PDB-7ery: apo form of the glycosyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ery

タイトル

apo form of the glycosyltransferase

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase apo form

機能・相同性

: / UDP-glucosyltransferase activity / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / nucleotide binding / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Oryza sativa subsp. japonica (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Zhu, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Catalytic flexibility of rice glycosyltransferase OsUGT91C1 for the production of palatable steviol glycosides.
著者: Zhang, J. / Tang, M. / Chen, Y. / Ke, D. / Zhou, J. / Xu, X. / Yang, W. / He, J. / Dong, H. / Wei, Y. / Naismith, J.H. / Lin, Y. / Zhu, X. / Cheng, W.

履歴

登録	2021年5月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ery.cif.gz	162.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ery.ent.gz	123.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ery.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7ery ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7ery	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7erxC 7es0C 7es1C 7es2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a6d-d 4h7z-d 6l7d-d 2vn8-2 4lxa-3 2dbi-d 5vdp-2 5jgm-d 5jxq-d 4zsm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.268, 79.837, 105.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 51042.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: Os03g0702000, OSNPB_030702000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0DPB7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000 HEPES-NaOH buffer pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 42109 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 35
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.284 / Num. unique obs: 2074

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: partial model from a low resolution SAD data

解像度: 1.77→39.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.219 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1977	2006	4.764 %
R_work	0.1658	40099	-
all	0.167	-	-
obs	-	42105	99.898 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.859 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.795 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.054 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.849 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→39.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3114	0	0	191	3305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3220
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.632	4381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.406	1.571	7110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.112	5	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.002	19.94	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.936	15	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.114	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.178	2.032	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.177	2.03	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.071	3.038	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.071	3.04	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.452	2.435	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.451	2.436	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.991	3.499	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.991	3.5	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.517	25.399	3571
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.485	25.078	3537

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.816	0.219	146	0.186	2929	X-RAY DIFFRACTION	99.5468
1.816-1.866	0.253	144	0.171	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
1.866-1.92	0.201	135	0.166	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.979	0.19	134	0.164	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.979-2.044	0.196	131	0.159	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.044-2.115	0.198	129	0.162	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.115-2.195	0.204	120	0.157	2449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.195-2.284	0.203	121	0.155	2376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.284-2.386	0.207	112	0.164	2259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.502	0.208	108	0.157	2167	X-RAY DIFFRACTION	100
2.502-2.637	0.205	103	0.161	2078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.637-2.797	0.178	99	0.174	1955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.797-2.99	0.186	92	0.166	1857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.229	0.2	87	0.184	1727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.229-3.536	0.181	80	0.181	1595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.536-3.952	0.196	74	0.161	1455	X-RAY DIFFRACTION	100
3.952-4.56	0.196	64	0.15	1305	X-RAY DIFFRACTION	99.927
4.56-5.578	0.184	56	0.165	1121	X-RAY DIFFRACTION	100
5.578-7.858	0.21	44	0.185	874	X-RAY DIFFRACTION	100
7.858-39.95	0.214	27	0.159	514	X-RAY DIFFRACTION	96.6071

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4594	0.5271	-0.106	1.4045	-0.0679	0.7213	0.0464	-0.0245	-0.1968	-0.0658	-0.0405	-0.1676	0.0503	0.1098	-0.0058	0.0228	-0.0031	-0.0077	0.0353	0.0022	0.0668	15.721	22.513	21.197
2	0.9549	-0.1647	-0.0646	0.6947	-0.1186	1.5876	0.0411	0.0542	0.1186	-0.1195	0.016	0.0926	0.0009	-0.0498	-0.057	0.0241	-0.0063	-0.0068	0.036	0.0145	0.057	1.819	35.324	20.457
3	1.1082	0.6118	0.3785	1.1491	0.1053	2.271	0.1384	-0.107	-0.0347	0.2523	0.0121	-0.0765	0.1553	0.0063	-0.1506	0.1987	0.0005	-0.0481	0.0982	-0.0103	0.0549	10.43	29.895	50.164
4	2.4619	0.5516	1.0564	0.6672	0.7026	3.3452	0.1892	-0.0744	-0.0889	0.107	0.0207	-0.1149	0.1341	0.2321	-0.2099	0.2476	0.0151	-0.0762	0.1399	-0.0277	0.1245	20.132	32.405	54.17
5	1.0636	0.363	1.3649	0.6634	0.3534	2.9288	-0.0092	-0.1004	0.0973	0.2464	0.0009	0.0592	-0.2384	-0.1719	0.0083	0.1519	0.019	0.0081	0.0743	-0.0179	0.0678	3.78	38.151	42.901
6	2.1285	-0.1668	-0.283	2.0006	2.5778	6.3928	0.0076	-0.0034	-0.1909	0.0691	-0.0735	0.2169	0.1439	-0.4447	0.0659	0.0146	-0.0246	-0.0109	0.0746	0.0242	0.0849	-7.325	25.008	26.239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	13 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	145 - 251
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	252 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	313 - 338
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	339 - 433
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	434 - 460

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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