PDB-4gd0: tRNA-guanine transglycosylase Y106F, C158V mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gd0

タイトル

tRNA-guanine transglycosylase Y106F, C158V mutant

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / substrate specificity / bacterial TGT / preQ1 / tRNA / guanine exchange enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Schmidt, I. / Tidten-Luksch, N. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Investigation of Specificity Determinants in Bacterial tRNA-Guanine Transglycosylase Reveals Queuine, the Substrate of Its Eucaryotic Counterpart, as Inhibitor.
著者: Biela, I. / Tidten-Luksch, N. / Immekus, F. / Glinca, S. / Nguyen, T.X. / Gerber, H.D. / Heine, A. / Klebe, G. / Reuter, K.

履歴

登録	2012年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gd0.cif.gz	171.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gd0.ent.gz	134.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/4gd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/4gd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nqzC 2nsoC 3bl3C 3bldC 3bllC 3bloC 4e2vC 4gcxC 4h6eC 4h7zC 4hqvC 4hshC 4hvxC 3gev PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ygk-1 4hqv-1 6yry-1 4gcx-1 6z0d-1 4q8m-1 4htb-1 4q8n-1 2oko-1 1p0e-1 3uvi-1 1s39-1 3bl3-1 5jxq-1 4ipp-1 6ygp-1 4q8w-1 5uti-1 4h7z-1 4q8p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.428, 64.986, 70.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-581- HOH
2	1	A-696- HOH

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 42905.691 Da / 分子数: 1 / 変異: Y106F, C158V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pET9d-ZM-Y106F_C158V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE(3) pLysS 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THR 312 TO LYS CONFLICT IN UNP ENTRY P28720

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, 1 mM DTT, 10 % DMSO, 12% PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日 / 詳細: morror
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→50 Å / Num. all: 99752 / Num. obs: 99752 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 8.85 Å² / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.29→1.31 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Num. unique all: 4187 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3GEV

3gev
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.29→16.275 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: R_free / σ(F): 1 / 位相誤差: 17.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1855	9637	10.02 %	Random, 10%
R_work	0.1628	-	-	-
obs	0.1651	96177	93.7 %	-
all	-	96177	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.833 Å² / k_sol: 0.421 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0306 Å²	-0 Å²	1.7146 Å²
2-	-	-1.1613 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.1919 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→16.275 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2857	0	31	524	3412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	4199
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.416	1178
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	447
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	560

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.29-1.3047	0.2657	260	0.2279	2231	X-RAY DIFFRACTION	72
1.3047-1.3201	0.2705	238	0.2221	2451	X-RAY DIFFRACTION	79
1.3201-1.3362	0.2233	304	0.2019	2556	X-RAY DIFFRACTION	84
1.3362-1.3531	0.2407	285	0.1897	2661	X-RAY DIFFRACTION	87
1.3531-1.3709	0.2176	299	0.1872	2718	X-RAY DIFFRACTION	88
1.3709-1.3896	0.2209	290	0.181	2736	X-RAY DIFFRACTION	90
1.3896-1.4095	0.2186	318	0.1784	2876	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4095-1.4305	0.2193	302	0.1682	2784	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4305-1.4528	0.2092	294	0.1658	2869	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4528-1.4766	0.1929	331	0.1604	2916	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4766-1.5021	0.2	318	0.1533	2855	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5021-1.5294	0.1837	321	0.1531	2904	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5294-1.5588	0.1745	327	0.1506	2957	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5588-1.5906	0.1871	375	0.1514	2860	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5906-1.6251	0.1915	336	0.1499	2914	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6251-1.6629	0.1832	348	0.1564	2908	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6629-1.7044	0.1985	312	0.1602	3006	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7044-1.7505	0.1879	335	0.1583	2962	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7505-1.8019	0.1971	347	0.1605	2977	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8019-1.86	0.1795	322	0.154	3010	X-RAY DIFFRACTION	98
1.86-1.9264	0.1875	331	0.1628	3023	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9264-2.0034	0.1931	338	0.1593	3052	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0034-2.0943	0.1711	348	0.1588	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0943-2.2045	0.1771	349	0.1547	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2045-2.3423	0.1721	374	0.1572	3072	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3423-2.5225	0.1852	359	0.1559	3022	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5225-2.7752	0.1836	321	0.1688	3095	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7752-3.1742	0.1635	318	0.1572	3102	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1742-3.9894	0.1627	336	0.1484	3047	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9894-16.275	0.1871	301	0.1826	2858	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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