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Yorodumi- PDB-6sdv: W-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Formate red... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sdv | |||||||||
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Title | W-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Formate reduced form | |||||||||
Components | (Formate dehydrogenase, ...) x 2 | |||||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT | |||||||||
Function / homology | Function and homology information formate dehydrogenase (cytochrome-c-553) activity / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Desulfovibrio vulgaris (bacteria) Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Oliveira, A.R. / Mota, C. / Mourato, C. / Domingos, R.M. / Santos, M.F.A. / Gesto, D. / Guigliarelli, B. / Santos-Silva, T. / Romao, M.J. / Pereira, I.C. | |||||||||
Funding support | Portugal, 2items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2020 Title: Towards the mechanistic understanding of enzymatic CO2 reduction Authors: Oliveira, A.R. / Mota, C. / Mourato, C. / Domingos, R.M. / Santos, M.F.A. / Gesto, D. / Guigliarelli, B. / Santos-Silva, T. / Romao, M.J. / Pereira, I.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sdv.cif.gz | 621.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6sdv.ent.gz | 417.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6sdv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6sdv_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6sdv_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | 6sdv_validation.xml.gz | 50.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6sdv_validation.cif.gz | 75 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6sdrSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Formate dehydrogenase, ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 111903.430 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (bacteria), (natural) Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (bacteria) Strain: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / References: UniProt: Q72EJ1, formate dehydrogenase |
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#2: Protein | Mass: 26481.494 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (bacteria) Strain: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / References: UniProt: Q72EJ0 |
-Non-polymers , 8 types, 789 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SF4 / #5: Chemical | ChemComp-W / | #6: Chemical | ChemComp-H2S / | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-PEG / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 32% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 1M LiCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→48.76 Å / Num. obs: 188388 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 21.88 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4813 / CC1/2: 0.484 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6SDR Resolution: 1.9→48.76 Å / SU ML: 0.2304 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 20.6125 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→48.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -16.0802007908 Å / Origin y: -11.8230556213 Å / Origin z: 30.1252697442 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |