PDB-4h7z: tRNA-guanine transglycosylase Y106F, C158V mutant in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h7z

タイトル

tRNA-guanine transglycosylase Y106F, C158V mutant in complex with guanine

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / substrate specificity / bacterial TGT / queuine / preQ1 / tRNA / guanine exchange enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Biela, I. / Tidten-Luksch, N. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Investigation of Specificity Determinants in Bacterial tRNA-Guanine Transglycosylase Reveals Queuine, the Substrate of Its Eucaryotic Counterpart, as Inhibitor.
著者: Biela, I. / Tidten-Luksch, N. / Immekus, F. / Glinca, S. / Nguyen, T.X. / Gerber, H.D. / Heine, A. / Klebe, G. / Reuter, K.

履歴

登録	2012年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h7z.cif.gz	161.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h7z.ent.gz	124.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/4h7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/4h7z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nqzC 2nsoC 3bl3C 3bldC 3bllC 3bloC 4e2vC 4gcxC 4gd0C 4h6eC 4hqvC 4hshC 4hvxC 3gev PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pul-1 3rr4-1 5jt6-1 5uti-1 4q4r-1 4dy1-1 3eos-1 4q4s-1 2pwv-1 4gd0-1 4q4o-1 5i03-1 6z0d-1 1q66-1 3uvi-1 2oko-1 6fpu-1 5jxq-1 4hqv-1 1f3e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.390, 64.750, 70.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 42905.691 Da / 分子数: 1 / 変異: Y106F, C158V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pET9d-ZM-Y106F_C158V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE(3) pLysS 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅O
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THR TO LYS CONFLICT AT 312 IN UNP ENTRY P28720

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, 1 mM DTT, 10% DMSO, 12% PEG 8000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月15日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→30 Å / Num. all: 45941 / Num. obs: 45941 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 17.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.0482 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6709 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3GEV

3gev
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.68→29.415 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: R-free / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 17.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1911	2320	5.04 %	Random, 5.0
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.1587	45941	95.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.415 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2798	0	30	318	3146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	2950
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.75	3992
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.287	1083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.131	424
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.6991	0.2678	150	0.2703	2722	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6991-1.7191	0.3019	152	0.2665	2642	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7191-1.74	0.2598	166	0.2494	2763	X-RAY DIFFRACTION	95
1.74-1.7621	0.3081	145	0.2498	2662	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7621-1.7852	0.2797	157	0.2385	2733	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7852-1.8097	0.272	160	0.219	2720	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8097-1.8355	0.239	155	0.212	2712	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8355-1.8629	0.2228	125	0.1914	2759	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8629-1.892	0.2195	145	0.1783	2741	X-RAY DIFFRACTION	95
1.892-1.9231	0.2203	143	0.184	2826	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9231-1.9562	0.2054	175	0.1726	2663	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9562-1.9918	0.1936	132	0.1695	2803	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9918-2.0301	0.1805	142	0.1552	2754	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0301-2.0715	0.1891	127	0.1513	2813	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0715-2.1165	0.1822	146	0.1461	2703	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1165-2.1658	0.1739	153	0.139	2791	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1658-2.2199	0.1937	115	0.1391	2828	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2199-2.2799	0.1594	169	0.1421	2705	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2799-2.347	0.149	129	0.1361	2784	X-RAY DIFFRACTION	96
2.347-2.4227	0.1817	141	0.1389	2813	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4227-2.5092	0.211	150	0.1421	2745	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5092-2.6096	0.182	132	0.1495	2766	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6096-2.7283	0.186	152	0.1367	2796	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7283-2.872	0.1818	147	0.1482	2717	X-RAY DIFFRACTION	96
2.872-3.0518	0.1674	135	0.1381	2810	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0518-3.2872	0.1849	146	0.1434	2760	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2872-3.6174	0.2034	127	0.1424	2774	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6174-4.1396	0.169	172	0.131	2713	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1396-5.2108	0.1782	153	0.1464	2700	X-RAY DIFFRACTION	95
5.2108-29.415	0.1626	138	0.1738	2742	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8815	-0.2461	0.2963	0.3238	-0.043	1.0394	-0.0161	-0.009	0.0894	0.002	-0.0049	-0.0077	-0.0945	-0.07	-0.0049	0.0665	-0.0055	0.0013	0.0382	0.0011	0.0647	99.2904	7.0809	19.3068
2	0.9342	-0.292	-0.1008	1.0006	0.6056	1.2804	0.0304	-0.1163	0.1579	-0.0198	0.0284	-0.1211	-0.1584	0.0501	-0.029	0.0868	0.0041	-0.0063	0.0619	-0.0091	0.084	109.3246	13.94	27.1446
3	0.768	-0.5137	1.3092	0.5133	-0.9229	1.8504	-0.0366	0.0877	0.0283	-0.0352	-0.0225	-0.0527	0.0165	0.0974	0.0549	0.0768	-0.001	0.0079	0.0774	0.0018	0.0761	108.1533	6.9295	-1.0071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 125 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 126 through 274 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 275 through 383 )

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