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- PDB-3gve: Crystal structure of calcineurin-like phosphoesterase YfkN from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gve
タイトルCrystal structure of calcineurin-like phosphoesterase YfkN from Bacillus subtilis
要素YfkN protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta-beta-alpha sandwich / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Metal-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase activity / 3'-nucleotidase / 3'-nucleotidase activity / nucleotide catabolic process / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CpdB, N-terminal metallophosphatase domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...CpdB, N-terminal metallophosphatase domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / Trifunctional nucleotide phosphoesterase protein YfkN
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Kim, Y. / Marshall, N. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Calcineurin-like Phosphoesterase from Bacillus subtilis
著者: Kim, Y. / Marshall, N. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YfkN protein
B: YfkN protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5239
ポリマ－74,9562
非ポリマー5677
水14,646813
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.091, 92.505, 50.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 YfkN protein


分子量: 37477.809 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-374 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag with TEV protease cut-site
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU07840, yfkN / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: O34313
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M Sodium citrate tribasic dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→31.536 Å / Num. all: 169020 / Num. obs: 169020 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 11.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4231 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→31.536 Å / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.163 8483 5.02 %random
Rwork0.154 ---
all0.154 169020 --
obs0.154 169020 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.82 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2414 Å2-0 Å2-0.214 Å2
2---0.902 Å20 Å2
3----0.3394 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→31.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5146 0 31 813 5990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_deg19.3
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.25-1.26170.26672250.23124551477684
1.2617-1.27650.22632700.2096530899
1.2765-1.29210.20082920.1935421100
1.2921-1.30840.22882800.18655294100
1.3084-1.32560.22462690.17815398100
1.3256-1.34380.19292630.17115411100
1.3438-1.3630.18282770.15455408100
1.363-1.38330.17032710.15175324100
1.3833-1.4050.17842780.14755432100
1.405-1.4280.17042660.1435361100
1.428-1.45260.16693180.14345346100
1.4526-1.4790.15852670.13685395100
1.479-1.50750.1582850.13025355100
1.5075-1.53820.15982850.12435400100
1.5382-1.57170.14342810.12645393100
1.5717-1.60830.1532760.12635372100
1.6083-1.64850.14512890.12675370100
1.6485-1.6930.15622930.13175341100
1.693-1.74290.15783120.13685382100
1.7429-1.79910.14722970.14235356100
1.7991-1.86340.15892880.14325439100
1.8634-1.9380.15222890.14135351100
1.938-2.02620.15833080.14035346100
2.0262-2.1330.14762810.13685384100
2.133-2.26660.14213030.13855392100
2.2666-2.44150.1492870.15175394100
2.4415-2.68710.16592940.16155406100
2.6871-3.07570.17572640.16665431100
3.0757-3.87390.13782790.14555437100
3.8739-31.5460.1532960.1501533997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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