+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ery | ||||||
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Title | apo form of the glycosyltransferase | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / glycosyltransferase apo form | ||||||
Function / homology | UDP-glucosyltransferase activity / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases / nucleotide binding / Glycosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.77 Å | ||||||
Authors | Zhu, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Catalytic flexibility of rice glycosyltransferase OsUGT91C1 for the production of palatable steviol glycosides. Authors: Zhang, J. / Tang, M. / Chen, Y. / Ke, D. / Zhou, J. / Xu, X. / Yang, W. / He, J. / Dong, H. / Wei, Y. / Naismith, J.H. / Lin, Y. / Zhu, X. / Cheng, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ery.cif.gz | 162.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ery.ent.gz | 123.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ery.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ery_validation.pdf.gz | 428 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ery_full_validation.pdf.gz | 430.4 KB | Display | |
Data in XML | 7ery_validation.xml.gz | 17.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7ery_validation.cif.gz | 24.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7ery ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7ery | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51042.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) Gene: Os03g0702000, OSNPB_030702000 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q0DPB7, Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG 4000 HEPES-NaOH buffer pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.978 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 5, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→50 Å / Num. obs: 42109 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 35 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / Num. unique obs: 2074 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: partial model from a low resolution SAD data Resolution: 1.77→39.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.219 / SU ML: 0.066 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.103 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.859 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.77→39.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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