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万見
- PDB-3p9r: Structure of I274G variant of E. coli KatE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p9r
タイトルStructure of I274G variant of E. coli KatE
要素Catalase HPII
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase / I274G variant / heme orientation
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / heme binding / DNA damage response / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. ...Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / Catalase HPII
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Loewen, P.C. / Jha, V. / Louis, S. / Chelikani, P. / Carpena, X. / Fita, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Modulation of heme orientation and binding by a single residue in catalase HPII of Escherichia coli.
著者: Jha, V. / Louis, S. / Chelikani, P. / Carpena, X. / Donald, L.J. / Fita, I. / Loewen, P.C.
履歴
登録2010年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase HPII
B: Catalase HPII
C: Catalase HPII
D: Catalase HPII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,5838
ポリマ－337,0534
非ポリマー2,5304
水57,5763196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area59000 Å2
ΔGint-283 kcal/mol
Surface area79190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.410, 133.180, 122.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 28 - 753 / Label seq-ID: 28 - 753

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Catalase HPII / Hydroxyperoxidase II


分子量: 84263.344 Da / 分子数: 4 / 変異: I274G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b1732, JW1721, katE / プラスミド: pKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM255 / 参照: UniProt: P21179, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HDD / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / HEME


分子量: 632.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: Marmosaic / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35.242 Å / Num. all: 221203 / Num. obs: 221203 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-23.70.5331.3117169319390.53398.7
2-2.123.70.3861.8113288304530.38698.9
2.12-2.273.80.2822.5107403285830.28299.3
2.27-2.453.80.2283.2101130267050.22899.5
2.45-2.693.80.1724.294326245890.17299.6
2.69-33.90.1275.786705223600.12799.8
3-3.473.90.0917.476709197430.09199.9
3.47-4.253.90.06510.165036167320.065100
4.25-6.013.90.05212.150257129440.052100
6.01-35.2423.80.05111.62738571550.05199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
MOSFLMデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MWV

1mwv
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→35.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.1687 / WRfactor Rwork: 0.1223 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9136 / SU B: 6.243 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.1294 / SU Rfree: 0.1263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1841 11178 5.1 %RANDOM
Rwork0.1331 ---
all0.1357 221203 --
obs0.1357 221186 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.8 Å2 / Biso mean: 15.3815 Å2 / Biso min: 2.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20.39 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22948 0 176 3196 26320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02223830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9041.97932486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51352906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35923.8441176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.781153770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.05915176
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.23408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02118764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0511.514547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.675223528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82539283
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2384.58957
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5731 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.350.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.320.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.30.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.330.5
1AMEDIUM THERMAL1.282
2BMEDIUM THERMAL1.152
3CMEDIUM THERMAL1.162
4DMEDIUM THERMAL1.122
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0.25 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 784 -
Rwork0.207 15362 -
all-16146 -
obs-15362 98.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.173-0.01810.03580.1298-0.02060.145-0.0087-0.0358-0.04160.02170.01770.04440.0162-0.024-0.00890.01190.00240.01370.01070.01350.03012.6398-9.315131.3595
20.2185-0.0544-0.01160.1992-0.00940.15640.01060.07560.0366-0.081-0.0080.0336-0.0235-0.0146-0.00260.04150.001-0.01550.02770.01660.02553.624711.8592-18.5877
30.2248-0.0069-0.00580.1764-0.02710.1828-0.0010.0722-0.0421-0.0796-0.0004-0.00850.03750.02820.00140.04720.00250.00860.0288-0.01590.018626.4689-11.9173-19.6169
40.21120.0463-0.02040.1576-0.0060.17470.0053-0.0480.02980.0368-0.0052-0.0168-0.02870.04-0.00010.0162-0.0057-0.00080.0184-0.00720.014730.02389.279531.4706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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