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- PDB-6h2p: Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h2p | ||||||
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Title | Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ions and Cacodylate ligand | ||||||
![]() | Xaa-Pro dipeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme / mutation | ||||||
Function / homology | ![]() Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilk, P. / Piwowarczyk, R. / Weiss, M.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms. Authors: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 489 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 458.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 464.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 76.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5mbySC ![]() 5mbzC ![]() 5mc0C ![]() 5mc1C ![]() 5mc2C ![]() 5mc3C ![]() 5mc4C ![]() 5mc5C ![]() 6h2qC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 54514.898 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R184Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.9 / Details: 100mM NaCacodylate, 690-760mM NaCitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 25, 2016 | |||||||||
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator Si-11 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.479→47.991 Å / Num. obs: 198755 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.674 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.0502 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 10.76 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.479→1.57 Å / Redundancy: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 31784 / CC1/2: 0.522 / Rpim(I) all: 0.593 / Rrim(I) all: 1.509 / % possible all: 99.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5MBY Resolution: 1.479→47.991 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 19.82
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.19 Å2 / Biso mean: 26.9542 Å2 / Biso min: 11.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.479→47.991 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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