PDB-7ebe: Crystal structure of Isocitrate lyase-1 from Candida albicans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ebe

タイトル

Crystal structure of Isocitrate lyase-1 from Candida albicans

要素

Isocitrate lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Isocitrate lyase /

glyoxylate cycle (グリオキシル酸回路) /

ubiquitination (ユビキチン)

機能・相同性

機能・相同性情報

methylisocitrate lyase activity /

isocitrate lyase activity /

グリオキシル酸回路 /

クエン酸回路 /

ペルオキシソーム /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Hiragi, K. / Nishio, K. / Moriyama, S. / Hamaguchi, T. / Mizoguchi, A. / Yonekura, K. / Tani, K. / Mizushima, T.

引用

ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the targeting specificity of ubiquitin ligase for S. cerevisiae isocitrate lyase but not C. albicans isocitrate lyase.
著者: Keito Hiragi / Kazuya Nishio / Shu Moriyama / Tasuku Hamaguchi / Akira Mizoguchi / Koji Yonekura / Kazutoshi Tani / Tsunehiro Mizushima /

要旨: In Saccharomyces cerevisiae, the glyoxylate cycle is controlled through the posttranslational regulation of its component enzymes, such as isocitrate lyase (ICL), which catalyzes the first unique ...

履歴

登録	2021年3月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ebe.cif.gz	827 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ebe.ent.gz	685.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ebe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	31053C 7ebcSC 7ebfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ebe-2 7ebc-d 1dqu-1 5nqd-1 5nqd-2 5e9f-d 1g8k-6 5e9g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Isocitrate lyase

B: Isocitrate lyase

C: Isocitrate lyase

D: Isocitrate lyase

E: Isocitrate lyase

F: Isocitrate lyase

G: Isocitrate lyase

H: Isocitrate lyase

ヘテロ分子

499 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isocitrate lyase

B: Isocitrate lyase

C: Isocitrate lyase

D: Isocitrate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
250 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Isocitrate lyase

F: Isocitrate lyase

G: Isocitrate lyase

H: Isocitrate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
250 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.971, 139.910, 200.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	GLU	GLU	A	A	2 - 540	8 - 546
2	1	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	2 - 540	8 - 546
1	2	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	2 - 544	8 - 550
2	2	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	2 - 544	8 - 550
1	3	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	2 - 544	8 - 550
2	3	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	2 - 544	8 - 550
1	4	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	2 - 544	8 - 550
2	4	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	2 - 544	8 - 550
1	5	PRO	PRO	PHE	PHE	A	A	2 - 543	8 - 549
2	5	PRO	PRO	PHE	PHE	F	F	2 - 543	8 - 549
1	6	THR	THR	PHE	PHE	A	A	4 - 543	10 - 549
2	6	THR	THR	PHE	PHE	G	G	4 - 543	10 - 549
1	7	THR	THR	GLN	GLN	A	A	4 - 536	10 - 542
2	7	THR	THR	GLN	GLN	H	H	4 - 536	10 - 542
1	8	PRO	PRO	ASP	ASP	B	B	2 - 541	8 - 547
2	8	PRO	PRO	ASP	ASP	C	C	2 - 541	8 - 547
1	9	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	2 - 540	8 - 546
2	9	PRO	PRO	GLU	GLU	D	D	2 - 540	8 - 546
1	10	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	2 - 540	8 - 546
2	10	PRO	PRO	GLU	GLU	E	E	2 - 540	8 - 546
1	11	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	2 - 540	8 - 546
2	11	PRO	PRO	GLU	GLU	F	F	2 - 540	8 - 546
1	12	THR	THR	ASP	ASP	B	B	4 - 541	10 - 547
2	12	THR	THR	ASP	ASP	G	G	4 - 541	10 - 547
1	13	THR	THR	GLN	GLN	B	B	4 - 536	10 - 542
2	13	THR	THR	GLN	GLN	H	H	4 - 536	10 - 542
1	14	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	2 - 544	8 - 550
2	14	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	2 - 544	8 - 550
1	15	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	2 - 544	8 - 550
2	15	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	2 - 544	8 - 550
1	16	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	2 - 544	8 - 550
2	16	PRO	PRO	LYS	LYS	F	F	2 - 544	8 - 550
1	17	THR	THR	PHE	PHE	C	C	4 - 543	10 - 549
2	17	THR	THR	PHE	PHE	G	G	4 - 543	10 - 549
1	18	THR	THR	GLY	GLY	C	C	4 - 537	10 - 543
2	18	THR	THR	GLY	GLY	H	H	4 - 537	10 - 543
1	19	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	2 - 544	8 - 550
2	19	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	2 - 544	8 - 550
1	20	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	2 - 544	8 - 550
2	20	PRO	PRO	LYS	LYS	F	F	2 - 544	8 - 550
1	21	THR	THR	PHE	PHE	D	D	4 - 543	10 - 549
2	21	THR	THR	PHE	PHE	G	G	4 - 543	10 - 549
1	22	THR	THR	GLN	GLN	D	D	4 - 536	10 - 542
2	22	THR	THR	GLN	GLN	H	H	4 - 536	10 - 542
1	23	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	2 - 544	8 - 550
2	23	PRO	PRO	LYS	LYS	F	F	2 - 544	8 - 550
1	24	THR	THR	PHE	PHE	E	E	4 - 543	10 - 549
2	24	THR	THR	PHE	PHE	G	G	4 - 543	10 - 549
1	25	THR	THR	GLN	GLN	E	E	4 - 536	10 - 542
2	25	THR	THR	GLN	GLN	H	H	4 - 536	10 - 542
1	26	THR	THR	PHE	PHE	F	F	4 - 543	10 - 549
2	26	THR	THR	PHE	PHE	G	G	4 - 543	10 - 549
1	27	THR	THR	GLN	GLN	F	F	4 - 536	10 - 542
2	27	THR	THR	GLN	GLN	H	H	4 - 536	10 - 542
1	28	THR	THR	GLY	GLY	G	G	4 - 537	10 - 543
2	28	THR	THR	GLY	GLY	H	H	4 - 537	10 - 543

