PDB-7e6p: Fab-amyloid beta fragment complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e6p

タイトル

Fab-amyloid beta fragment complex

要素

Amyloid beta fragment with an intramolecular disulfide bond at positions 17 and 28
Fab Heavy chain
Fab Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab complex

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kita, A. / Irie, K. / Irie, Y. / Miki, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2021
タイトル: Characterization of a Conformation-Restricted Amyloid beta Peptide and Immunoreactivity of Its Antibody in Human AD brain.
著者: Kageyama, Y. / Irie, Y. / Matsushima, Y. / Segawa, T. / Bellier, J.P. / Hidaka, K. / Sugiyama, H. / Kaneda, D. / Hashizume, Y. / Akatsu, H. / Miki, K. / Kita, A. / Walker, D.G. / Irie, K. / Tooyama, I.

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e6p.cif.gz	100.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e6p.ent.gz	77.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e6p_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e6p_full_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示
XML形式データ	7e6p_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	7e6p_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/7e6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/7e6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a6d-2 6pbw-d 6vbo-d 5kzp-2 6umj-d 2dqt-d 3mlt-2 5u15-2 3mlu-d 7c94-1 6vbp-4 5tpp-d 2qhr-d 7c94-2 6vbq-2 1kel-d 5muq-2 6b5t-d 6gk8-d 6vrt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab Heavy chain

H: Fab Light chain

A: Amyloid beta fragment with an intramolecular disulfide bond at positions 17 and 28

ヘテロ分子

50.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.049, 40.464, 69.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.219, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-417- HOH

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質・ペプチド	Amyloid beta fragment with an intramolecular disulfide bond at positions 17 and 28 分子量: 1675.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体	Fab Heavy chain 分子量: 24356.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Fab Light chain 分子量: 23750.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 96分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEGMME5000, magnesium formate, sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→45.9 Å / Num. obs: 18065 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 2008 / CC_1/2: 0.958

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→45.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 8.916 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.282

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	873	4.833 %
R_work	0.1913	17192	-
all	0.194	-	-
obs	-	18065	99.917 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.257 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.496 Å²	-0 Å²	1.09 Å²
2-	-	-1.358 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.528 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3436	0	25	91	3552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.277	1.646	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.246	1.574	7444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.802	5	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.709	23.506	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.457	15	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.447	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	791
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.358	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.235	2.986	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.235	2.985	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.601	4.463	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.6	4.464	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.533	3.209	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.569	3.208	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.008	4.679	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.025	4.678	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.773	33.492	3637
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.802	33.485	3638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.339	45	0.266	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.565-2.635	0.346	66	0.244	1222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.712	0.418	73	0.23	1178	X-RAY DIFFRACTION	99.9201
2.712-2.795	0.244	46	0.214	1154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.795-2.886	0.257	64	0.195	1145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.988	0.221	48	0.183	1073	X-RAY DIFFRACTION	99.7331
2.988-3.1	0.203	61	0.184	1048	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.227	0.215	60	0.186	993	X-RAY DIFFRACTION	99.8104
3.227-3.37	0.2	45	0.199	986	X-RAY DIFFRACTION	99.9031
3.37-3.534	0.252	42	0.195	915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.534-3.725	0.223	48	0.203	885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.725-3.951	0.263	49	0.176	848	X-RAY DIFFRACTION	100
3.951-4.223	0.224	39	0.16	788	X-RAY DIFFRACTION	100
4.223-4.561	0.179	53	0.147	729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.561-4.995	0.24	24	0.168	707	X-RAY DIFFRACTION	99.8634
4.995-5.582	0.243	32	0.186	611	X-RAY DIFFRACTION	100
5.582-6.442	0.234	29	0.189	551	X-RAY DIFFRACTION	99.8279
6.442-7.88	0.295	21	0.192	477	X-RAY DIFFRACTION	100
7.88-11.103	0.179	16	0.15	377	X-RAY DIFFRACTION	100
11.103-45.9	0.407	12	0.342	222	X-RAY DIFFRACTION	97.5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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