PDB-7erx: Glycosyltransferase in complex with UDP and STB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7erx

タイトル

Glycosyltransferase in complex with UDP and STB

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase in steviol glucosylation

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa subsp. japonica (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Zhu, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Catalytic flexibility of rice glycosyltransferase OsUGT91C1 for the production of palatable steviol glycosides.
著者: Zhang, J. / Tang, M. / Chen, Y. / Ke, D. / Zhou, J. / Xu, X. / Yang, W. / He, J. / Dong, H. / Wei, Y. / Naismith, J.H. / Lin, Y. / Zhu, X. / Cheng, W.

履歴

登録	2021年5月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7erx.cif.gz	167.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7erx.ent.gz	125.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7erx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7erx_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7erx_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7erx_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	7erx_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7erx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7erx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7erySC 7es0C 7es1C 7es2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7es2-d 3zm4-d 1nf8-1 5qd6-3 1x9y-4 5li9-d 5nzo-d 5bte-2 1qmu-d 3ooz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

52.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.482, 83.173, 109.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 51042.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: Os03g0702000, OSNPB_030702000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0DPB7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-JC6 / Steviolbioside / ステビオ-ルビオシド分子量: 642.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₀O₁₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES-NaOH buffer pH 6.5 and 20% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.92→109.39 Å / Num. obs: 38620 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.01-109.39	5.2	0.013	452	0.999	0.008	0.016
1.92-1.97	5.1	1.852	2455	0.626	1.282	2.264

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot		モデル構築
DIALS	0.7.4	データ削減
PHASER		位相決定
DIALS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ERY

7ery

解像度: 1.92→66.297 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 9.875 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	1952	5.063 %
R_work	0.1885	36603	-
all	0.19	-	-
obs	-	38555	99.564 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.769 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.981 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.788 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→66.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3089	0	76	85	3250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.647	4485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.283	1.574	7240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.845	5	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.958	19.878	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	3.456	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.027	15	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.971	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.24	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.041	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.547	3.585	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.547	3.583	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.419	5.371	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.418	5.373	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.87	3.945	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.869	3.948	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.951	5.839	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.95	5.842	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.643	43.354	3494
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.643	43.292	3483

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.97	0.325	114	0.357	2610	X-RAY DIFFRACTION	95.9493
1.97-2.024	0.316	130	0.329	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.6004
2.024-2.083	0.318	143	0.304	2513	X-RAY DIFFRACTION	99.7746
2.083-2.147	0.279	130	0.27	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.147-2.217	0.259	133	0.241	2369	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.217-2.295	0.242	143	0.23	2295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.295-2.382	0.246	138	0.211	2229	X-RAY DIFFRACTION	99.9578
2.382-2.479	0.239	120	0.195	2169	X-RAY DIFFRACTION	99.9127
2.479-2.589	0.264	100	0.198	2080	X-RAY DIFFRACTION	99.9542
2.589-2.715	0.197	102	0.178	1985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.715-2.862	0.217	95	0.188	1910	X-RAY DIFFRACTION	99.8009
2.862-3.036	0.223	90	0.176	1799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.036-3.245	0.193	91	0.188	1682	X-RAY DIFFRACTION	99.9436
3.245-3.505	0.17	94	0.179	1576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.505-3.839	0.188	69	0.173	1474	X-RAY DIFFRACTION	99.9352
3.839-4.291	0.199	67	0.154	1333	X-RAY DIFFRACTION	99.6441
4.291-4.954	0.173	65	0.135	1199	X-RAY DIFFRACTION	99.842
4.954-6.064	0.225	67	0.188	995	X-RAY DIFFRACTION	99.812
6.064-8.563	0.201	35	0.176	811	X-RAY DIFFRACTION	99.7642
8.563-66.2	0.208	26	0.181	482	X-RAY DIFFRACTION	99.2188

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.3427 Å / Origin y: -9.2761 Å / Origin z: 20.2902 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0312 Å²	0.0131 Å²	-0.0097 Å²	-	0.0154 Å²	0.0053 Å²	-	-	0.0136 Å²
L	1.1571 °²	0.2237 °²	0.1903 °²	-	1.9532 °²	-0.6285 °²	-	-	3.1541 °²
S	0.0027 Å °	-0.0601 Å °	-0.0961 Å °	-0.0637 Å °	0.065 Å °	0.0697 Å °	0.0313 Å °	-0.0755 Å °	-0.0677 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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