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万見
- PDB-6h2p: Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h2p
タイトルCrystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ions and Cacodylate ligand
要素Xaa-Pro dipeptidase
キーワードHYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme / mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / : / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase ...Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / : / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / : / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.479 Å
データ登録者Wilk, P. / Piwowarczyk, R. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms.
著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
履歴
登録2018年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase
B: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,98413
ポリマ－109,0302
非ポリマー95411
水23,5821309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area34510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.453, 107.075, 216.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-692-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA6 - 500
211chain BB6 - 500

-
要素

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase


分子量: 54514.898 Da / 分子数: 2 / 変異: R184Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 / 詳細: 100mM NaCacodylate, 690-760mM NaCitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184, 1.8932
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月25日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
21.89321
反射解像度: 1.479→47.991 Å / Num. obs: 198755 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.674 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.0502 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 10.76
反射 シェル解像度: 1.479→1.57 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 31784 / CC1/2: 0.522 / Rpim(I) all: 0.593 / Rrim(I) all: 1.509 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5MBY

5mby


解像度: 1.479→47.991 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1704 2101 1.06 %
Rwork0.148 --
obs0.1482 198703 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.19 Å2 / Biso mean: 26.9542 Å2 / Biso min: 11.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.479→47.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7460 0 96 1309 8865
Biso mean--48.36 36.53 -
残基数----959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0158020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61110864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.862972
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5306X-RAY DIFFRACTION7.463TORSIONAL
12B5306X-RAY DIFFRACTION7.463TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.479-1.51340.39471370.3324127961293398
1.5134-1.55130.31341390.30261307513214100
1.5513-1.59320.30941390.26151298913128100
1.5932-1.64010.23941390.23461299813137100
1.6401-1.6930.20331400.21341310613246100
1.693-1.75360.23481390.20111300813147100
1.7536-1.82380.19481400.17961305513195100
1.8238-1.90680.19731400.16031311013250100
1.9068-2.00730.1641390.14131307813217100
2.0073-2.13310.1611400.1311310113241100
2.1331-2.29780.1731400.12321307913219100
2.2978-2.5290.1281410.12481314913290100
2.529-2.89490.15351410.13071322313364100
2.8949-3.64710.15111410.12311324213383100
3.6471-48.01630.141460.12631359313739100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4113-0.10430.05460.7298-0.03820.2966-0.0129-0.0565-0.01120.27980.03410.0689-0.0223-0.0228-0.02220.24210.00710.02220.18550.01910.1513.631819.363596.0048
20.5177-0.07190.2510.94050.17480.8202-0.0491-0.09590.01830.33230.04840.061-0.0837-0.02270.00380.27180.00940.02990.17870.01240.138414.676720.44598.1519
30.3676-0.2079-0.07880.84150.16660.20630.03030.1028-0.0864-0.0891-0.03380.05360.0078-0.0589-0.00190.15130.0026-0.01680.1803-0.01780.154516.33178.059268.7348
40.7275-0.2893-0.21011.09740.33910.8582-0.01130.0208-0.16830.10240.00650.01810.09720.0289-0.00980.146-0.0065-0.01210.1425-0.00450.191221.2216-6.423976.4669
50.74320.0997-0.00670.87170.01410.40610.02890.06280.0204-0.0534-0.0016-0.2177-0.02740.0354-0.02750.15240.00770.01950.1627-0.00070.191137.786728.503970.9241
60.65870.28550.16531.9606-0.25120.92780.06270.0965-0.1339-0.11410.0362-0.25430.05130.0101-0.08250.14030.01220.00990.1764-0.02070.245441.868314.92169.5422
70.4387-0.33470.30581.0329-0.18960.2194-0.0691-0.0526-0.00020.03850.0747-0.28090.01720.061-0.00130.15820.0113-0.01010.1972-0.01830.314947.79728.648578.7297
80.7582-0.1761-0.13210.99510.02070.1649-0.00210.05140.1229-0.0625-0.0061-0.1685-0.01150.01840.00160.15760.01350.01460.16070.00720.150733.767235.616670.6594
90.8844-0.4946-0.17991.23560.04160.332-0.02190.03240.01320.0021-0.00370.1463-0.0373-0.03620.0220.14520.0084-0.01320.16290.00720.1648.638233.088774.9542
100.7089-0.2729-0.14631.110.16390.290.04640.09160.0922-0.1309-0.05510.1561-0.0683-0.05020.00610.16930.0226-0.02230.17080.02290.175611.200545.597768.5541
111.2419-0.5801-0.38951.24750.17680.3304-0.0257-0.09320.2840.08750.0493-0.1344-0.05110.0222-0.02750.16070.0142-0.0150.1487-0.01060.202318.692755.460279.294
121.85420.0708-0.39311.1231-0.15070.93310.06220.04490.2327-0.0429-0.03090.1315-0.0611-0.0717-0.06650.15210.0088-0.00970.14690.02740.200711.444150.915973.1727
136.3684-1.0378-0.01320.389-0.10550.38060.03130.81190.0303-0.3254-0.09420.23420.012-0.04340.03470.25890.0337-0.07040.28830.01730.19677.359943.713259.6749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 82 )A6 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 211 )A83 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 212 through 319 )A212 - 319
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 320 through 482 )A320 - 482
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 82 )B6 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 83 through 124 )B83 - 124
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 125 through 159 )B125 - 159
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 160 through 212 )B160 - 212
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 213 through 277 )B213 - 277
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 278 through 319 )B278 - 319
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 320 through 436 )B320 - 436
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 437 through 464 )B437 - 464
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 465 through 489 )B465 - 489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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