PDB-7k05: Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus ho...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 7k05

タイトル

Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus host factor ERI3 that is involved in viral RNA synthesis define the ERI subfamily of structure-specific 3-prime - 5-prime exoribonucleases

要素

ERI1 exoribonuclease 3

キーワード

HYDROLASE / HYDROLASE METAL BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Thapar, R. / Andrew, A.S. / Tainer, J.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures and ribonuclease activity of the Flavivirus host factor ERI3 that is involved in viral RNA synthesis define the ERI subfamily of structure-specific 3' - 5' exoribonucleases
著者: Thapar, R. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2020年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k05.cif.gz	218.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k05.ent.gz	146 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k05	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lpyC 7lpzC 7lq0C 2xriS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k07-2 7k07-1 7k05-2 3uyw-4 7k06-1 3uyw-2 4z9d-4 2gbz-d 4xin-d 3exv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ERI1 exoribonuclease 3

B: ERI1 exoribonuclease 3

ヘテロ分子

51 kDa, 2 ポリマー
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1

A: ERI1 exoribonuclease 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ERI1 exoribonuclease 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.579, 74.346, 96.513
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	ERI1 exoribonuclease 3 / Prion interactor 1 / Prion protein-interacting protein 分子量: 25068.066 Da / 分子数: 2 / 断片: exonuclease domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERI3, PINT1, PRNPIP, PRNPIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O43414, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 30% MPEG 2K, 20% saturated KCl, 200 mM pH 8.4 Imidazole / Malate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.005 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→48.3 Å / Num. obs: 69137 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 35.53 Å² / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 51.7
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 3207 / CC_1/2: 0.844

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XRI

2xri

解像度: 1.85→37.25 Å / SU ML: 0.2249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.4105

