PDB-7jzt: Low resolution crystal structure of Zaire Ebola virus VP40 in spa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jzt

タイトル

Low resolution crystal structure of Zaire Ebola virus VP40 in space group P6422

要素

Matrix protein VP40

キーワード

VIRAL PROTEIN / VP40 / matrix protein / Ebola virus

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular transport of virus / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / viral budding / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / host cell membrane / viral budding from plasma membrane / host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.77 Å

データ登録者

Norris, M.J. / Bornholdt, Z.A. / Saphire, E.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Ebola and Marburg virus matrix layers are locally ordered assemblies of VP40 dimers.
著者: William Wan / Mairi Clarke / Michael J Norris / Larissa Kolesnikova / Alexander Koehler / Zachary A Bornholdt / Stephan Becker / Erica Ollmann Saphire / John Ag Briggs /

要旨: Filoviruses such as Ebola and Marburg virus bud from the host membrane as enveloped virions. This process is achieved by the matrix protein VP40. When expressed alone, VP40 induces budding of ...

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jzt.cif.gz	517.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jzt.ent.gz	439.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jzt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jzt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	11660C 11661C 11662C 11663C 11664C 11665C 7jzjC 4ldbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jzj-1 2f7f-d 4ldb-2 4ldi-d 4wvj-d 4sli-d 4mzy-d 4fl2-d 5d68-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Matrix protein VP40

B: Matrix protein VP40

C: Matrix protein VP40

D: Matrix protein VP40

129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Matrix protein VP40

D: Matrix protein VP40

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Matrix protein VP40

C: Matrix protein VP40

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.275, 105.275, 463.738
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	Matrix protein VP40 / Ebola VP40 / eVP40 / Membrane-associated protein VP40 分子量: 32244.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05128

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 0.2 M Lithium citrate tribasic tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 85 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.77→154.586 Å / Num. obs: 7524 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 3.77→4.304 Å / R_merge(I) obs: 1.848 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 376 / R_pim(I) all: 0.561 / R_rim(I) all: 1.931

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.45 Å	19.9 Å
Translation	4.45 Å	19.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Mar 15, 2019	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Coot	0.9 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LDB

4ldb

解像度: 3.77→19.9 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 46.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3454	352	4.75 %
R_work	0.3151	7065	-
obs	0.3165	7417	45.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 414.91 Å² / B_iso mean: 176.5741 Å² / B_iso min: 59.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.77→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6795	0	0	0	6795
残基数	-	-	-	-	915

