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Yorodumi- PDB-3rcn: Crystal Structure of Beta-N-Acetylhexosaminidase from Arthrobacte... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rcn | ||||||
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Title | Crystal Structure of Beta-N-Acetylhexosaminidase from Arthrobacter aurescens | ||||||
Components | Beta-N-acetylhexosaminidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta half sandwich / alpha-beta barrel / cytosol | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arthrobacter aurescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.514 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Beta-N-Acetylhexosaminidase from Arthrobacter aurescens Authors: Kim, Y. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rcn.cif.gz | 220.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rcn.ent.gz | 185.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rcn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3rcn_validation.pdf.gz | 467.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3rcn_full_validation.pdf.gz | 476 KB | Display | |
Data in XML | 3rcn_validation.xml.gz | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3rcn_validation.cif.gz | 33.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/3rcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/3rcn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | x,y,z and -y+1,-x+1,-z+5/6 |
-Components
#1: Protein | Mass: 59937.715 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter aurescens (bacteria) / Strain: TC1 / Gene: AAur_4089, nahA / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic / References: UniProt: A1RBZ5, beta-N-acetylhexosaminidase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ACY / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0, 1.5 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97929 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 6, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97929 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 24024 / Num. obs: 24024 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 36.69 Å2 / Rsym value: 0.171 / Net I/σ(I): 7.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 18.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.77 / Num. unique all: 1167 / Rsym value: 0.824 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.514→39.979 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.43 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.8 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.514→39.979 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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