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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jl8 | ||||||
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タイトル | Human PrimPol extending from the correct primer base C opposite the 8-oxoguanine lesion | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / Translesion (DNA修復) / DNA synthesis (DNA合成) / DNA Replication (DNA複製) / DNA damage (DNA修復) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 R-loop processing / mitochondrial DNA replication / DNA primase activity / mitochondrial DNA repair / replication fork processing / DNA修復 / error-prone translesion synthesis / response to UV / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA複製 ...R-loop processing / mitochondrial DNA replication / DNA primase activity / mitochondrial DNA repair / replication fork processing / DNA修復 / error-prone translesion synthesis / response to UV / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA複製 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / manganese ion binding / DNA-directed DNA polymerase activity / ミトコンドリアマトリックス / chromatin binding / zinc ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Rechkoblit, O. / Aggarwal, A.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of DNA synthesis opposite 8-oxoguanine by human PrimPol primase-polymerase. 著者: Rechkoblit, O. / Johnson, R.E. / Gupta, Y.K. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jl8.cif.gz | 375.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jl8.ent.gz | 305.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jl8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/7jl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/7jl8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41038.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIMPOL, CCDC111 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: Q96LW4, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 CGDH
#2: DNA鎖 | 分子量: 5053.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 4103.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 6種, 175分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-EDO / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 225-250 mM CaCl2, 16-19% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.03324 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03324 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.099→28.162 Å / Num. obs: 48622 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 3825 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 93.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5L2X 解像度: 2.1→28.16 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 220.87 Å2 / Biso mean: 65.1446 Å2 / Biso min: 26.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→28.16 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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