+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7es2 | ||||||
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Title | a mutant of glycosyktransferase in complex with UDP and Reb D | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / H27A mutant / rice glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-glucosyltransferase activity / Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.34 Å | ||||||
Authors | Zhu, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Catalytic flexibility of rice glycosyltransferase OsUGT91C1 for the production of palatable steviol glycosides. Authors: Zhang, J. / Tang, M. / Chen, Y. / Ke, D. / Zhou, J. / Xu, X. / Yang, W. / He, J. / Dong, H. / Wei, Y. / Naismith, J.H. / Lin, Y. / Zhu, X. / Cheng, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7es2.cif.gz | 166.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7es2.ent.gz | 125.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7es2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7es2_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7es2_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7es2_validation.xml.gz | 16.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7es2_validation.cif.gz | 21.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7es2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7es2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50975.430 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H27A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) Gene: Os03g0702000, OSNPB_030702000 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q0DPB7, Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases |
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#2: Chemical | ChemComp-UDP / |
#3: Chemical | ChemComp-JDO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG 4000 and 0.1 M HEPES pH6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.978 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 26, 2020 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.34→36.88 Å / Num. obs: 21963 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: apo form of this protein Resolution: 2.34→35.215 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 23.933 / SU ML: 0.241 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.228 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 1.11 Å / Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.905 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.34→35.215 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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