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- PDB-6h2q: Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h2q
タイトルCrystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ions and LeuPro ligand
要素Xaa-Pro dipeptidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / prolidase / peptidase (プロテアーゼ) / hydrolysis (加水分解) / pita-bread / metalloenzyme (金属タンパク質) / mutation (突然変異)
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / negative regulation of programmed cell death / amino acid metabolic process / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / manganese ion binding / peptidase activity / タンパク質分解 / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily ...Aminopeptidase P, N-terminal / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Aminopeptidase P, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ロイシン / : / プロリン / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Wilk, P. / Piwowarczyk, R. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms.
著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S.
履歴
登録2018年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年4月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_related_exp_data_set
Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase
B: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,16113
ポリマ－109,1722
非ポリマー98911
水19,2761070
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area35000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.559, 106.661, 217.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-732-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase


分子量: 54585.980 Da / 分子数: 2 / 変異: R184Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

-
非ポリマー , 5種, 1081分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#5: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1070 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 100mM NaCacodylate, 690-760mM NaCitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月25日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→47.88 Å / Num. obs: 776794 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.77 % / Biso Wilson estimate: 28.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.0454 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 13.58
反射 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / 冗長度: 6.82 % / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 18252 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.421 / Rrim(I) all: 1.1 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化解像度: 1.78→46.748 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1794 2099 1.83 %
Rwork0.1531 --
obs0.1536 114771 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.69 Å2 / Biso mean: 32.2598 Å2 / Biso min: 15.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→46.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7455 0 120 1071 8646
Biso mean--54.77 38.23 -
残基数----958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91510631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0882910
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7799-1.82130.32261360.2927326746298
1.8213-1.86690.31731390.270774467585100
1.8669-1.91730.28191390.248374537592100
1.9173-1.97380.27251390.216474417580100
1.9738-2.03750.22681380.274447582100
2.0375-2.11030.21271390.174275137652100
2.1103-2.19480.17641400.16174817621100
2.1948-2.29470.19461390.149774587597100
2.2947-2.41560.19451400.150675327672100
2.4156-2.5670.15191400.150874967636100
2.567-2.76520.16781400.147775097649100
2.7652-3.04340.16111400.139375587698100
3.0434-3.48360.16791410.129375557696100
3.4836-4.38850.1311430.115176437786100
4.3885-46.76410.16911460.145478177963100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.797-0.1495-0.01030.82940.02970.7286-0.00990.0703-0.0964-0.09650.0316-0.27950.05330.00910.00060.2414-0.0070.01260.2435-0.00460.280239.589924.45470.5295
20.1804-0.02780.22370.2839-0.33350.4226-0.089-0.0620.0240.08510.0851-0.29640.02030.1385-00.23420.0152-0.02570.3016-0.04070.418848.768327.886778.3538
30.35380.055-0.11390.3520.24630.2539-0.0468-0.18280.05910.09510.111-0.35970.0409-0.02420.00010.27680.011-0.05750.3012-0.00210.445.381834.961779.9172
40.4993-0.06870.05791.2318-0.13590.303-0.01650.04080.0351-0.07350.02550.2094-0.0118-0.067300.23860.0112-0.04010.26260.00870.226611.983334.477570.887
50.8892-0.0702-0.24841.33970.01150.5284-0.0265-0.07860.32680.04030.0305-0.0446-0.1526-0.004800.2960.027-0.01730.26190.00640.314318.160555.629976.5304
60.1621-0.01230.33571.363-0.10270.64390.0029-0.16130.19590.21810.0130.1432-0.1715-0.14020.00010.31490.03690.00580.2944-0.00820.305611.986253.564481.6515
70.2675-0.3918-0.00730.53970.11590.3297-0.03050.56510.1713-0.37710.01890.1996-0.053-0.1110.03960.36650.0271-0.06170.35440.05070.284913.611545.537561.1936
80.7659-0.16570.14740.9287-0.05650.4645-0.0558-0.1140.03710.3970.08190.1712-0.1348-0.0987-0.00130.38940.03450.04520.31530.02880.239412.896623.58897.7203
90.21580.11710.18820.2548-0.03950.1949-0.0608-0.2560.09490.42960.1446-0.1392-0.12160.10980.09680.57860.0478-0.01920.4172-0.01860.259821.622721.4816106.0883
100.4598-0.1948-0.24760.1854-0.10510.431-0.0667-0.1816-0.01270.48260.1072-0.0861-0.01720.0765-0.08270.54710.0432-0.04170.37240.03250.266622.302714.4833105.1619
110.6271-0.30070.01851.35470.13080.22740.01230.05-0.179-0.0589-0.00380.14380.0165-0.042500.2331-0.015-0.03150.2589-0.01130.27114.88474.696872.5116
120.4492-0.098-0.08280.6348-0.19730.5372-0.0472-0.0879-0.2480.22310.09190.0330.14120.1125-0.00010.3022-0.0008-0.02070.2750.01990.317323.4989-5.357783.1829
130.4779-0.00230.39681.0186-0.10610.31740.07180.1796-0.2588-0.0944-0.0378-0.16740.07150.10940.00020.25380.003-0.01690.3009-0.03510.342528.6679-7.500967.8309
140.242-0.2181-0.04830.50950.19810.23420.04170.0771-0.2048-0.04-0.00760.43120.0803-0.284-0.0290.2586-0.025-0.04260.3314-0.03110.44334.74020.233471.4751
155.5050.69036.0159.3021-3.36888.430.04810.0593-0.05610.2401-0.05550.07-0.01620.1033-0.07090.42870.11430.04450.35810.03260.512819.771639.802977.8012
161.40512.35771.98486.57275.60074.78220.0053-0.2461-0.0103-0.12470.0272-0.29280.066-0.10340.09910.2576-0.0152-0.0830.41440.00410.402921.22577.137579.1966
174.46596.5180.43219.55970.72064.0806-0.0143-0.0779-0.11010.19310.36210.2226-0.5299-0.5614-0.42010.46030.0643-0.09060.4153-0.03610.450523.2372.819979.0744
182.03261.9771-1.94142.0161-1.77132.0015-0.39440.5862-0.6562-0.22720.3464-0.3152-0.06180.1062-0.00470.33360.0975-0.03140.5833-0.11750.464619.341744.4979.3761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 124 )A6 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 125 through 155 )A125 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 156 through 188 )A156 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 189 through 299 )A189 - 299
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 300 through 396 )A300 - 396
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 397 through 452 )A397 - 452
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 453 through 487 )A453 - 487
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 6 through 124 )B6 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 125 through 159 )B125 - 159
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 160 through 188 )B160 - 188
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 189 through 343 )B189 - 343
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 344 through 416 )B344 - 416
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 417 through 457 )B417 - 457
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 458 through 483 )B458 - 483
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 506 through 506 )A506
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 503 through 503 )B503
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 504 through 504)B504
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 507 through 507 )A507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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