PDB-7k06: Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus ho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k06

タイトル

Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus host factor ERI3 that is involved in viral RNA synthesis define the ERI subfamily of structure-specific 3-prime - 5-prime exoribonucleases

要素

ERI1 exoribonuclease 3

キーワード

HYDROLASE / HYDROLASE METAL BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Thapar, R. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus host factor ERI3 that is involved in viral RNA synthesis define the ERI subfamily of structure-specific 3'- 5' exoribonucleases
著者: Thapar, R. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2020年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k06.cif.gz	223.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k06.ent.gz	148.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7k06_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k06_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7k06_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	7k06_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k06	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7k07C 2xriS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k05-2 2vlb-2 4kbr-4 2vpv-d 4nt1-1 2nu0-d 7k05-1 1iad-d 7k07-2 5ux1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ERI1 exoribonuclease 3

B: ERI1 exoribonuclease 3

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ERI1 exoribonuclease 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ERI1 exoribonuclease 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.417, 74.234, 96.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	ERI1 exoribonuclease 3 / Prion interactor 1 / Prion protein-interacting protein 分子量: 25068.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERI3, PINT1, PRNPIP, PRNPIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O43414, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE 分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 25% MPEG 2K, 15% saturated KCl, 200 mM pH 7.8 imidazole / malate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→48.4 Å / Num. obs: 31492 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.23 Å² / R_pim(I) all: 0.012 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 58.1
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 1497 / CC_1/2: 0.795

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XRI

2xri

解像度: 1.95→40.55 Å / SU ML: 0.217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.5264

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2226	1473	4.98 %
R_work	0.1814	-	-
obs	0.1836	29563	94.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3222	0	44	224	3490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	3373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6084	4580
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.2788	1247

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.01	0.3077	80	0.243	1520	X-RAY DIFFRACTION	56.98
2.01-2.09	0.3114	122	0.2211	2433	X-RAY DIFFRACTION	91.71
2.09-2.17	0.2825	137	0.2031	2554	X-RAY DIFFRACTION	95.36
2.17-2.27	0.2358	137	0.1904	2593	X-RAY DIFFRACTION	97.12
2.27-2.39	0.2709	135	0.1973	2603	X-RAY DIFFRACTION	97.23
2.39-2.54	0.2273	140	0.2013	2670	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.54-2.73	0.2741	138	0.2015	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.73-3.01	0.2492	143	0.2007	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.01-3.44	0.2441	144	0.1913	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.44-4.34	0.1618	145	0.1484	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.34-40.55	0.1549	152	0.1441	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.49148477884	-0.34171410163	-0.0653306398075	1.22567738477	0.0668458862445	0.891356946166	0.0937405189322	0.0283410642597	0.000798612347644	0.00508600014387	0.040224741834	-0.028714175556	-0.0314325770474	-0.0304280856228	-0.0470186990589	0.0125480461111	-0.0221695748519	-0.037759265999	0.0958560374429	0.00229027185115	0.0853703194726	59.4249337471	19.5945723612	-1.00092123584
2	1.86169917487	0.290851973661	0.835798923544	1.85297964297	-0.185141957035	2.16788311346	0.0724152682295	-0.346438025262	-0.0213975705887	0.272355044018	0.0640090352074	-0.173396862799	0.0155838291498	0.0248183722941	-0.0795525255002	0.0786397698459	0.00224965542657	-0.0322881512505	0.197649890017	-0.0382324426237	0.115608390505	65.9863315549	22.2199010752	14.3081214988
3	1.50053328804	0.631285276257	0.686323975776	2.17171150339	0.844930108689	0.706921615753	0.0136274281977	-0.0886845161399	0.4025299057	0.197562988437	0.127412368896	-0.151524367597	-0.449790335462	0.33410788739	-0.0547062831814	0.6181093947	-0.152866688756	0.118717624161	0.259239855209	-0.072957315436	0.316648491184	60.1439973463	57.075784538	-10.9630257657
4	3.10405730826	1.20508187474	0.105014923598	2.62025261108	0.107462272279	1.66950165616	-0.0305775419328	0.244999012144	0.302076617393	0.111537552053	0.23563566196	0.223560141592	-0.365456286605	0.176049197023	-0.129708266936	0.344144381736	-0.0584102007079	0.0892928472546	0.15013139221	0.028776462297	0.17203057734	52.1815648743	46.561986257	-12.5786055549
5	3.33726357145	1.12840549586	-0.801326286942	3.07904381689	-1.24773786723	3.16990816698	-0.0699927109723	0.568454270705	0.158070388009	-0.288388309574	0.285337424269	0.278766722566	0.0270073744307	-0.58583617524	-0.200245565723	0.147760979257	-0.0732848075051	0.0329512567754	0.282424163103	0.0737809906571	0.178909220738	44.0772884484	34.9637938139	-15.5855868123
6	1.10590898427	-0.0775509445925	0.340292882271	1.44568237293	2.06067478748	4.06248178463	0.0843340645057	-0.236871233528	0.12631592778	0.188893716821	-0.0440872778605	0.166751324959	-0.192622585986	-0.259274027346	0.0334947526664	0.610625479722	0.0766105729148	0.309935565809	0.256380308139	0.0407622448034	0.430278136299	43.8181263684	51.904038355	-4.15530032363
7	0.493679345698	0.254795441998	-0.22410800489	1.44533362278	-0.3872802682	0.852930241735	0.0673174430582	-0.0536674581796	0.285840055769	0.452813099499	0.19170209906	0.548200512232	-0.341971544053	-0.267308779968	-0.259020953037	0.511570795528	0.0555951272575	0.179784790084	0.226219607643	0.139979158456	0.40965268754	51.2773345048	56.7686088288	-16.676723441
8	3.18133358723	-1.38689110138	-1.31523149488	4.02128481071	-3.9109107847	7.0280969104	-0.0190866956944	0.252640519219	0.0352580526576	-0.153522687145	0.0182307434339	0.0447146307087	-0.0211800459613	0.127119148049	-0.00511236909212	0.182150185374	-0.063503127536	0.0223967719303	0.19255506659	0.0379608985467	0.112037678545	67.2025835474	48.0329466004	-24.4820604929
9	4.03254965193	1.43604827893	-1.21798244971	4.64822980499	-0.989545329527	2.36358988232	-0.0460297661595	-0.117464066957	-0.00721380739584	0.197957478239	-0.077818287971	-0.264653289742	-0.368332492058	0.610980172359	0.102721735455	0.294661307183	-0.0973637959766	0.0169696753525	0.223623813805	0.0298609311704	0.101021101895	64.9263213782	45.8913697097	-13.7301841337
10	6.92396516366	1.79712639896	0.927011954677	2.89540719943	-0.0529115439796	0.395230039632	-0.0167123310433	0.298469291732	0.69062035341	-0.110850676851	0.0404258728983	0.0516176113163	-0.328929293774	0.112019838583	0.0130557867416	0.664746801014	-0.10046177391	0.153431265824	0.236882832311	0.0568728790715	0.41155530087	63.1844445743	62.367919039	-17.9462160981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 136 through 271 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 272 through 335 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 136 through 154 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 155 through 187 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 188 through 216 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 217 through 231 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 232 through 283 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 284 through 298 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 299 through 325 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 326 through 335 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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