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- PDB-7efw: Crystal structure of hexameric state of C-phycocyanin from Thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7efw
タイトルCrystal structure of hexameric state of C-phycocyanin from Thermoleptolyngbya sp. O-77
要素
  • C-phycocyanin alpha chain
  • C-phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / light-harvesting complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha chain / C-phycocyanin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Minato, T. / Teramoto, T. / Hung, N.K. / Yamada, K. / Ogo, S. / Kakuta, Y. / Yoon, K.S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR18R2 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H02091 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18J00191 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Non-conventional octameric structure of C-phycocyanin.
著者: Takuo Minato / Takamasa Teramoto / Naruhiko Adachi / Nguyen Khac Hung / Kaho Yamada / Masato Kawasaki / Masato Akutsu / Toshio Moriya / Toshiya Senda / Seiji Ogo / Yoshimitsu Kakuta / Ki-Seok Yoon /
要旨: C-phycocyanin (CPC), a blue pigment protein, is an indispensable component of giant phycobilisomes, which are light-harvesting antenna complexes in cyanobacteria that transfer energy efficiently to ...C-phycocyanin (CPC), a blue pigment protein, is an indispensable component of giant phycobilisomes, which are light-harvesting antenna complexes in cyanobacteria that transfer energy efficiently to photosystems I and II. X-ray crystallographic and electron microscopy (EM) analyses have revealed the structure of CPC to be a closed toroidal hexamer by assembling two trimers. In this study, the structural characterization of non-conventional octameric CPC is reported for the first time. Analyses of the crystal and cryogenic EM structures of the native CPC from filamentous thermophilic cyanobacterium Thermoleptolyngbya sp. O-77 unexpectedly illustrated the coexistence of conventional hexamer and novel octamer. In addition, an unusual dimeric state, observed via analytical ultracentrifugation, was postulated to be a key intermediate structure in the assemble of the previously unobserved octamer. These observations provide new insights into the assembly processes of CPCs and the mechanism of energy transfer in the light-harvesting complexes.
履歴
登録2021年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
C: C-phycocyanin alpha chain
D: C-phycocyanin beta chain
E: C-phycocyanin alpha chain
F: C-phycocyanin beta chain
G: C-phycocyanin alpha chain
H: C-phycocyanin beta chain
I: C-phycocyanin alpha chain
J: C-phycocyanin beta chain
K: C-phycocyanin alpha chain
L: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,82133
ポリマ－213,94812
非ポリマー10,87321
水48,2082676
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60720 Å2
ΔGint-509 kcal/mol
Surface area67620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.089, 187.439, 210.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17560.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0X8WU90
#2: タンパク質
C-phycocyanin beta chain


分子量: 18097.465 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0X8WUE0
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 8% Tacsimate pH 5.0, 20 % Polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→49.2 Å / Num. obs: 264074 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.221 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 25606 / CC1/2: 0.495 / Rrim(I) all: 1.062 / % possible all: 65.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I7Y

1i7y


解像度: 1.65→49.18 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1901 1999 -
Rwork0.1705 --
obs0.1706 264074 92.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→49.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14994 0 792 2676 18462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9822498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2276058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.2817890.250311641X-RAY DIFFRACTION58
1.69-1.740.23971050.232613771X-RAY DIFFRACTION69
1.74-1.790.26371230.220416098X-RAY DIFFRACTION80
1.79-1.850.22721400.208918329X-RAY DIFFRACTION91
1.85-1.910.24631490.192919563X-RAY DIFFRACTION98
1.91-1.990.24261530.179320103X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.080.19681540.174920094X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.190.1931530.166520092X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.330.18091540.163320154X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.50.18971530.166620208X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.760.16321550.166920229X-RAY DIFFRACTION100
2.76-3.160.17691560.165420326X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.980.17681560.151420467X-RAY DIFFRACTION100
3.98-49.180.16141590.156921000X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.1873 Å / Origin y: -45.0847 Å / Origin z: 21.8752 Å
111213212223313233
T0.1132 Å20.0006 Å20.001 Å2-0.1367 Å20.0076 Å2--0.1367 Å2
L-0.0026 °2-0.0034 °20.0198 °2-0.061 °2-0.0433 °2--0.0487 °2
S0.0138 Å °-0.0034 Å °-0.0142 Å °-0.0048 Å °-0.0064 Å °0.0095 Å °0.0217 Å °0.0051 Å °-0.0074 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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