PDB-7f2s: Crystal structure of anti S-gatifloxacin antibody Fab fragment ap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f2s

タイトル

Crystal structure of anti S-gatifloxacin antibody Fab fragment apo form

要素

(Antibody Fab fragment ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / gatifloxacin / Fab fragment / enantioselectivity

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Wang, L.T. / Jiao, W.Y. / Shen, X. / Lei, H.T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2021
タイトル: Conformational adaptability determining antibody recognition to distomer: structure analysis of enantioselective antibody against chiral drug gatifloxacin
著者: Wang, L.T. / Xie, W. / Jiao, W.Y. / Zhang, C. / Li, X. / Xu, Z. / Huang, X. / Lei, H.T. / Shen, X.

履歴

登録	2021年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f2s.cif.gz	180 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f2s.ent.gz	145.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f35C 1egjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ymx-d 4z95-d 3g6j-4 5mp1-2 3qnz-d 3ra7-2 6fbj-d 6qu9-2 1fn4-2 6obz-1 6qna-4 1rz8-1 5ggq-d 5i8o-d 4xce-1 4yhi-1 1ucb-d 3l7f-3 6wwc-2 5e2w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antibody Fab fragment heavy chain

B: Antibody Fab fragment light chain

ヘテロ分子

49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.058, 76.058, 378.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- GOL

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体	Antibody Fab fragment heavy chain 分子量: 23473.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Antibody Fab fragment light chain 分子量: 24128.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 58分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.99 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.8 M sodium acetate pH 4.6, 1.6 M ammonium sulfate, 24% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→47.36 Å / Num. obs: 20813 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.5 % / B_iso Wilson estimate: 77.52 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 33.6
反射シェル	解像度: 2.62→2.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2452 / CC_1/2: 0.883 / Χ²: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EGJ

1egj

解像度: 2.62→45.58 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.78 / 位相誤差: 34.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2776	997	4.81 %
R_work	0.2469	35023	-
obs	0.2485	20679	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 219.36 Å² / B_iso mean: 112.671 Å² / B_iso min: 56.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.62→45.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3136	0	104	37	3277
B_iso mean	-	-	117.17	95.84	-
残基数	-	-	-	-	415

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.62-2.69	0.4336	130	0.4239	2689	2819
2.69-2.77	0.4034	150	0.4043	2657	2807
2.77-2.86	0.4077	152	0.3547	2698	2850
2.86-2.96	0.4011	160	0.3397	2661	2821
2.96-3.08	0.3478	138	0.3309	2679	2817
3.08-3.22	0.3365	128	0.3036	2703	2831
3.22-3.39	0.3362	124	0.3041	2706	2830
3.39-3.6	0.2933	136	0.2448	2721	2857
3.6-3.88	0.3239	100	0.2431	2708	2808
3.88-4.27	0.245	150	0.2348	2694	2844
4.27-4.89	0.241	134	0.19	2700	2834
4.89-6.15	0.2323	127	0.2209	2702	2829
6.16-45.58	0.2499	141	0.2247	2705	2846

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4133	-1.314	-0.4139	3.1493	0.7247	3.7103	-0.0255	0.2095	0.3099	0.5151	-0.1318	-0.4436	-0.4083	-0.16	0.1353	0.9465	0.2776	-0.1435	0.827	0.0303	0.862	22.0652	29.4718	-44.5775
2	2.7576	0.9734	-0.9392	2.1687	-0.2359	6.7184	0.0919	0.0556	0.3869	0.3771	0.2629	0.2044	-0.4616	-0.9165	-0.3777	0.6365	0.2389	-0.0982	0.7636	0.097	0.8171	10.9992	30.4565	-49.8772
3	5.3139	-0.1519	-0.6754	4.1027	0.7029	4.866	0.1329	0.9223	1.0679	-0.938	0.2262	-0.3369	-1.8268	0.0389	-0.3344	0.8547	0.1295	-0.0461	0.6587	0.0931	0.7325	20.9645	34.235	-51.3907
4	1.3825	-0.0733	-0.3548	3.3473	-0.4852	1.8219	0.1091	-0.2366	0.2435	0.594	-0.1822	-0.2305	-1.0731	-1.3125	-0.0276	1.1785	0.4788	-0.1392	0.8179	0.0723	0.842	14.888	32.6034	-40.4295
5	1.4408	-0.5308	0.5458	2.5804	0.6599	0.9916	-0.2021	-0.6561	-0.0297	0.6457	-0.0553	0.2812	-1.949	-1.4668	0.047	1.9396	0.8887	-0.0161	1.035	-0.0057	0.9271	17.0551	29.7644	-13.6771
6	2.0123	0.0548	1.2414	3.8579	-0.8191	1.4689	-0.8825	-0.7466	0.2172	0.779	0.5652	-0.0191	-1.7358	-0.9791	0.3757	1.751	0.6631	-0.047	1.0437	0.0322	0.8435	18.8845	28.8769	-14.7119
7	3.1178	0.2557	-1.2317	2.3006	0.3491	4.8745	-0.2704	0.4963	-0.0144	-0.1943	0.3423	0.4715	0.5557	-2.0496	-0.216	0.8554	-0.0742	-0.0553	1.4434	0.2809	0.942	-1.485	18.1423	-46.1098
8	2.0907	-0.4106	-0.506	1.5318	-0.0627	2.3747	0.6189	-0.0353	-0.9867	0.6989	0.3247	0.3584	1.646	-0.8809	-0.4559	1.288	-0.1275	-0.1852	1.2339	0.3089	1.1261	2.8737	12.1092	-42.859
9	0.2928	-1.2451	0.4954	1.7072	-0.9039	4.1344	-0.4367	-0.5358	0.1913	0.94	0.9024	0.4302	-1.0351	-1.5602	-0.3392	1.2125	0.5167	0.1167	1.5339	0.2349	0.915	3.7276	26.8632	-21.8873
10	3.8689	0.2017	-0.8242	2.2572	-1.1311	2.9849	-0.2757	-1.3792	0.368	1.0946	-0.3766	0.7281	-1.3457	-1.6065	0.4068	1.7726	0.7954	0.0982	2.0657	0.0269	0.884	3.5039	30.325	-7.4314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 32 )	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 64 )	A	33 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 83 )	A	65 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 122 )	A	84 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 160 )	A	123 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 161 through 216 )	A	161 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 42 )	B	1 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 43 through 83 )	B	43 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 167 )	B	84 - 167
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 168 through 215 )	B	168 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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