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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ebf | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Isocitrate lyase-1 from Candida albicans | ||||||
要素 | Isocitrate lyase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Isocitrate lyase / glyoxylate cycle (グリオキシル酸回路) / ubiquitination (ユビキチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase activity / グリオキシル酸回路 / クエン酸回路 / ペルオキシソーム / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å | ||||||
データ登録者 | Hiragi, K. / Nishio, K. / Moriyama, S. / Hamaguchi, T. / Mizoguchi, A. / Yonekura, K. / Tani, K. / Mizushima, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Structural insights into the targeting specificity of ubiquitin ligase for S. cerevisiae isocitrate lyase but not C. albicans isocitrate lyase. 著者: Keito Hiragi / Kazuya Nishio / Shu Moriyama / Tasuku Hamaguchi / Akira Mizoguchi / Koji Yonekura / Kazutoshi Tani / Tsunehiro Mizushima / 要旨: In Saccharomyces cerevisiae, the glyoxylate cycle is controlled through the posttranslational regulation of its component enzymes, such as isocitrate lyase (ICL), which catalyzes the first unique ...In Saccharomyces cerevisiae, the glyoxylate cycle is controlled through the posttranslational regulation of its component enzymes, such as isocitrate lyase (ICL), which catalyzes the first unique step of the cycle. The ICL of S.cerevisiae (ScIcl1) is tagged for proteasomal degradation through ubiquitination by a multisubunit ubiquitin ligase (the glucose-induced degradation-deficient (GID) complex), whereas that of the pathogenic yeast Candida albicans (CaIcl1) escapes this process. However, the reason for the ubiquitin targeting specificity of the GID complex for ScIcl1 and not for CaIcl1 is unclear. To gain some insight into this, in this study, the crystal structures of apo ScIcl1 and CaIcl1 in complex with formate and the cryogenic electron microscopy structure of apo CaIcl1 were determined at a resolution of 2.3, 2.7, and 2.6 Å, respectively. A comparison of the various structures suggests that the orientation of N-terminal helix α1 in S.cerevisiae is likely key to repositioning of ubiquitination sites and contributes to the distinction found in C. albicans ubiquitin evasion mechanism. This finding gives us a better understanding of the molecular mechanism of ubiquitin-dependent ScIcl1 degradation and could serve as a theoretical basis for the research and development of anti-C. albicans drugs based on the concept of CaIcl1 ubiquitination. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ebf.cif.gz | 292.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ebf.ent.gz | 237.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ebf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62336.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59RB8, isocitrate lyase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Isocitrate lyase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Candida albicans (酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 42.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
3次元再構成 | 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179026 / 対称性のタイプ: POINT |