1bC 7mbkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ql3-4 3znz-d 3hgk-4 5o74-6 4ksl-12 3ebn-d 4jbm-1 3qfu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/767 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/767

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Pulmonary surfactant-associated protein B

E: Pulmonary surfactant-associated protein B

H: Pulmonary surfactant-associated protein B

D: Pulmonary surfactant-associated protein B

F: Pulmonary surfactant-associated protein B

G: Pulmonary surfactant-associated protein B

C: Pulmonary surfactant-associated protein B

A: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

70.3 kDa, 8 ポリマー
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1

B: Pulmonary surfactant-associated protein B

D: Pulmonary surfactant-associated protein B

C: Pulmonary surfactant-associated protein B

A: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The total buried surface area between the two dimers that form the apparent tetramer is approximately 1000 square angstroms, suggesting that the tetramer could represent a physiologic complex. ...根拠: The total buried surface area between the two dimers that form the apparent tetramer is approximately 1000 square angstroms, suggesting that the tetramer could represent a physiologic complex. In addition, the tetramer crystallizes at low pH and the protein is found in vivo in the lysosome-like lamellar body organelle, which also has a low pH.
35.2 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Pulmonary surfactant-associated protein B

H: Pulmonary surfactant-associated protein B

F: Pulmonary surfactant-associated protein B

G: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.193, 79.008, 71.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.428, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 3 - 73 / Label seq-ID: 3 - 73

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 3 through 73)	A	H
2	2	(chain 'B' and resid 3 through 73)	B	A
3	3	(chain 'C' and resid 3 through 73)	C	G
4	4	(chain 'D' and resid 3 through 73)	D	D
5	5	(chain 'E' and resid 3 through 73)	E	B
6	6	(chain 'F' and resid 3 through 73)	F	E
7	7	(chain 'G' and resid 3 through 73)	G	F
8	8	(chain 'H' and resid 3 through 73)	H	C

#1: タンパク質	Pulmonary surfactant-associated protein B / SP-B / Pulmonary surfactant-associated proteolipid SPL(Phe) 分子量: 8752.949 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sftpb, Sftp3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2 / 参照: UniProt: P50405
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.44 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 170 mM ammonium sulfate, 21-23% PEG 4000, 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→68.98 Å / Num. obs: 43545 / % possible obs: 97.42 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.19 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.1057 / Net I/σ(I): 9.54
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.102 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 4071 / CC_1/2: 0.211 / % possible all: 93.14

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VZ0, residues A26-V45

6vz0

解像度: 1.9→68.98 Å / SU ML: 0.2798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0944

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2398	2129	4.95 %
R_work	0.2102	-	-
obs	0.2117	43047	97.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→68.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4680	0	15	167	4862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0041	4799
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7399	6502
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0406	698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	860
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.0138	1756

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.3832	122	0.3774	2477	X-RAY DIFFRACTION	88.22
1.94-1.99	0.353	132	0.3185	2730	X-RAY DIFFRACTION	97.88
1.99-2.05	0.3313	135	0.295	2727	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.05-2.11	0.3151	132	0.2785	2693	X-RAY DIFFRACTION	95.83
2.11-2.17	0.2851	140	0.2672	2727	X-RAY DIFFRACTION	97.32
2.17-2.25	0.2734	122	0.2549	2751	X-RAY DIFFRACTION	97.56
2.25-2.34	0.3074	134	0.2249	2735	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.34-2.45	0.2296	150	0.2193	2763	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.45-2.58	0.2733	148	0.2201	2705	X-RAY DIFFRACTION	97.24
2.58-2.74	0.2805	164	0.209	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.74-2.95	0.254	161	0.2116	2733	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.95-3.25	0.2724	159	0.2063	2778	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.25-3.72	0.1898	122	0.1802	2777	X-RAY DIFFRACTION	97.77
3.72-4.68	0.1866	154	0.163	2756	X-RAY DIFFRACTION	97.91
4.68-68.98	0.2285	154	0.2172	2788	X-RAY DIFFRACTION	97.1

