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- PDB-6sdr: W-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Oxidized form -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sdr | |||||||||
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Title | W-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Oxidized form | |||||||||
![]() | (Formate dehydrogenase, ...) x 2 | |||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT | |||||||||
Function / homology | ![]() formate dehydrogenase (cytochrome-c-553) activity / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Oliveira, A.R. / Mota, C. / Mourato, C. / Domingos, R.M. / Santos, M.F.A. / Gesto, D. / Guigliarelli, B. / Santos-Silva, T. / Romao, M.J. / Pereira, I.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Towards the mechanistic understanding of enzymatic CO2 reduction Authors: Oliveira, A.R. / Mota, C. / Mourato, C. / Domingos, R.M. / Santos, M.F.A. / Gesto, D. / Guigliarelli, B. / Santos-Silva, T. / Romao, M.J. / Pereira, I.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 614.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 416.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 48.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 70.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6sdvC ![]() 1h0hS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Formate dehydrogenase, ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 111394.875 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / References: UniProt: Q72EJ1, formate dehydrogenase |
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#2: Protein | Mass: 26481.494 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Strain: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / References: UniProt: Q72EJ0 |
-Non-polymers , 6 types, 599 molecules ![](data/chem/img/MGD.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/W.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/W.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SF4 / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-H2S / | #7: Chemical | ChemComp-W / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 32% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 1M LiCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 17, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→49.4 Å / Num. obs: 136041 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 25.35 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 4590 / CC1/2: 0.72 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1H0H Resolution: 2.1→48.36 Å / SU ML: 0.244 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 24.2511 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -16.3454038738 Å / Origin y: -11.4537754875 Å / Origin z: 29.7578689737 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |