PDB-7jzj: Crystal structure demonstrating CTD-CTD interactions of Zaire Ebo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jzj

タイトル

Crystal structure demonstrating CTD-CTD interactions of Zaire Ebola virus VP40 dimer

要素

Matrix protein VP40

キーワード

VIRAL PROTEIN / VP40 / matrix protein / Ebola virus

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular transport of virus / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / viral budding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / host cell membrane / viral budding from plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Norris, M.J. / Bornholdt, Z.A. / Saphire, E.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Ebola and Marburg virus matrix layers are locally ordered assemblies of VP40 dimers.
著者: William Wan / Mairi Clarke / Michael J Norris / Larissa Kolesnikova / Alexander Koehler / Zachary A Bornholdt / Stephan Becker / Erica Ollmann Saphire / John Ag Briggs /

要旨: Filoviruses such as Ebola and Marburg virus bud from the host membrane as enveloped virions. This process is achieved by the matrix protein VP40. When expressed alone, VP40 induces budding of ...

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jzj.cif.gz	594.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jzj.ent.gz	462 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jzj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7jzj_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jzj_full_validation.pdf.gz	478.9 KB	表示
XML形式データ	7jzj_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	7jzj_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jzj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	11660C 11661C 11662C 11663C 11664C 11665C 7jztC 4ldbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ldb-2 5d68-3 7jzt-1 5d68-1 4wvj-d 7jzt-2 3c4m-1 3sbu-2 5z9w-d 3kjh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Matrix protein VP40

B: Matrix protein VP40

C: Matrix protein VP40

D: Matrix protein VP40

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Matrix protein VP40

D: Matrix protein VP40

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Matrix protein VP40

C: Matrix protein VP40

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.940, 159.940, 89.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂
Space group name Hall	P6₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/3 #3: y,-x+y,z+2/3 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z

#1: タンパク質	Matrix protein VP40 / Ebola VP40 / eVP40 / Membrane-associated protein VP40 分子量: 32229.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05128
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.05 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, 38% PEG400, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 85 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月13日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.46→79.97 Å / Num. obs: 44360 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 7.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 350132

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.46-2.59	8	3.368	55437	6904	0.443	1.261	3.598	0.9	99.8
7.78-79.97	7.4	0.021	11710	1584	1	0.008	0.023	68.5	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
Coot	0.9 EL	モデル構築
PHASER	1.17.1_3660	位相決定
Aimless	0.7.4	データスケーリング
XDS	Jan 31, 2020	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LDB

4ldb

解像度: 2.46→46.17 Å / SU ML: 0.4135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.8484
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2584	2185	5 %
R_work	0.2492	41496	-
obs	0.2497	43681	91.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→46.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7330	0	48	69	7447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0134	7561
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.9498	10375
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1008	1262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	1339
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.1442	1049