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.977235062783	-0.0175095882827	-0.23230402938	0.140349312332	0.174752962502	1.57457924153	-0.0865430247989	0.372548914751	0.0468611134018	-0.137517219189	0.237637515292	-0.0322254892536	-0.0350791446407	-0.33782621095	-0.000178560151875	0.275550790169	-0.00265560413676	-0.0307640414682	0.361857172523	0.0571327943482	0.32423538578	-7.70667453338	71.0102681885	-11.6485706527
2	0.261546161524	0.0955989695832	-0.154911324364	0.376254511161	-0.166712269126	0.18636252068	-0.167019450058	0.276725586017	-0.242093885075	-0.487391024005	0.384897278653	-0.802285066868	-0.0143999344599	0.205212352095	6.88806192845E-7	0.347466687274	-0.0266146707294	0.0413199410663	0.316332937068	-0.0193212372916	0.317122088815	14.9399314355	80.7167635149	-13.9318700218
3	0.153491935347	-0.00219012955801	0.051313491344	0.120957995826	0.129981060899	0.119953062503	0.249202019004	-0.273167058328	-0.832181490911	-0.168076435655	-0.187553315492	-0.203546373008	0.0526138965018	-0.0902178153039	3.58964914617E-6	0.338851327218	-0.00115946005361	-5.45874150991E-5	0.39004219125	0.0329249031561	0.430549157106	4.01084556008	66.4344654664	-12.7753933822
4	0.264337600419	-0.10860273253	-0.288295606464	0.118461430027	0.00881623504862	0.459681427532	0.0191084970249	0.279929186346	-1.38154280663	-0.333429117287	-0.210746528262	0.551538872844	0.530545309571	-0.687553615633	-0.00723441773211	0.387840787793	-0.0320073487244	-0.108302984504	0.441621486742	0.0198891945985	0.523389792992	-12.6406213223	59.0256010295	-3.56416035943
5	1.3117117341	-0.213192721371	0.902813862065	1.07299643187	0.508449724875	1.15982769273	0.107411597413	0.296626613448	-0.17164549626	-0.037943141893	-0.0293898621422	0.243023046052	0.0646685229605	0.208533400863	0.0126124628182	0.306289239441	0.0357532564336	0.00332005851003	0.363844919727	-0.0461583514751	0.290962740491	10.8017072351	51.9657519932	22.2208831353
6	0.934124120129	0.155736214863	0.646811324278	1.13132487853	-0.354116567642	0.68762867131	-0.742534261964	-0.595083669267	-0.901174243359	0.74170573564	0.9136932023	1.56673856237	0.69715027897	-1.12603061496	-0.0867450547553	0.565421880948	-0.0130381042784	0.144317624985	0.45017835366	0.106538847775	0.538070021424	-5.01393501008	43.8590138809	37.4730290076
7	0.277811434446	-0.080493597302	0.202707351665	0.0765166396754	-0.172165144268	0.302963247454	0.370534491363	-0.603397621715	0.541195307021	-0.114373641941	-0.17107777837	0.104407616146	-0.357279901243	0.264399731841	0.000482951085119	0.385221950696	0.0193541737088	0.0604216335845	0.329419611604	-0.0591376310793	0.337037332002	3.19441479568	57.7061877472	29.3914023579
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29	0.433655148122	-0.0296623752877	-0.0161292210725	0.0818102536204	-0.179625707215	0.315268529549	0.136139749048	-0.0663461834537	0.123567135078	-0.406229557155	-0.00203216169683	-0.598902223958	0.132294874868	0.416959842839	1.12615977562E-7	0.355897078005	0.0486083672278	0.0483847278108	0.383888591463	0.0074652267742	0.395122830607	17.0903573531	53.6451049857	-3.14414958552
30	0.598504781434	-0.214110321671	-0.240810290001	0.51883811875	-0.267402598445	0.541491391209	-0.529475814722	-0.839385657707	1.23879521805	0.354052484535	0.540841116474	0.029085167077	-0.257550665589	0.324066696198	-0.00525636001958	0.427748275787	0.0179214317303	-0.0291835530616	0.385518625417	-0.00163598364423	0.461903949259	-4.61138467788	68.4884870133	8.49984352485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 34 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 48 through 58 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 59 through 73 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 3 through 33 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 34 through 47 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 48 through 58 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 59 through 69 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 70 through 75 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 2 through 28 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 29 through 37 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 38 through 55 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 56 through 73 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 33 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 34 through 47 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 48 through 58 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 59 through 73 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 2 through 58 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 59 through 73 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resid 1 through 33 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resid 34 through 58 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'G' and (resid 59 through 76 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 2 through 33 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 34 through 47 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 48 through 58 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 59 through 68 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 69 through 75 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'A' and (resid 1 through 37 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'A' and (resid 38 through 55 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'A' and (resid 56 through 74 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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