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Isocitrate lyase / 分子量: 62336.523 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59RB8, isocitrate lyase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.73 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22%(w/v)PEG 3350, 0.2M magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→200.1 Å / Num. obs: 122958 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.0693 / R_pim(I) all: 0.0387 / R_rim(I) all: 0.0732 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.69→2.79 Å / R_merge(I) obs: 0.595 / Num. unique obs: 12109 / CC_1/2: 0.849 / R_pim(I) all: 0.366 / R_rim(I) all: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EBC

7ebc

解像度: 2.69→47.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 19.114 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24797	6148	5 %	RANDOM
R_work	0.21468	-	-	-
obs	0.21634	116812	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.69→47.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33985	0	44	298	34327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.019	34795
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	33047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.398	1.943	47048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.473	3	76238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.705	5	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.588	24.562	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.754	15	6068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.829	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	5087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	39327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7913
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.744	24.487	17239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.744	24.487	17240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.451	27.539	21526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.451	27.539	21527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.898	24.995	17556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.898	24.996	17553
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.648	27.838	25523
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.24	39.785	41163
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.24	39.799	41120
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	63718	0.09
1	2	B	63718	0.09
2	1	A	63270	0.09
2	2	C	63270	0.09
3	1	A	64586	0.08
3	2	D	64586	0.08
4	1	A	62690	0.1
4	2	E	62690	0.1
5	1	A	63112	0.1
5	2	F	63112	0.1
6	1	A	63116	0.09
6	2	G	63116	0.09
7	1	A	63044	0.1
7	2	H	63044	0.1
8	1	B	62094	0.1
8	2	C	62094	0.1
9	1	B	63188	0.09
9	2	D	63188	0.09
10	1	B	62560	0.1
10	2	E	62560	0.1
11	1	B	63008	0.1
11	2	F	63008	0.1
12	1	B	62804	0.1
12	2	G	62804	0.1
13	1	B	62694	0.1
13	2	H	62694	0.1
14	1	C	63588	0.09
14	2	D	63588	0.09
15	1	C	61782	0.1
15	2	E	61782	0.1
16	1	C	62052	0.1
16	2	F	62052	0.1
17	1	C	62726	0.09
17	2	G	62726	0.09
18	1	C	62136	0.1
18	2	H	62136	0.1
19	1	D	62684	0.11
19	2	E	62684	0.11
20	1	D	62476	0.11
20	2	F	62476	0.11
21	1	D	62614	0.1
21	2	G	62614	0.1
22	1	D	63216	0.09
22	2	H	63216	0.09
23	1	E	61882	0.11
23	2	F	61882	0.11
24	1	E	61942	0.1
24	2	G	61942	0.1
25	1	E	61228	0.11
25	2	H	61228	0.11
26	1	F	62244	0.11
26	2	G	62244	0.11
27	1	F	61616	0.11
27	2	H	61616	0.11
28	1	G	62204	0.1
28	2	H	62204	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.691→2.761 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.431	443	-
R_work	0.396	8420	-
obs	-	-	97.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)