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	3334	4.98 %
R_work	0.1715	-	-
obs	0.1734	67010	96.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→37.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3222	0	56	176	3454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3385
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2822	4598
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0768	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6093	1265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.88	0.4053	111	0.2828	2257	X-RAY DIFFRACTION	82.02
1.88-1.9	0.2825	136	0.2559	2397	X-RAY DIFFRACTION	87.44
1.9-1.93	0.3023	131	0.2423	2462	X-RAY DIFFRACTION	90.6
1.93-1.97	0.2833	128	0.2307	2563	X-RAY DIFFRACTION	91.44
1.97-2	0.2699	130	0.2265	2522	X-RAY DIFFRACTION	92.92
2-2.04	0.2402	140	0.2191	2591	X-RAY DIFFRACTION	94.56
2.04-2.08	0.2352	137	0.2085	2632	X-RAY DIFFRACTION	95.22
2.08-2.12	0.2825	133	0.2054	2604	X-RAY DIFFRACTION	95.23
2.12-2.16	0.2336	147	0.2027	2649	X-RAY DIFFRACTION	96.18
2.16-2.21	0.2498	138	0.1815	2719	X-RAY DIFFRACTION	97.94
2.21-2.27	0.2592	138	0.1868	2704	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.27-2.33	0.2452	141	0.1923	2709	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.33-2.4	0.2355	145	0.1942	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.4-2.48	0.2598	143	0.196	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.48-2.57	0.2579	140	0.1983	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.57-2.67	0.245	145	0.1884	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.67-2.79	0.2683	145	0.1935	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.79-2.94	0.2017	149	0.1906	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.94-3.12	0.2356	148	0.1938	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.12-3.36	0.2226	144	0.1732	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.36-3.7	0.1812	143	0.1573	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.7-4.23	0.1717	142	0.1416	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.52
4.23-5.33	0.1728	140	0.1324	2716	X-RAY DIFFRACTION	98.72
5.33-37.25	0.1826	140	0.1578	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.914606657442	-0.19471126647	0.0876493691063	0.412172422592	-0.430668081845	0.476970661262	-0.0269500926516	-0.158271955291	0.0445253594257	0.0566337056177	0.163860831026	0.118390688047	-0.118445141106	-0.0526739365104	4.87677913423E-5	0.267856156028	-0.000400651123734	0.00517356226938	0.296484789564	-0.0723606463598	0.305939923003	59.9776266672	28.6234596594	8.83453026601
2	1.22196585946	-0.070567241513	0.947551628753	1.05656131609	-0.600124800153	0.427218832922	-0.0375494063729	-0.100168291977	-0.203053757259	0.117681412636	0.00335648214097	0.17766318484	0.111495951267	-0.0190489150133	7.58726151134E-5	0.267411002594	-0.0275381480318	-0.0310111568616	0.342457640854	-0.0256471751131	0.336794488173	59.023573317	17.2786061985	2.25362874138
3	0.337693094101	-0.198309885432	-0.110843730596	0.468332036291	-0.0231344256454	0.104882807537	0.178072226773	0.192853544476	-0.599667637906	-0.139331888032	-0.153820204135	0.164371695698	0.357293766338	-0.0909333839573	-0.000341110154985	0.343155686118	-0.0245571578638	-0.0806480002491	0.371432332989	-0.0587210166522	0.432099113416	59.4037585373	4.34873300572	-4.57423743105
4	0.234555398015	0.0519375641106	-0.0681064433996	0.325688013718	-0.123021024449	0.0124856849209	0.0995526181895	0.240636279193	-0.146594332639	-0.212588239836	-0.239734290911	0.552867608208	-0.158167407839	-0.190696197614	-0.000165160381634	0.286145683189	0.0375535228049	-0.0391116755414	0.423649838306	6.07375455725E-5	0.334919054091	51.9025435704	23.2420270542	-7.00163353353
5	0.822197302968	0.496568637456	-0.507226278287	0.402654923273	0.290590312287	0.962052065648	0.170492128791	0.253284843031	0.259300497733	-0.0720776462483	-0.00159993248869	-0.248083658695	-0.154153906881	0.0911745525569	-3.28043713867E-5	0.275769260102	-0.00735644429385	0.0194103362396	0.379983502656	0.018820710269	0.322460741385	63.3953751707	25.7936173651	-4.14622529993
6	0.121224548609	-0.0406911745589	0.00593301762273	0.0332961340817	0.0442538349109	0.0871586964146	0.0794192066633	-0.212416007805	0.0935697674065	0.284566364124	0.0431547492251	-0.15614004615	0.251167201858	0.853719738374	4.51518853069E-5	0.343438908838	-0.0188980631787	-0.0322501541405	0.423378285282	-0.0604380216301	0.403591807453	70.8364642971	26.9046973606	11.8261384181
7	0.104865332307	0.0189495716934	-0.0934326968985	0.0174069839099	-0.0373207485482	0.047979774191	0.298301922787	-0.00305262063624	-0.172272729509	-0.0627185446997	0.00303591025562	0.113095555616	0.381710415802	0.340098328383	7.49486365583E-5	0.456663613839	0.0169576305914	-0.0558580938132	0.626137733003	-0.0571730365785	0.4466235124	72.6687235904	18.8363448893	16.6739728595
8	0.155367959612	0.0438190982233	0.0144536982855	0.0376567465457	0.0158909395198	0.0313874405967	0.113603967015	0.154997561823	-0.279584004694	0.566562825562	0.213183617069	-0.0603285336052	0.801318680765	0.286722543613	-0.000721502914514	0.548675261782	-0.0241630823937	-0.0465731935093	0.581193212988	0.0339927497728	0.453160307752	61.5687422123	12.7211909778	15.9892567239
9	0.16061056474	-0.197818744862	0.156944763113	0.116835872553	-0.146031043226	0.151770017216	-0.143507880973	-0.0780279473364	-0.181345900491	0.213280202174	0.200331786444	0.452776714423	0.263251239141	-0.238335620338	1.46905188161E-5	0.348996038284	0.0124965747683	-0.0213494836174	0.419464456386	-0.0153965919414	0.283907502268	60.3091921815	22.2068424398	15.4511581672
10	0.0443154884828	-0.0699830305467	0.0761294253044	0.0310409238214	-0.0529243517559	0.0318733609543	-0.206086971162	0.125523374023	0.490611127037	0.146986986015	0.209183312443	-0.626068476119	-0.204757332913	0.290023115948	0.000161422075636	0.378307104666	-0.0345576505038	-0.0123387125183	0.399369042069	-0.147992145787	0.562118163055	68.3710493417	33.1982432383	9.52901688384
11	2.55400636608	1.7480134641	-2.47807337978	2.53978526049	-2.68054415598	3.7729882002	0.37864672503	0.297312754471	0.489988704881	0.50233153929	0.298467342777	0.723674190325	-0.855143226094	-0.50340290149	0.725629711465	0.597878462367	0.0589729667631	0.173545118578	0.283460577185	0.0639001660124	0.453581953602	49.5211346489	49.3245182863	-12.517707738
12	1.45275242758	0.0933152299304	-1.45081763902	1.07952852419	-0.784395982098	1.60053064683	0.316673788244	-0.0309115520178	-0.0246578310653	0.414991075612	-0.27094529354	0.0564153680584	-0.390063002167	0.470204148426	0.0220487359234	0.544264411566	-0.114715744547	0.0317812179348	0.422417787835	0.0565352696761	0.378268092937	65.0627309886	51.3317434416	-18.3833831537

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 136 through 154 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 155 through 187 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 188 through 216 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 217 through 231 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 232 through 271 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 272 through 283 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 284 through 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 298 through 308 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 309 through 326 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 327 through 335 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 136 through 271 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 272 through 335 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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