PDB-4h6e: tRNA-guanine transglycosylase Y106F, C158V, V233G mutant apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h6e

タイトル

tRNA-guanine transglycosylase Y106F, C158V, V233G mutant apo structure

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / substrate specificity / bacterial TGT / preQ1 / tRNA / queuine / guanine exchange enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Biela, I. / Tidten-Luksch, N. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Investigation of Specificity Determinants in Bacterial tRNA-Guanine Transglycosylase Reveals Queuine, the Substrate of Its Eucaryotic Counterpart, as Inhibitor.
著者: Biela, I. / Tidten-Luksch, N. / Immekus, F. / Glinca, S. / Nguyen, T.X. / Gerber, H.D. / Heine, A. / Klebe, G. / Reuter, K.

履歴

登録	2012年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h6e.cif.gz	169.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h6e.ent.gz	131.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nqzC 2nsoC 3bl3C 3bldC 3bllC 3bloC 4e2vC 4gcxC 4gd0C 4h7zC 4hqvC 4hshC 4hvxC 3gveS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ygp-1 4q4q-1 6ygo-1 6ygk-1 4gcx-1 4q4r-1 4q8m-1 2oko-1 3bl3-1 4gd0-1 3uvi-1 3unt-1 6rkt-1 6ygl-1 1f3e-1 5jxq-1 3rr4-1 7apm-1 5uti-1 4q8w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.038, 64.796, 70.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-632- HOH
2	1	A-656- HOH

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 42863.613 Da / 分子数: 1 / 変異: Y106F, C158V, V233G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pET9d-ZM-Y106F_C158V_V233G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE(3)pLysS 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THR312 TO LYS CONFLICT IN UNP ENTRY P28720

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris, 1 mM DTT, 10% DMSO, 12% PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→30 Å / Num. all: 76898 / Num. obs: 72492 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 10.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 2.1 % / R_sym value: 0.046 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GVE

3gve

解像度: 1.42→26.389 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 15.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1744	2000	2.76 %
R_work	0.1484	-	-
obs	0.1491	72492	94.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→26.389 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2857	0	43	421	3321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3108
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.369	4203
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.954	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	558

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.4556	0.2276	125	0.1783	4415	X-RAY DIFFRACTION	83
1.4556-1.495	0.1899	140	0.1593	4923	X-RAY DIFFRACTION	93
1.495-1.5389	0.1707	142	0.1553	4999	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5389-1.5886	0.177	143	0.1372	5047	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5886-1.6454	0.1848	145	0.1342	5117	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6454-1.7112	0.1687	145	0.1428	5089	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7112-1.7891	0.1815	145	0.1491	5119	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7891-1.8834	0.1631	145	0.1369	5118	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8834-2.0014	0.166	147	0.142	5174	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0014-2.1558	0.1551	146	0.1356	5155	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1558-2.3727	0.1813	146	0.1448	5132	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3727-2.7157	0.1913	145	0.1504	5125	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7157-3.4203	0.1506	145	0.1533	5116	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4203-26.3931	0.1852	141	0.1562	4963	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7337	-0.3372	0.361	0.2844	-0.0288	0.5238	0.023	0.0404	-0.0407	0.0095	0.0053	0.0017	0.0642	0.0059	-0.0222	0.0305	0.0007	-0.0016	0.023	-0.0005	0.0334	14.085	-1.7657	17.2576
2	1.2655	-0.0362	0.0782	0.4595	0.4925	0.9687	0.0192	-0.1084	0.2328	-0.038	-0.0259	0.0214	-0.1209	-0.1138	0.0502	0.0482	-0.001	-0.0021	0.0763	0.0053	0.0632	-0.2428	9.6378	19.7895
3	0.5023	0.2493	0.4433	0.8519	0.8038	1.8447	-0.1363	0.0616	0.2035	-0.2728	0.0551	0.0272	-0.5069	-0.0328	0.0622	0.1259	0.0043	-0.0242	0.0308	0.0101	0.1292	8.5958	16.239	23.3215
4	1.546	0.9273	0.9904	0.603	0.9694	3.6966	-0.1815	0.065	0.5086	-0.1519	-0.043	0.4189	-0.5872	-0.3581	-0.5238	0.074	0.0442	-0.0258	0.0923	-0.0062	0.1656	2.7151	18.8573	27.9018
5	0.9617	0.3557	0.3231	0.9977	0.4979	0.616	-0.0235	0.0105	0.1361	-0.0218	0.0473	0.0028	-0.1372	0.0021	0.0248	0.0562	0.0042	0.0013	0.0357	-0.0189	0.0538	17.3605	16.5282	31.4399
6	1.4536	0.1215	-0.0838	1.2885	0.0776	1.0531	0.0208	-0.0465	0.0632	0.012	0.0128	-0.0647	-0.0397	0.0592	-0.0246	0.033	0.0092	-0.0101	0.0164	-0.0105	0.0196	20.6936	9.9744	29.7002
7	1.0827	-0.1548	0.0547	0.7573	0.2695	1.2622	0.0592	0.0202	0.0892	0.0013	0.0411	-0.1244	-0.1561	0.1143	-0.0442	0.0359	-0.002	0.0146	0.0472	-0.0123	0.0643	28.3209	9.1886	21.1506
8	0.4599	-0.2178	0.7511	0.0973	-0.3459	1.1817	-0.0642	0.0461	0.0526	0.0332	0.0424	0.0176	-0.1343	0.0026	0.083	0.0359	0.0025	-0.0002	0.0458	0.0123	0.0669	19.276	10.6538	4.7103
9	0.9185	-0.1336	0.0394	1.0189	-0.023	1.0774	0.0269	0.0686	-0.0149	-0.096	-0.0256	-0.0951	0.094	0.1211	0.0052	0.0312	0.0019	0.0053	0.0524	0.0026	0.0393	12.515	6.7953	-10.4298
10	0.4068	-0.2472	0.3899	0.2923	-0.1866	0.3844	-0.0082	0.1661	0.0751	-0.0292	-0.0488	-0.1237	0.0555	0.112	-0.0254	0.0281	0.0163	0.0051	0.0611	0.0054	0.0555	22.3742	1.2832	4.0357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 11:62 )	A	11 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 63:93 )	A	63 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 94:121 )	A	94 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 122:147 )	A	122 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 148:188 )	A	148 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 189:236 )	A	189 - 236
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 237:264 )	A	237 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 265:304 )	A	265 - 304
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 305:339 )	A	305 - 339
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 340:383 )	A	340 - 383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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