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.51	0.4059	157	0.4189	2468	X-RAY DIFFRACTION	88.8
2.51-2.57	0.4434	172	0.4049	2665	X-RAY DIFFRACTION	95.78
2.57-2.64	0.3807	126	0.3864	2780	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.64-2.71	0.3884	63	0.3787	1370	X-RAY DIFFRACTION	48.3
2.71-2.79	0.4091	148	0.3594	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.79-2.88	0.3262	116	0.335	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.88-2.98	0.334	128	0.3327	2846	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.98-3.1	0.2975	142	0.3078	2821	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.1-3.24	0.3202	153	0.2997	2789	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.24-3.4	0.2881	139	0.2923	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.46-3.62	0.295	128	0.2637	2083	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.62-3.86	0.3082	91	0.2507	2086	X-RAY DIFFRACTION	84.25
3.92-4.3	0.2134	162	0.2038	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.61
4.3-4.92	0.1772	154	0.1891	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.92-6.19	0.2206	174	0.2176	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.19-46.17	0.2426	132	0.2268	2934	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.62911503511	-0.776800877596	2.59268884738	4.5163602482	-2.26917022671	4.88379312074	-0.271073327495	-0.534003620365	0.375658871682	0.292494199811	-0.139631246414	-0.703811971496	0.174249872985	0.525058194879	0.34410455678	0.889132165595	-0.145113571616	-0.0428442906788	0.776660010299	-0.0036950160678	0.595433271176	-32.4932449383	31.6652219303	55.3342451878
2	4.28698679939	-0.350233230843	2.19124643809	0.802240636816	-0.93001930168	6.54419888167	0.152531413191	-0.0423012793871	0.213105496683	-0.102631119897	-0.586832852594	0.382349270175	0.135865041724	1.86267667556	0.516005762309	1.20712097702	-0.246641150597	-0.0937996211539	1.02835719922	0.101782730145	0.942932141047	-44.3238631006	24.9611058885	56.5843833236
3	3.71273046892	-2.46011268027	0.314387484278	4.06323681821	0.029835577513	3.44456940602	0.179732835826	0.172693906882	0.226956623103	-0.321488152631	-0.250101375719	0.277828320305	0.391515948147	-0.119695663385	0.0768013015408	0.722252287347	-0.21989108891	-0.0240867356964	0.451151655498	0.0102318963577	0.546303302636	-58.7633111729	31.9747869465	19.3630166529
4	3.39416836423	0.210163481056	-2.61584551872	4.25717718726	2.08676493195	7.60104670925	0.0985650190262	-0.267627444454	-0.34251877475	0.537746912306	-0.347852203647	0.225537945982	1.21194906957	-0.240983535408	0.26273162656	1.2000621665	-0.158840850216	-0.118334959645	0.663500322167	-0.063763794384	0.630161952859	-60.4309996155	11.9718737002	5.6826679401
5	2.50995029473	1.1015617235	-0.70402403268	4.37918968008	2.71083311493	5.65124256853	-0.133385074804	-0.0493809222459	-0.295765089993	-0.267023884711	-0.130303724745	-0.0819037439247	0.807633069513	-0.0393266201791	0.211976601462	0.820170914631	-0.113359329251	-0.124239668235	0.5695119212	0.0102509246519	0.716987809486	-60.7392248074	17.1745587502	8.07724044824
6	4.190959483	-1.22961624594	0.00964217062248	2.74693972669	0.741602977828	3.54577429845	-0.209925287077	-0.0787502018845	0.120189636347	0.152913158299	0.0670798748356	0.324892851353	0.0833526046622	-0.00262108838983	0.134691161044	0.524870315131	-0.0991594300471	-0.0122811551429	0.457116825112	0.0264223483542	0.557800935401	-40.4748273535	53.0717262864	26.1433018317
7	5.15220766441	-2.26745681721	-2.06898828684	1.29526425419	-0.683410290994	9.1727878941	0.0421612624839	0.697500979061	-0.624373352974	0.0325549694322	-0.682128932838	-0.0113634900305	0.215926503583	-0.673002448602	0.512654724964	0.819986845771	-0.117768668855	-0.102721091869	0.966412968323	-0.14516519171	0.828835908627	-28.6590295379	52.3063964801	42.1245278832
8	6.52115635541	-0.984256055461	3.14030141862	2.64274024315	-1.85392740118	6.75051200102	-0.0224421331111	-0.638568246493	0.300386145884	0.260616937941	-0.0529101232135	-0.394814768444	-0.0327668863596	0.764858390826	0.0747249082304	0.658201213962	-0.0841644706363	0.0025646797528	0.82867892412	-0.0853353763179	0.637553650572	-22.7367611548	59.395081474	38.9705694676
9	3.27176023259	-0.336851097702	-0.56766652055	3.81121719059	0.0962248876422	3.40779325366	-0.387895585883	0.761027500144	0.388886428585	-0.567523067091	0.390917884021	0.0198084816277	-0.09751396326	0.216908688492	-0.0532449892738	0.742230399535	-0.285964334885	-0.138538507045	0.923926589775	0.096530277195	0.547080370869	-39.8511579007	47.4595171119	0.0621997193727
10	5.1076538267	-1.45085943067	-2.14105858984	4.98685902261	0.318418974928	3.63595352581	-0.168302594539	0.320801856584	-0.424098470201	-0.360447040334	-0.138632660322	0.13478896042	1.15519602477	-0.0873842146101	0.323050422066	1.17089293675	-0.124196583258	-0.0188236583371	0.888721466086	-0.112222140793	0.670701248517	-35.6796310606	27.2100527806	-9.64408402432
11	2.86266529103	-1.40013542432	-0.304934092277	4.66293989293	3.87415112235	3.64331120699	-0.169479523486	1.19192630212	0.376470322193	0.738798795765	-0.30431598328	-0.262845062944	1.87459652093	0.965333373408	0.531102365493	1.31903356623	-0.323079853375	0.154275122043	1.37601790679	0.128271072543	0.591400864588	-32.7018097272	39.3098167528	-10.2441022386
12	3.76689728966	-1.26044817919	-0.411046191549	3.42905557095	0.49979523621	5.6671792745	-0.0333968925957	-0.331659290114	-0.0487833169023	0.318671578058	0.0174207414242	0.356483240453	0.269183626253	-0.105588017862	0.0381763748214	0.874854927815	-0.185604219275	0.0694133281922	0.525858824803	-0.0150787790469	0.57046205186	-53.1200040801	32.4337392142	45.9130195002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain D and resid 192:307)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain D and resid 308:324)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 43:191)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 192:273)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 274:316)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 44:193)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 194:214)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 215:321)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 45:188)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 189:308)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 309:322)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 45:191)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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