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Yorodumi- PDB-6ztw: Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ztw | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) | ||||||||||||
Components | Catalase HPII | ||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / catalase / hydrogen-peroxide / heme / iron / oxidative stress / artifact crystallization / impurities / contaminations | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / DNA damage response / heme binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Escherichia coli K-12 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84 Å | ||||||||||||
Authors | Grzechowiak, M. / Sekula, B. / Ruszkowski, M. | ||||||||||||
Funding support | Poland, United States, 3items
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Citation | Journal: Acta Biochim.Pol. / Year: 2021 Title: Serendipitous crystallization of E. coli HPII catalase, a sequel to "the tale usually not told". Authors: Grzechowiak, M. / Sekula, B. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ztw.cif.gz | 2.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ztw.ent.gz | 1.9 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ztw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ztw_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ztw_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 6ztw_validation.xml.gz | 232.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6ztw_validation.cif.gz | 346.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ztvC 6ztxC 1ggeS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 84346.477 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: S99N / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: P21179, catalase |
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-Non-polymers , 6 types, 4726 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HDD / #3: Chemical | ChemComp-TRS / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 16, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→80 Å / Num. obs: 452364 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 4.66 % / Biso Wilson estimate: 18.21 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.85 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.95 Å / Redundancy: 4.53 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 72060 / CC1/2: 0.714 / Rrim(I) all: 0.776 / % possible all: 97.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1gge Resolution: 1.84→78.25 Å / SU ML: 0.184 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.6405 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→78.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.84→1.88 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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