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Yorodumi- PDB-7jl8: Human PrimPol extending from the correct primer base C opposite t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jl8 | ||||||
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Title | Human PrimPol extending from the correct primer base C opposite the 8-oxoguanine lesion | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / Translesion / DNA synthesis / DNA Replication / DNA damage / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA primase AEP / R-loop processing / mitochondrial DNA replication / DNA primase activity / mitochondrial DNA repair / replication fork processing / translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / DNA-directed RNA polymerase complex / response to UV ...DNA primase AEP / R-loop processing / mitochondrial DNA replication / DNA primase activity / mitochondrial DNA repair / replication fork processing / translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / DNA-directed RNA polymerase complex / response to UV / replication fork / manganese ion binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / chromatin binding / zinc ion binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Rechkoblit, O. / Aggarwal, A.K. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Structural basis of DNA synthesis opposite 8-oxoguanine by human PrimPol primase-polymerase. Authors: Rechkoblit, O. / Johnson, R.E. / Gupta, Y.K. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jl8.cif.gz | 375.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jl8.ent.gz | 305.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jl8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jl8_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7jl8_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 7jl8_validation.xml.gz | 25.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7jl8_validation.cif.gz | 34.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/7jl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/7jl8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7jk1C 7jklC 7jkpC 7jlgC 5l2xS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 41038.488 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PRIMPOL, CCDC111 / Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) References: UniProt: Q96LW4, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules CGDH
#2: DNA chain | Mass: 5053.278 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 4103.655 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 6 types, 175 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-EDO / | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 1.03324 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03324 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.099→28.162 Å / Num. obs: 48622 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 3825 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 93.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5L2X Resolution: 2.1→28.16 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 23.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 220.87 Å2 / Biso mean: 65.1446 Å2 / Biso min: 26.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→28.16 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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