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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jvb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) with nanobody Nb20 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / COVID-19 / nanobody / spike protein / receptor-binding domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.287 Å | ||||||
データ登録者 | Xiang, Y. / Xiao, Z. / Liu, H. / Sang, Z. / Schneidman-Duhovny, D. / Zhang, C. / Shi, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Versatile and multivalent nanobodies efficiently neutralize SARS-CoV-2. 著者: Xiang, Y. / Nambulli, S. / Xiao, Z. / Liu, H. / Sang, Z. / Duprex, W.P. / Schneidman-Duhovny, D. / Zhang, C. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jvb.cif.gz | 257.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jvb.ent.gz | 208.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jvb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jvb_validation.pdf.gz | 466.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jvb_full_validation.pdf.gz | 475.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jvb_validation.xml.gz | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jvb_validation.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jvb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6waqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25179.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | 分子量: 12553.048 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-CAC / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.87 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.287→38.96 Å / Num. obs: 17442 / % possible obs: 96.34 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 98.45 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.287→3.405 Å / Rmerge(I) obs: 0.591 / Num. unique obs: 1391 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.445 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WAQ 解像度: 3.287→38.959 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.287→38.959 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.1778 Å / Origin y: -15.3348 Å / Origin z: -27.1171 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |