[日本語] English
- PDB-7dup: Apo structure of wild type Bt4394, a GH20 family sulfoglycosidase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dup
タイトルApo structure of wild type Bt4394, a GH20 family sulfoglycosidase
要素Beta-N-acetylhexosaminidase
キーワードHYDROLASE / GH20 / apo
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Zhang, Z. / He, Y. / Jin, Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Wellcome Trust209057/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / : 2023
タイトル: Mechanistic and Structural Insights into the Specificity and Biological Functions of Bacterial Sulfoglycosidases
著者: Zhang, Z. / Dong, M. / Zallot, R. / Blackburn, G.M. / Wang, N. / Wang, C. / Chen, L. / Baumann, P. / Wu, Z. / Wang, Z. / Fan, H. / Roth, C. / Jin, Y. / He, Y.
履歴
登録2021年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / struct
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2947
ポリマ-61,7511
非ポリマー5426
8,737485
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.585, 63.001, 78.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.344, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 61751.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: exo I_9, Btheta7330_03706, DW780_13390, DXA83_13370, F9Z91_18555, GAN91_16275, GAO05_07480, GAO06_07340, GAO10_07310, GAO29_03665, GAO30_05795, GAO37_05915, GAO40_07835, GAO43_09530, GAO49_ ...遺伝子: exo I_9, Btheta7330_03706, DW780_13390, DXA83_13370, F9Z91_18555, GAN91_16275, GAO05_07480, GAO06_07340, GAO10_07310, GAO29_03665, GAO30_05795, GAO37_05915, GAO40_07835, GAO43_09530, GAO49_05915, GAO54_04845, GAO55_21770, GAO58_12095, GAO60_04205
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0FIE8, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 10000, MES, Cl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→73.29 Å / Num. obs: 76353 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3495 / CC1/2: 0.682

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3rcn
解像度: 1.62→73.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.487 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 3960 5.188 %
Rwork0.1448 72373 -
all0.147 --
obs-76333 98.862 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.006 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.654 Å20 Å21.766 Å2
2---3.949 Å2-0 Å2
3---1.467 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→73.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4257 0 32 485 4774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0124445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.646019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4755537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74123.054239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.48615790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5381524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22013
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23010
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1520.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2120.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0532.0792118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5033.1292653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0252.4442327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3813.5153362
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.03930.1756935
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.52334445
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.62-1.6620.4282570.34750720.35156780.8840.90693.85350.335
1.662-1.7080.3812820.30851130.31155390.9080.92497.40030.294
1.708-1.7570.2942930.24150070.24453940.9250.94598.25730.226
1.757-1.8110.2322690.16848460.17251930.9480.96298.4980.15
1.811-1.870.1992530.13148330.13550930.9470.96399.86260.114
1.87-1.9360.1852490.11946230.12348880.9580.9799.67270.102
1.936-2.0090.1742270.11545150.11847580.9630.97699.66370.104
2.009-2.0910.1742370.13543150.13745570.9590.9799.89030.124
2.091-2.1840.1852260.12641640.12943950.9640.97899.88620.12
2.184-2.290.1912200.15439510.15641820.9120.93199.7370.144
2.29-2.4140.1982120.12837670.13139850.9430.96499.84940.126
2.414-2.560.1782180.12335470.12637660.9630.97299.97340.121
2.56-2.7370.1891870.12733450.1335520.9570.96899.43690.129
2.737-2.9560.1661830.12131210.12433170.9640.97399.60810.126
2.956-3.2380.1721640.12928710.13130380.9640.97199.90130.138
3.238-3.6190.1471170.11926180.12127640.970.97798.95080.132
3.619-4.1770.151200.11523300.11724650.9740.9899.39150.133
4.177-5.1120.1691060.1319480.13220750.970.97698.98790.154
5.112-7.2110.191840.20115260.216160.960.96699.62870.223
7.211-73.2930.16560.2238610.2189340.9760.95998.17990.301

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る