[日本語] English
万見
- PDB-7k07: Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus ho... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k07
タイトルCrystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus host factor ERI3 that is involved in viral RNA synthesis define the ERI subfamily of structure-specific 3-prime - 5-prime exoribonucleases
要素ERI1 exoribonuclease 3
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE METAL BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / ERI1 exoribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Thapar, R. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Robert A. Welch Foundation
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus host factor ERI3 that is involved in viral RNA synthesis define the ERI subfamily of structure-specific 3'- 5' exoribonucleases
著者: Thapar, R. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ERI1 exoribonuclease 3
B: ERI1 exoribonuclease 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0508
ポリマ－50,1362
非ポリマー9146
水2,936163
1
A: ERI1 exoribonuclease 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5254
ポリマ－25,0681
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ERI1 exoribonuclease 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5254
ポリマ－25,0681
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.627, 74.777, 96.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 ERI1 exoribonuclease 3 / Prion interactor 1 / Prion protein-interacting protein


分子量: 25068.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERI3, PINT1, PRNPIP, PRNPIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O43414, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 35% MPEG 2K, 20% saturated KCl, 200 mM pH 8.0 Imidazole Malate, 5mM MnCl2, 20mM AMP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→37.4 Å / Num. obs: 44601 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 40.47 Å2 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 39.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 2173 / CC1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XRI

2xri


解像度: 2.15→37.39 Å / SU ML: 0.2946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.9018
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 2135 4.98 %
Rwork0.177 --
obs0.1791 42912 96.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→37.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3222 0 50 163 3435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74214564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.05651256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.34931220.27272429X-RAY DIFFRACTION86.1
2.2-2.250.23591330.24712630X-RAY DIFFRACTION91.64
2.26-2.320.29441280.24912516X-RAY DIFFRACTION89.93
2.32-2.380.30161370.2272595X-RAY DIFFRACTION92.36
2.38-2.460.30871410.21852695X-RAY DIFFRACTION94.44
2.46-2.550.28281460.22032702X-RAY DIFFRACTION95.76
2.55-2.650.24871480.21172735X-RAY DIFFRACTION96.65
2.65-2.770.26291460.20912781X-RAY DIFFRACTION97.86
2.77-2.920.27451490.21162774X-RAY DIFFRACTION98.92
2.92-3.10.31981500.20072809X-RAY DIFFRACTION99.26
3.1-3.340.24551470.18282797X-RAY DIFFRACTION99.66
3.34-3.680.18581470.16232862X-RAY DIFFRACTION99.7
3.68-4.210.16491410.15152819X-RAY DIFFRACTION99.93
4.21-5.30.18621480.13872835X-RAY DIFFRACTION99.7
5.3-37.390.18061520.1582798X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3736031023280.0891974250891-0.0238111533250.267875957204-0.3350458217770.361674781090.0458611108479-0.008065612200940.1508201104630.1794055373120.128512215493-0.152164519044-0.0772990424231-0.02882914237764.42832458634E-50.3051812605360.00436430199368-0.01663831414910.280884895403-0.0538087112540.34845058471459.762896294128.70224029948.88779236316
21.63384623917-0.1405134946780.2450102907581.14476623201-0.1054459674421.133328336180.1494029037910.239285250255-0.0798150739606-0.111388868201-0.08143747190690.001143389847850.00495176994599-0.0785281042457-1.75162525136E-50.210433471285-0.0131969895358-0.04826443791010.339533160794-0.005534211158350.27738667800659.435753724717.988101681-2.75644930385
30.422353126707-0.152280396465-0.1822257304780.0497968784978-0.0179248411170.4911575960510.0179962148195-0.13728361848-0.1230724403080.2538267826730.100637174201-0.2074135451170.09783372238950.100547096298-6.73341391861E-50.370772647391-0.0217487569396-0.08463039836620.387822733937-0.02898034532750.37266164481866.017898779522.329364237114.3592218389
41.65239541777-0.08572275918690.009563646899311.40559640088-0.6630241343251.422419738110.1678457111820.1755466706620.0906135400780.2768653186020.451650648640.61509485531-0.867857827625-0.340482888591.071483243520.728586989159-0.1198258028190.1781523916420.197300282653-0.100146113250.2326227468754.461955051550.8146781687-14.3909857464
50.1803205880660.0277331437922-0.03047476264280.527791894782-0.622373075580.73563672162-0.1625325450920.3962450048560.269703636846-0.001042716485580.3722444862670.359739744402-0.36039799461-0.0509303205368-8.19133183469E-50.490391179594-0.05525295965570.1175744510860.4222502394910.04493980093830.45423860338949.024865155540.493583792-11.8464288751
60.309824149514-0.1884513567570.2688721789260.423857909590.2217823640760.6440694860.472919678851-0.3544874392170.5157292769430.6092063631870.4046488116840.341884333796-0.969575192802-0.2601354495660.8363580246850.7666600659280.1198048717430.3262740301620.4914939349720.05679592135350.54330649671343.317558676251.9660948531-4.6076699048
71.81696643847-0.4459071546780.4782487097970.276088220926-0.2227932075140.1768386964830.5115050911960.1820527667160.6452485104510.5183588945220.0938925338650.420038231594-0.740866936495-0.09313794693260.7339541989380.969159700159-0.0484745234440.340609560320.3168341430180.0825270286630.61237943899752.331866834758.3611755909-12.2130990171
80.147286255532-0.01812067453920.2071652631490.0244350562314-0.03687456570670.3571595152560.334827201506-0.01456007362210.13144958253-0.0060049751880.5394768643210.372472880186-0.18639799684-0.9426194108790.03830563656480.7092581346040.1020203032910.1805098776220.6954133790330.2461265533950.78332537775641.520101698254.9252812403-16.8788334977
91.317156780540.4765768038560.9876560491020.3656293259130.6041474356851.117771971270.4320790642830.386196691661-0.08063712346780.4912627059520.1215580928190.12121226709-0.6120419464160.4074343076150.1454585579730.549469745818-0.08309766125180.1189441492280.3374981164490.09943049990650.30872805556163.607063482357.4434301784-21.9172213017
100.0200585763398-0.0267453112639-0.01901327048430.01915273494560.0114297157250.045891088582-0.0002491741363380.08361493873310.0475583933744-0.115813244406-0.1041641898970.2535479532420.1121888242190.290423892084-4.48427350407E-50.426209887872-0.02639149680.02588289413970.4408708032720.09722593308580.38956064621867.640999722648.4560925613-24.4095812001
111.4627473545-0.621730895487-0.1818266012290.9920149736580.05876773670860.2800200129130.256221246866-0.124857432202-0.1452861113720.714942489356-0.1507701329590.180034040131-0.6159512949070.5937867275610.1031561626780.534353319439-0.172845847470.02187268334020.4093484690190.03992390636420.29451978267764.802934900750.8875135858-14.866311545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 136 through 154 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 271 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 272 through 335 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 136 through 174 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 175 through 216 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 217 through 230 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 231 through 252 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 253 through 271 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 272 through 283 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 284 through 298 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 299 through 335 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る