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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pq5 | ||||||
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Title | Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 19-24 | ||||||
![]() | Catalase HPII | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / catalase / I274C variant / heme orientation / X-ray damage | ||||||
Function / homology | ![]() catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / DNA damage response / heme binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Loewen, P.C. / Jha, V. / Louis, S. / Chelikani, P. / Carpena, X. / Fita, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Modulation of heme orientation and binding by a single residue in catalase HPII of Escherichia coli. Authors: Jha, V. / Louis, S. / Chelikani, P. / Carpena, X. / Donald, L.J. / Fita, I. / Loewen, P.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1011.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 141.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 212 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3p9pC ![]() 3p9qSC ![]() 3p9rC ![]() 3p9sC ![]() 3pq2C ![]() 3pq3C ![]() 3pq4C ![]() 3pq6C ![]() 3pq7C ![]() 3pq8C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 28 - 753 / Label seq-ID: 28 - 753
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 84197.305 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: I274C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-HDD / #3: Chemical | ChemComp-HDE / #4: Chemical | ChemComp-H2S / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: Marmosaic / Detector: CCD / Date: Aug 27, 2009 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.795→31.962 Å / Num. all: 244091 / Num. obs: 244091 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.2 % / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 7.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3P9Q Resolution: 1.8→31.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.1926 / WRfactor Rwork: 0.1459 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9062 / SU B: 5.073 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.1246 / SU Rfree: 0.1212 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.121 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 59.23 Å2 / Biso mean: 14.0953 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.071 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→31.96 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 5705 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.795→1.842 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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