+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7es0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | a rice glycosyltransferase in complex with UDP and REX | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / steviol glucosylation | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-glucosyltransferase activity / Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.395 Å | ||||||
Authors | Zhu, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Catalytic flexibility of rice glycosyltransferase OsUGT91C1 for the production of palatable steviol glycosides. Authors: Zhang, J. / Tang, M. / Chen, Y. / Ke, D. / Zhou, J. / Xu, X. / Yang, W. / He, J. / Dong, H. / Wei, Y. / Naismith, J.H. / Lin, Y. / Zhu, X. / Cheng, W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7es0.cif.gz | 170.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7es0.ent.gz | 125.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7es0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7es0_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7es0_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7es0_validation.xml.gz | 21.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7es0_validation.cif.gz | 33.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7es0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7es0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 51042.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) Gene: Os03g0702000, OSNPB_030702000 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q0DPB7, Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases |
---|
-Non-polymers , 6 types, 488 molecules
#2: Chemical | ChemComp-3E6 / | ||
---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-UDP / | ||
#4: Chemical | ChemComp-MPO / | ||
#5: Chemical | ChemComp-GOL / | ||
#6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.54 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG 4000 0.1 M HEPES buffer pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.978 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2019 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.39→57.56 Å / Num. obs: 58677 / % possible obs: 69.4 % / Redundancy: 5.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.5 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.395→48.209 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.028 / SU ML: 0.042 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.073 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.086 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.395→48.209 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|