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.77-4.31	0.3594	22	0.4638	362	384	7
4.31-5.41	0.3724	70	0.3891	1805	1875	35
5.41-19.9	0.3412	260	0.2989	4898	5158	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0819	0.8714	0.0094	2.1369	-0.35	8.5274	0.8237	-0.6579	0.6922	-0.7216	-1.203	1.0312	1.1095	2.6007	0.1292	0.2899	-0.4068	-0.795	1.3027	0.4165	3.5805	-6.1582	37.6942	78.5391
2	6.7998	-0.5312	-0.8971	7.2553	2.1313	7.9808	-0.5045	-0.9124	0.9956	0.4515	2.6781	1.9683	-0.4694	1.6477	-1.7436	1.0039	0.1521	0.4995	1.2202	0.1049	1.8675	-9.396	40.3404	84.6674
3	2.3809	-0.3965	-1.1067	8.552	-1.822	7.2026	1.2377	-0.0939	0.9856	1.1806	-1.675	-1.9808	-1.0945	-0.2962	-0.8267	1.7621	-0.3853	-0.341	1.486	0.2551	1.7029	-14.9191	35.5312	92.4916
4	0.6065	1.198	1.1218	2.2345	2.2674	2.4469	2.6641	0.5027	-2.6558	0.5965	0.8722	-0.3856	0.1255	0.4225	-1.9981	2.1138	-0.4255	0.1883	2.8038	-0.2567	3.2745	-12.6273	32.8527	91.6884
5	3.8864	-2.3855	0.3337	7.4566	-3.1707	1.5095	1.2239	-2.7095	0.9009	2.109	2.4435	-0.2311	-0.3706	1.033	-1.2234	1.0784	0.4918	-0.0486	2.5669	0.1571	1.6539	-12.0527	51.4466	95.408
6	5.979	1.7484	2.48	0.4897	0.7085	2.636	-0.5167	1.7812	-1.0759	0.3522	0.4283	2.3445	1.2592	-1.5723	-0.9204	2.1963	-0.6518	0.5311	2.1737	0.1484	2.2612	0.2376	28.0148	87.247
7	9.505	1.2228	0.1613	4.482	-1.0245	3.3293	0.5487	-1.4553	1.8498	0.6129	-1.048	1.5711	-1.2179	1.219	0.0898	0.9531	-0.4149	-0.3383	2.3227	-0.3788	2.7605	-0.2019	27.6136	102.0366
8	3.4038	-0.7387	2.6779	0.8407	-1.1576	2.2489	-1.1848	0.8166	0.6001	0.1273	-1.2751	-0.5648	-0.0178	0.879	-3.3256	1.8818	0.8498	-2.1874	2.0407	0.7594	3.2499	10.0316	25.245	100.6065
9	4.9962	0.033	2.5741	7.055	-2.2707	3.5301	0.2999	-0.6481	-0.4404	0.7214	0.9174	-0.0423	2.3586	0.0827	-0.6949	2.2241	0.5318	-0.1536	2.3338	0.3769	1.54	6.0482	24.9968	96.6431
10	0.6009	0.3492	-0.3784	0.2727	0.3745	4.0144	-0.3346	0.1307	-1.2377	0.4017	-0.1009	0.4016	-0.3954	0.6381	0.0694	0.6967	0.056	0.1203	1.6093	0.6341	3.0732	32.1796	29.5009	12.5065
11	3.9669	2.971	-0.9314	7.9493	0.4759	6.9336	-2.0013	0.6562	-1.7087	0.8566	2.1393	-0.3685	0.4565	0.8864	-0.3239	1.8161	0.9136	0.246	1.8142	-0.1055	2.1151	30.3015	21.4297	15.8184
12	4.5167	3.705	3.4653	3.7725	4.9409	7.0963	0.1119	2.5249	-2.7896	0.6554	1.5564	-3.3285	-0.8291	1.8938	-2.4251	2.5631	0.2263	-0.4352	1.6123	-0.3526	1.9025	31.9829	28.2333	20.7646
13	7.4095	5.0558	-0.5961	3.5172	-0.0476	8.1224	-0.1483	1.9482	-0.3616	-0.0114	1.7767	-2.3983	1.3017	-1.817	-1.0165	2.069	-0.011	0.1988	1.0494	0.2468	2.1113	23.6013	28.2868	13.9422
14	3.7129	-2.7055	-2.9537	2.3773	1.9494	3.1198	0.2962	1.538	-1.1996	-1.1713	0.2575	-0.5627	-0.0482	-1.396	-0.2979	2.0345	-0.0374	-0.2907	2.3304	-0.0157	1.7455	24.7559	29.9586	27.5611
15	6.1817	-1.8747	-1.9276	3.2304	-1.7766	2.4338	-0.7762	-0.8413	0.2979	0.3717	-0.0668	-0.995	-0.3675	-1.0318	0.195	1.7729	-0.0069	-0.2855	1.4123	0.1154	1.2896	31.0006	23.855	25.5818
16	0.5816	-0.2792	-1.264	0.2224	0.8923	3.2292	1.6137	0.0788	-0.5587	-0.0918	0.3034	3.0067	0.3351	0.9602	-1.1826	2.2612	-0.1372	-0.0809	1.9317	0.6697	2.4111	22.5133	14.1115	36.2222
17	1.0139	1.4808	-1.5012	4.8916	-1.9923	6.5171	-1.1698	0.3999	0.976	0.8068	0.3305	0.048	0.2935	-1.6192	-0.1584	3.3019	1.3986	-0.4237	2.5017	0.6774	2.2517	27.0058	5.1326	33.7864
18	8.0762	5.6955	-8.253	9.2338	-6.8301	9.1376	0.8828	-0.6089	-2.2469	-0.8142	0.4913	2.1304	2.2621	-1.6733	-0.6903	1.6309	-0.2747	-0.7868	3.9439	-0.1265	2.5523	23.4494	1.5385	30.2553
19	6.2854	2.5994	-2.5556	3.6131	-1.2848	2.8089	0.2752	2.8762	-1.6108	-2.3229	-0.0549	0.6954	-0.5252	-1.0377	-0.5641	2.4622	1.3028	-0.8455	3.1713	-0.1408	1.6167	26.4356	7.6588	30.6895
