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Yorodumi- PDB-5mby: Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mby | ||||||
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Title | Crystal Structure of Arg184Gln mutant of Human Prolidase with Mn ions and GlyPro ligand | ||||||
Components | Xaa-Pro dipeptidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme / mutation | ||||||
Function / homology | Function and homology information Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Wilk, P. / Piwowarczyk, R. / Mueller, U. / Dobbek, H. / Weiss, M.S. | ||||||
Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2018 Title: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms. Authors: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5mby.cif.gz | 411.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5mby.ent.gz | 336.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5mby.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/5mby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/5mby | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5mbzC 5mc0C 5mc1C 5mc2C 5mc3C 5mc4C 5mc5C 6h2pC 6h2qC 5m4jS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.18430/m35mby / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 53857.109 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R184Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PEPD, PRD / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase |
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-Non-polymers , 6 types, 1235 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.9 / Details: 100mM NaCacodylate, 690-760mM NaCitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 25, 2016 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator Si-11 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.549→48.033 Å / Num. obs: 173821 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.74 % / Biso Wilson estimate: 18.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 11.37 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.64 Å / Redundancy: 6.58 % / Rmerge(I) obs: 1.375 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / % possible all: 99.3 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5M4J Resolution: 1.55→48.03 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.34
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→48.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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