20	7.9137	5.8945	-1.1645	8.638	1.2126	7.7868	0.5889	-0.2402	-0.3301	0.6278	-0.3174	-0.6425	0.1528	-0.177	-0.1663	0.9995	0.1438	-0.2593	2.2102	-0.1409	1.137	29.3765	28.9947	-4.3695
21	6.0899	-0.8706	2.9714	3.424	-1.1704	1.3486	-1.2696	-0.4825	-1.3387	0.3824	1.1175	0.538	-0.1141	-0.7447	-0.2617	1.7522	-0.0753	0.2465	2.2847	-0.0764	1.3869	16.5718	32.7568	-16.4447
22	5.277	1.9645	0.3717	4.428	0.2378	8.8916	0.1944	-1.0359	0.8833	0.2972	1.1123	-1.9744	0.3571	0.8906	-1.3606	1.23	0.338	-0.0927	2.0042	-0.9206	1.9524	-13.8381	40.2082	65.3983
23	3.2461	-0.8031	-0.2205	4.5302	-0.3963	1.7656	-0.4093	-0.1817	1.2492	-1.9034	0.8402	-1.4466	0.8337	-0.2923	0.3014	0.7655	-0.3856	0.6298	2.4706	0.5526	2.4972	-9.7759	41.6202	58.918
24	0.5198	1.7138	0.1942	5.8878	-2.2778	6.6201	-0.0382	-0.9552	0.4876	-1.2663	0.0349	-0.448	1.2917	0.8598	-0.1481	1.1559	0.2817	-0.0508	2.2731	-0.608	1.7454	-11.9044	38.3774	53.9213
25	2.4436	-1.0199	-0.4057	9.8135	5.2038	4.1416	-0.4208	0.6169	-1.6116	0.1919	0.0843	0.8645	1.6914	-0.495	-0.1678	2.3444	-0.1552	-0.2058	1.2257	-0.1042	2.2998	-23.8667	22.8283	47.1854
26	4.7218	-0.6521	-3.1722	7.3734	2.989	2.9779	0.9095	-0.2429	0.5251	-0.7525	-0.3334	0.0375	2.0985	-0.1086	1.0594	2.5332	0.7657	-0.1454	2.0041	-0.0405	1.5206	-24.5222	31.9551	45.5231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 69 )	A	45 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 124 )	A	70 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 125 through 147 )	A	125 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 148 through 158 )	A	148 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 159 through 178 )	A	159 - 178
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 179 through 204 )	A	179 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 205 through 233 )	A	205 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 234 through 257 )	A	234 - 257
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 258 through 311 )	A	258 - 311
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 47 through 60 )	B	47 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 61 through 83 )	B	61 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 84 through 107 )	B	84 - 107
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 108 through 123 )	B	108 - 123
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 124 through 162 )	B	124 - 162
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 163 through 208 )	B	163 - 208
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 209 through 233 )	B	209 - 233
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 234 through 257 )	B	234 - 257
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 258 through 271 )	B	258 - 271
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 272 through 307 )	B	272 - 307
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 45 through 147 )	C	45 - 147
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 148 through 308 )	C	148 - 308
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 45 through 83 )	D	45 - 83
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 84 through 133 )	D	84 - 133
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 134 through 212 )	D	134 - 212
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 213 through 282 )	D	213 - 282
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 283 through 308 )	D	283 - 308

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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